Cryptomonads are in majority autotrophic biflagellate organisms living in aquatic environments, which can be marine, brackish and freshwater. Although cells are easily reckonable at class level due to the asymmetrical shape and the gyrating swimming motion, the identification of species needs a broad morphological approach associated to molecular data. The group\'s taxonomy is confusing and controversial, due to authors\' disagreement concerning the diacritic features for taxa identification, and even the validity of the taxa. Furthermore, cryptomonads cells, many times, are diminutive and do not possess rigid structures, complicating the morphological distinction. Consequently, the knowledge of the group\'s biodiversity is very incomplete and based on very limited sampling. Accordingly, the present study aimed to enhance the knowledge of the cryptomonads species diversity maintained in cultures. We used 53 strains for the study of the phylogenetic diversity, using sequences of nuclear SSU and ITS2, and nucleomorph SSU rDNA. Six strains had their morphologies investigated by the use of light, confocal, scanning and transmission electron microscopies. As result, one new record for the Atlantic Ocean was registered, Nephroselmis viridis, a green algae genus initially described as Cryptophyceae. In addition, four new species form coastal regions of Brazil were described, Hemiselmis aquamarina, Rhodomonas iguapensis, Rhodomonas marataiama and Rhodomonas potiguaris. The first, has a new type of phycobiliprotein, Cr-PC- 564, and the others Cr-PE 545. All the new species proposed were highly supported as monophyletic lineages. Our molecular results suggest that Rhinomonas and Storeatula must be invalidated because these genera are not monophyletic and the morphological traits are not phylogenetic informative. The newly described species were also the first cryptomonads described for the marine environment of Brazil. Consequently, the present study contributed significantly to the initial knowledge of cryptomonads composition in the South Atlantic / Criptofíceas são organismos biflagelados, majoritariamente autotróficos, que habitam ambientes aquáticos, sejam marinhos, dulcícolas ou salobros. Embora facilmente diagnosticáveis em microscópio de luz devido à sua forma assimétrica e aos movimentos giratórios do nado, a identificação em nível específico exige uma ampla abordagem morfológica associada a dados molecular. A taxonomia do grupo é confusa, na qual os autores se contradizem a respeito dos caracteres diacríticos para identificação dos táxons e até mesmo da validade dos táxons. Tanta discussão advém do fato das células de criptofíceas muita das vezes serem diminutas e não possuírem estruturas rígidas, sendo difícil a sua distinção morfológica. Consequentemente, o conhecimento da biodiversidade do grupo é bastante incompleto e baseado em amostragens muito limitadas. Dessa forma, o presente estudo visou ampliar o conhecimento da diversidade de espécies de criptofíceas mantidas em culturas. Foram utilizadas 53 cepas para estudo da diversidade filogenética por meio dos marcadores nuclear SSU, ITS2 e nucleomorfo SSU rDNA. Seis cepas foram investigadas morfologicamente, usando microscópios de luz, confocal, eletrônico de varredura e transmissão. Como resultado, foi encontrado um novo registro de espécies para o Atlântico, Nephroselmis viridis, um gênero de alga verde primeiramente descrito como Cryptophyta. Além disso, quatro espécies novas advindas de regiões costeiras do Brasil foram descritas, Hemiselmis aquamarina, Rhodomonas iguapensis, Rhodomonas marataiama e Rhodomonas potiguaris. A primeira delas, tem um novo tipo de ficobiliproteína, Cr-PC 564, e as demais possuem Cr-PE 545. Essas novas espécies formam linhagens monofiléticas com altos valores de suporte dos nós. Os resultados sugerem que os gêneros Rhinomonas e Storeatula devem ser invalidados, uma vez que as características usadas na sua circunscrição não servem para todos as linhagens do gênero. As espécies novas de criptofíceas descritas também foram as primeiras descritas para criptofíceas marinhas do Brasil. Consequentemente, este estudo contribuiu significativamente para o conhecimento inicial da composição das criptofíceas no Atlântico Sul