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Adaptation de la levure à la suite des perturbations du mécanisme de contrôle de qualité de l'ARN

Gendron, Louis 09 1900 (has links)
The life-cycle of RNA is determined by several processing steps, which allow the cell to export and translate a coding transcript. The cell has developed an astonishingly complex mechanism to ensure the integrity of RNA processing steps. The quality control mechanism of RNA balances the biosynthesis and degradation of various transcripts, adding another layer of gene regulation to the complex system of gene expression. The exosome is a central piece of the RNA quality control mechanism as it degrades many of the aberrant or non-functional RNAs in the nucleus and the cytoplasm. This project characterizes and highlight a response to mutation of components from the RNA quality control mechanism in Saccharomyces cerevisiae. These perturbations include functional components of the exosome (Csl4 and Dis3), a cofactor of the nuclear exosome (Rrp6), an essential protein for pre-rRNA processing (Enp1) and a component of RNA export machinery (Srm1). Here, I present bioinformatics approaches to characterize the cellular response at a level of transcript expression and polyadenylation size. The stress response embedded in the gene expression profile is highly similar between the mutants. This work suggests a generic response to a failure in different components of the RNA quality control machinery. / Le cycle de vie des ARN est déterminé par différentes étapes permettant à la cellule d’exporter et de traduire un transcrit codant. La cellule a développé un mécanisme incroyablement complexe pour s’assurer de l’intégrité des étapes de maturation de l’ARN. Le mécanisme de contrôle de qualité balance la biosynthèse et la dégradation de différents transcrits, ce qui ajout un niveau de régulation au système de l’expression génique. L’exosome est une pièce centrale du mécanisme de contrôle de qualité de l’ARN alors qu’elle dégrade une grande partie des transcrits aberrants ou non-fonctionnels dans le noyau et le cytoplasme. Ce projet caractérise et souligne la réponse cellulaire à la suite de la mutation de composantes du mécanisme de contrôle de qualité de l’ARN chez Saccharomyces cerevisiae. Ces perturbations comportent des composantes fonctionnelles du complexe de l’exosome (Csl4 et Dis3), un cofacteur de l’exosome nucléaire (Rrp6), une protéine essentielle pour la maturation des pré-ARNr (Enp1) et une composante de la machinerie d’export de l’ARN (Srm1). Ici, je présente des approches bio-informatiques pour caractériser la réponse cellulaire au niveau de l’expression des transcrits et de la taille des segments polyadénylés. La réponse au stress cellulaire intégré dans le profil d’expression du génome est très similaire entre les mutants. Ce travail suggère une réponse générique à la suite de la perturbation de différentes composantes du mécanisme de contrôle de qualité de l’ARN.

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