La comète C/1995 O1 (Hale-Bopp) a sans doute été l'une des comètes les plus brillantes jamais observées jusqu'à présent. Son extraordinaire activité a permis pour la première fois d'entreprendre des observations en interférométrie millimétrique avec une grande sensibilité. Lors de son passage au périhélie, les transitions J(2-1) et J(1-0) du monoxyde de carbone, ont été observées avec l'interféromètre du Plateau de Bure de l'Institut de Radio Astronomie Millimétrique (IRAM), à 230 GHz et 115 GHz respectivement. L'analyse temporelle des observations faites en parallèle en mode antenne unique a d'abord permis de mettre en évidence la présence d'un jet de CO en rotation dans l'atmosphère de la comète. L'étude des cartes interférométriques a ensuite montré que la coma était spatialement et spectralement anisotrope. Afin d'analyser au mieux ces données, nous avons développé un modèle d'atmosphère cométaire en 3 dimensions, et simulé les observations. Le modèle consiste en une coma isotrope à laquelle on ajoute un jet de forme conique qui spirale dans la coma à cause de la rotation du noyau. La comparaison des simulations aux observations s'est faite sur l'évolution temporelle des décalages spectraux, et sur celle des visibilités, qui sont les quantités physiques qu'un interféromètre mesure et qui représentent la Transformée de Fourier de la distribution de brillance du gaz sur le plan du ciel. Cette étude a confirmé la présence d'un jet spiralant dans la coma. De plus, nous avons pu déterminer les paramètres du jet tels que la position, l'ouverture et l'intensité, qui interprètent au mieux les observations. La question de l'origine de CO dans la coma est également abordée en dernière partie. Nos observations suggèrent que cette molécule proviendrait pour moitié du noyau, et pour moitié d'une source étendue.