L'innovation engendre la croissance économique et permet d'accroître le niveau de vie des populations. Cette proposition de Joseph Alois Schumpeter (1912) a été plutôt confortée que contestée par les faits empiriques. De nombreux travaux ont en effet montré que le lien entre innovation, croissance et niveau de vie existe. Ainsi, il existe un assez large consensus sur l'idée qu'encourager l'innovation devrait constituer l'un des objectifs prioritaires de la politique économique. Cependant, de nombreuses innovations peuvent affecter la richesse, la santé ou même la liberté de l'ensemble de la société ou de certains de ses membres. Par exemple, les semences OGM peuvent permettre d'accroître la production agricole, mais peuvent également avoir un impact négatif sur la santé humaine et l'environnement. C'est également le cas de nombreuses innovations à caractère médical, les nanotechnologies, certains logiciels, certains produits financiers, etc. Partant de l’hypothèse que l’innovation peut être génératrice d’effets négatifs, cette thèse propose un cadre théorique pour guider le décideur public dans la mise en œuvre d’une politique avisée. Dans un premier temps, nous évaluons tour à tour la performance de plusieurs instruments permettant de réglementer une innovation potentiellement nuisible. Nous examinons deux règles de responsabilité distinctes et nous caractérisons les conditions sous lesquelles chaque réponse réglementaire devrait être mise en oeuvre par les pouvoirs publics. Contrairement à des travaux antérieurs, nous montrons notamment que même si l’innovateur a une responsabilité illimitée, les autorisations peuvent être optimales. D’autre part, en cas de responsabilité limitée, nous établissons que les pénalités ne devraient jamais être privilégiées. Dans un second temps, nous déterminons la politique de brevet optimale lorsque l’innovation est à l’origine d’une externalité négative. Dans ce cas, la largeur du brevet influence non seulement la perte sèche induite par la propriété industrielle mais également la taille de l’effet externe. Nous proposons plusieurs interprétations du concept de largeur et nous caractérisons la structure optimale du brevet. Par ailleurs, nous nous penchons sur la question de savoir quelle récompense attribuer aux innovateurs et nous montrons notamment qu’une politique de brevet modulée gratifiant celles et ceux ayant mis en œuvre une stratégie de Recherche & Développement (R&D) précautionneuse d’une protection industrielle plus forte pourrait être un instrument à même de contenir l’émergence d’innovations génératrices de nuisances. Enfin, nous considérons que plusieurs entreprises sont engagées dans une course à l’innovation et nous caractérisons les conditions sous lesquelles une augmentation de la rivalité conduit ces dernières à précipiter le processus de R&D au risque d’introduire une innovation nuisible. Nous proposons plusieurs méthodes de mesure du degré de rivalité et nous montrons notamment que, dès lors qu’il existe un certain équilibre entre les coûts et les bénéfices engendrés par la précaution, la rivalité rend les entreprises plus enclines à négliger les actions préventives/correctives et à briser la séquentialité du processus de R&D. / Innovation drives economic growth and it increases the standard of living of populations. This proposition of Joseph Alois Schumpeter (1912) has been rather confirmed than challenged by empirical evidence. Indeed, much research has shown that the link between innovation, economic growth and standard of living does exist. Hence, there is a fairly broad consensus on the idea that fostering innovation should constitute one of the main objectives of the economic policy. However, many innovations can affect the wealth, the health, or even the freedom of the society as a whole or of some of its members. For instance, genetically-modified seeds enable farmers to increase agricultural production but they may also have a negative effect on public health and the environment. This is also the case of nanotechnologies, certain software, some financial products, etc. On the assumption that innovations may induce social harm, this thesis provides a theoretical framework in order to guide the regulator in implementing a sound policy. First, we successively evaluate the performance of several instruments available for regulating potentially harmful innovations. We examine two distinct liability rules and we characterize the conditions under which each regulatory response should be implemented. Unlike previous work, we show that even though the innovator has unlimited liability, authorizations may be optimal. Furthermore, in case of limited liability, we establish that penalties should never be favored. Second, we determine the optimal patent policy when the innovation generates a negative externality. In that case, the patent breadth not only influences the deadweight loss induced by the industrial property, but also the size of the external effect. We provide several interpretations of the concept of breadth and we compute the optimal patent structure. Besides, we address the question of how much to reward innovators and we show that a modulated patent policy giving stronger protection to those who have implemented safe Research & Development (R&D) strategies might be an instrument with the potential to prevent the emergence of harmful innovations. Last, we consider several firms engaged in an innovation race and we determine the conditions under which an increase in rivalry leads them to hasten the R&D process at the risk of introducing a harmful innovation. We provide several methods of measurement for the degree of competition and we show that whenever there is some balance between the cost and the benefit induced by safety, then rivalry makes firms more inclined to overlook preventive/corrective actions and to break the sequentiality of R&D.