La thèse montre qu'il est possible de mieux concilier la conservation des forêts et le développement des agricultures familiales en recherchant des bases pour l'action, non pas dans la configuration des ressources à protéger, mais dans les logiques d'occupation de l'espace par l'agriculture et les processus de développement associés qui peuvent être compatibles avec la conservation. L'hypothèse testée est qu'un aménagement intégré des territoires locaux constitue une approche qui permet de répondre à cet objectif. Aborder la question de l'ancrage territorial des capacités d'adaptation des exploitations agricoles avec des outils et concepts de l'agronomie des territoires a permis de proposer une représentation dynamique des relations entre activités agricoles et enjeux de conservation, mais aussi d'identifier les différents niveaux d'organisation à prendre en compte pour concevoir cet aménagement. L'itinéraire méthodologique fondé sur une modélisation spatiale a également permis de mettre en œuvre une recherche participative pour valider les résultats obtenus et mobiliser les acteurs locaux et régionaux dans une réflexion collective sur les enjeux d'aménagement. Le cadre d'analyse élaboré pourrait être utile pour toute autre recherche s'intéressant aux interactions entre des mesures environnementales et la durabilité des agricultures familiales.