Le projet urbain, par la démarche souple et transversale qu'il produit, est emblématique des concepts urbanistiques contemporains. Cette approche peut-elle opérer une reconnexion entre villes, ports et fleuves? A contrario, pourrait-elle renforcer cette déconnexion en cours, dans un contexte où les logiques de marché urbain sont plus favorables aux sphères d'économie résidentielle qu'à la sphère productive? Cette question se pose d'autant plus que ces espaces sont à l'intersection d'enjeux majeurs: la densification urbaine dans un contexte de lutte contre l'étalement urbain; le redéploiement du fret fluvial, alternative durable au réseau routier; et l'amélioration de la gestion de l'eau. En se basant sur les cas de Lille et Bruxelles, ce travail de recherche se base sur les facettes matérielle, organisationnelle et existentielle de ces territoires, abordées à différents échelons géographiques. Cette analyse montre que, dans son processus, le projet initie un nouveau dialogue ville-port, par de nouvelles formes de coopération horizontale. Par contre, dans sa matérialisation, il reproduit les coupures fonctionnalistes de l'ère industrielle, causées par les conditions externes et internes à son cadre de conception. Se distinguant de l'environnement conflictuel des sphères de conception et de décision, les pratiques révèlent le rôle de régulation de ces interfaces entre ville et port : des espaces de "quiétude", dans des environnements denses et enclavés. Finalement, les conditions d'une reconnexion sont proposées : l'évolution des formes de gouvernance ville-port, les nouvelles formes d'aménagement, et les processus de projet, comme rouage central au cœur de ces mutations.