Holothuria scabra est l'holothurie comestible à haute valeur marchande la plus distribuée et la plus exploitée dans l'Indo-Pacifique tropical. Dès lors, et à cause de la demande croissante des pays importateurs et consommateurs, les stocks naturels de l'espèce sont confrontés actuellement un problème de surexploitation. A Madagascar, les situations économique, sociale et politique difficiles ainsi que l'insuffisance d'un plan efficace pour l'aménagement de cette exploitation, rendent la situation plus délicate encore. La surexploitation se traduit par la diminution de la production, la raréfaction de certaines espèces, la dégradation de la qualité du produit et entraîne une forte concurrence entre les exploitants et le non respect de la législation existante. Un plan d'aménagement de cette exploitation est proposé dans ce travail. Celui-ci concerne la gestion de la pêche, la restauration et la pérennisation des stocks naturels, et la valorisation des produits. L'holothuriculture est considérée comme la solution d'avenir pour pallier une demande sans cesse croissante en trépang, restaurer les stocks naturels et sauver les espèces d'holothuries menacées d'extinction. Dans ce travail, il s'agissait d'étudier les aspects biologiques de l'espèce liés à la réalisation de l'élevage de ses larves et juvéniles. Des études concernant le cycle de reproduction de la population locale (baie de Toliara 23° 27' S; 43°41' E côte Sud-ouest de Madagascar), l'induction de la maturation ovocytaire, le développement larvaire et post-larvaire, le développement squelettique chez les larves et les juvéniles, et la croissance des larves et des juvéniles ont été menées. Le but était d'optimaliser la production de juvéniles de H. scabra en écloserie en s'appuyant sur les connaissances préexistantes et acquises. Le cycle de reproduction de H. scabra a été étudié de novembre 1998 à avril 2001 par le suivi de la variation mensuelle de l'indice gonadique, de l'indice de maturité sexuelle et du pourcentage de chaque stade de maturité sexuelle. La population étudiée présente un cycle de reproduction annuel. Toutefois, des gonades mûres sont présentes dans la population presque toute l'année. Les individus mûrs et prêts à pondre sont toutefois plus nombreux entre novembre et avril. Le cycle annuel comporte cinq périodes mais la population étudiée n'a jamais présenté un cycle bien défini et stable. Les échantillons mensuels de gonades sont relativement hétérogènes. La gonade de Holothuria scabra est formée d'une touffe de plusieurs tubules ramifiés. Le développement des gonades ne suit pas le modèle de recrutement progressif des tubules. Si les tubules constitutif d'une gonade n'ont pas les mêmes longueurs, ils sont par contre au même stade de maturité sexuelle. La troisième partie du travail porte sur le développement et l'élevage de H. scabra en structures aquacoles et plus particulièrement sur la production des juvéniles. Ceci débute par l'obtention des œufs fécondés. Pour ce faire, une procédure artificielle recourant à l'induction de la maturation ovocytaire a été utilisée. L'utilisation d'une substance nouvelle (la Nirina) s'est avérée très efficace pour induire la maturation ovocytaire de l'espèce H. scabra. Plus de 90% des ovocytes deviennent matures et sont fécondables après avoir été mis en sa présence. Contrairement aux effets de diverses molécules connues pour induire la maturation chez certaines espèces (dithiothreitol, L-cysteine), les œufs fécondés obtenus par cette méthode sont viables et ont de développement normal. Le développement larvaire se fait en moyenne en deux semaines mais il est influencé par les facteurs température et densité d'élevage. Les élevages conduits à basse température et faible densité ont de meilleure performance de croissance et un meilleur taux de survie. Par contre, le développement est plus lent à basse température. La durée de la phase épibionte des juvéniles est évaluée à environ six semaines, période après laquelle les juvéniles atteignent une longueur moyenne de 20mm (0,5g). Leurs croissance et développement sont moins influencés par la température que ceux des larves. Leur croissance est influencée par la qualité de la nourriture. Les juvéniles épibiontes ont une croissance en longueur plus élevée (0,356 mm/j) et une croissance pondérale moins élevée (12,89mg/j) que les juvéniles fouisseurs (endobiontes). L'apparition et le développement des structures squelettiques ont été observé chez les larves et juvéniles de H. scabra. L'apparition des nouvelles spicules calcaires a pu être suivi chez les juvéniles épibiontes . Ce travail met en évidence de nouveaux aspects de la biologie et de l'élevage de H. scabra, espèce aux rôles économiques et écologiques importants dans les régions de l'Indo-Pacifique. La connaissance des aspects reproducteurs et du développementaux est essentielle pour une gestion durable des pêches et exploitation.

Ce travail de thèse focalise sur le fonctionnement du réseau microbien de la lagune de Thau à travers une approche « Réseau » ayant permis l’étude simultanée de l’ensemble des groupes microbiens (21 groupes) des virus au microzooplancton. La croissance et la mortalité des micro-organismes ont été étudiées expérimentalement lors de plusieurs saisons puis d’une étude en mésocosme. Nous avons déterminé les proportions de mortalité dont sont responsables le microzooplancton et les virus au travers de la lyse virale. Un suivi in situ puis en mésocosme dans la lagune de Thau nous a permis d'observer la réponse des composantes du réseau microbien à un forçage typiquement Méditerranéen, la crue.Il apparait que les bactéries hétérotrophes ont les plus fortes croissances allant jusqu’à 2,18 jour-1. La croissance pour divers groupes pico- et nano-phytoplanctoniques était inférieure à 1,5 jour-1. La cause majeure de mortalité des différents groupes de micro-organismes étudiés est la prédation du microzooplancton (> 90% en moyenne), tandis que la lyse virale semble être un processus sporadique et nettement moins important. Le fait que les taux de prédation observés soient très proches des taux de croissance de différents micro-organismes suggère que le réseau microbien étudié présente une forte efficacité de transfert de la biomasse vers les niveaux trophiques supérieurs.Dans ce contexte, la crue provoque à court terme une diminution de la croissance microbienne et du broutage, alors qu’elle déclenche la lyse virale chez certains groupes. Cependant, la réactivité de ce réseau permet un rétablissement rapide indiquant une forte capacité de résilience de ce système. / The aims of this thesis work were to shed new lights on the functioning of the microbial food web (MFW) in the Thau coastal lagoon through a “global approach” that permit us to study simultaneously the entire MFW components (21 groups) from viruses to microzooplankton. Growth and mortality of microorganisms were studied experimentally along seasons and during a mesocosm experiment. We particularly focus on mortality due to microzooplankton (<200µm) grazing and viral lysis. Responses of the different components of the MFW under a typical Mediterranean forcing, flash flood, was also studied during an in situ monitoring and a mesocosm experiment in the Thau Lagoon.In conclusion, it appears that heterotrophic bacteria show the highest growth rates (until 2.18 day-1). Growth rates of pico- and nanophytolankton groups were always lower than 1.5 day-1. The major cause of mortality of the different group studied, reaching on average 90%, was due to the predation by the microzooplankton. Mortality due to viral lysis appeared to be a “sporadic processes”, less important than microzooplankton grazing indeed. In addition, the observed grazing rates or bacterivory were close to growth rates of microorganisms, suggesting an efficient trophic transfer of the microbial biomass towards higher trophic levels.River flash flood; an important forcing in the Mediterranean coastal zone; triggered on a short time scale, a decrease in growth and grazing rates of microorganisms whereas viral lysis was enhanced. However, the important dynamics of this studied MFW allowed the rapid reestablishment of growth and grazing rates, indicating a strong resilience capability of this system.

Holothuria scabra est l'holothurie comestible à haute valeur marchande la plus distribuée et la plus exploitée dans l'Indo-Pacifique tropical. Dès lors, et à cause de la demande croissante des pays importateurs et consommateurs, les stocks naturels de l'espèce sont confrontés actuellement un problème de surexploitation. A Madagascar, les situations économique, sociale et politique difficiles ainsi que l'insuffisance d'un plan efficace pour l'aménagement de cette exploitation, rendent la situation plus délicate encore. La surexploitation se traduit par la diminution de la production, la raréfaction de certaines espèces, la dégradation de la qualité du produit et entraîne une forte concurrence entre les exploitants et le non respect de la législation existante. Un plan d'aménagement de cette exploitation est proposé dans ce travail. Celui-ci concerne la gestion de la pêche, la restauration et la pérennisation des stocks naturels, et la valorisation des produits. L'holothuriculture est considérée comme la solution d'avenir pour pallier une demande sans cesse croissante en trépang, restaurer les stocks naturels et sauver les espèces d'holothuries menacées d'extinction. <p>\ / Doctorat en sciences, Spécialisation biologie animale / info:eu-repo/semantics/nonPublished