Les stratégies de protéomique quantitative sans marquage sont très attractives dans le domaine de la recherche de biomarqueurs de pathologies. Cependant, elles requièrent une pleine maîtrise du schéma analytique et de sa répétabilité. Plus particulièrement, la préparation d’échantillons nécessite d’être suffisamment répétable pour ne pas impacter la qualité et la fiabilité des résultats. Les objectifs de cette thèse étaient de développer et d’optimiser des méthodes analytiques pour la protéomique quantitative, en particulier pour l’étape de préparation d’échantillons. Ainsi, un protocole innovant, simple, rapide et permettant l’analyse quantitative sans marquage d’un grand nombre d’échantillons avec une haute répétabilité a été développé et optimisé : le « Tube-Gel ». Par ailleurs, des préparations d’échantillons adaptées à différentes matrices biologiques pour la recherche de biomarqueurs ont été élaborées. Les méthodes mises au point et leur application ont permis de proposer des candidats biomarqueurs pour plusieurs pathologies : le glioblastome, les lymphomes B diffus à grandes cellules, et les complications survenant sur les greffons rénaux. / Label-free quantitative proteomics strategies are very attractive for diseases biomarkers researches. These approaches require the full control and the repeatability of the analytical workflow. In particular, the sample preparation has to be repeatable enough to ensure the quality and reliability of the results. Objectives of this work were to optimize and develop analytical methods for quantitative proteomics, with a special focus on the sample preparation step. Thus, an innovative, easy and fast protocol allowing the analysis of high sample numbers with high repeatability was developed and further optimized: the “Tube-Gel” protocol. Besides,sample preparations adapted to a variety of biological matrices were developed for the search of biomarkers. The developed methods and their application allowed the identification of potential biomarkers for a variety of diseases: glioblastoma, diffuse large B-cell lymphomas and renal transplants failures.

L'entrée en vigueur de la Convention d'Interdiction des Armes Chimiques depuis 1997 et l'augmentation de la menace terroriste nécessitent le développement de méthodes d'analyse permettant d'identifier des agents de guerre chimique. Le couplage électrophorèse capillaire-spectrométrie de masse (CE-MS) présente des propriétés intéressantes pour l'analyse de composés chargés ou très polaires tels que les produits de dégradation d'agents neurotoxiques (acides alkyl alkylphosphoniques spécifiques et acides alkylphosphoniques non-spécifiques). Le développement d'une méthode CE-MS pour l'analyse d'un mélange constitué d'acides alkyl alkylphosphoniques et alkylphosphoniques comportant des composés isomères, a permis d'évaluer la sélectivité et les capacités d'identification du couplage CE-MS. Les expériences CE-MS-MS se sont avérées particulièrement efficaces pour identifier des acides alkyl alkylphosphoniques isomères non séparés en CE, tandis que la séparation par CE est indispensable pour différencier des acides alkylphosphoniques isomères indiscernables en MS-MS. Deux méthodes de préconcentration électrophorétique en ligne ont ensuite été développées pour améliorer la sensibilité de détection. La préconcentration par amplification du champ électrique (FASS) a ainsi permis d'améliorer la sensibilité d'un facteur 10 dans des matrices environnementales de faible conductivité (eau potable et eau de rivière). Des limites de détection des acides alkyl alkylphosphoniques comprises entre 0,25 et 0,50 µg.mL-1 ont été atteintes. La préconcentration par isotachophorèse transitoire (tITP) a ensuite été développée pour améliorer la sensibilité de détection d'acides alkyl méthylphosphoniques contenus dans des matrices de forte conductivité (extrait de sol et urine de rat) en CE-MS. La méthode tITP-CZE-MS a ainsi permis d'améliorer la sensibilité d'un facteur 40 environ et d'atteindre des limites de détection des acides alkyl méthylphosphoniques contenus dans un extrait de sol et de l'urine de rat comprises entre 9 et 220 ng.mL-1.

Pour de nombreuses applications informatiques, il est nécessaire d'interpréter des données échantillonnées et de fournir une représentation aussi correcte que possible des objets dont elles proviennent. Entre autres, on peut penser à l'imagerie médicale, au reverse engineering, à des applications de réalité virtuelle ou encore aux effets spéciaux pour le cinéma. Le problème étudié dans le cadre de cette thèse peut être formulé ainsi : à partir d'un ensemble S de points 3D échantillonnés sur un objet O, il s'agit de fournir un modèle géométrique de la surface délimitant O. Dans un premier temps, on détaille l'implantation d'une solution classique en Géométrie algorithmique dans le cadre du progiciel CGAL (http://www.cgal.org/). Les modules développés, Alpha-formes en dimensions 2 et 3, sont dorénavant partie intégrante de la libraire et distribués avec la version 2.3. Ensuite, on présente une nouvelle approche pour la reconstruction 3D à partir de nuages de points, dont le principe est de déployer une surface orientable sur les données. Cette méthode se révèle être très efficace, et surtout capable de fournir des réponses dans des cas difficiles. Elle offre, en outre, d'excellentes performances et permet de traiter de gros jeux de données. Enfin, on décrit une nouvelle méthode de reconstruction 3D pour des points organisés en sections. Il s'agit d'une méthode d'interpolation reposant sur les voisins naturels, un système de coordonnées barycentriques locales. Elle réunit deux grandes tendances: elle propose une définition fonctionnelle, C^1 presque partout, de l'objet reconstruit tout en ne considérant que des structures géométriques discrètes de type triangulation de Delaunay. L'interpolation de coupes parallèles permet, de surcroît, une solution efficace, grâce à des calculs uniquement réalisés en dimension 2.

Cette thèse de doctorat examine les principales défaillances du marché du travail qui entraînent que les travailleurs n’arrivent pas à obtenir la pleine rémunération potentielle qui corresponde à leur capital humain. Il y a « inefficacité salariale » lorsque le salaire obtenu est inférieur au maximum atteignable. Dans un tel cas, les salariés reçoivent un salaire injuste par rapport au capital humain disposé. Cela décourage à investir dans son capital humain ce qui aura tendance à réduire la productivité totale, à affaiblir la compétitivité et à nuire à la croissance économique du pays. La contribution que nous apportons à travers ce travail est de trois ordres. Dans un premier temps, nous proposons un nouveau regard par rapport à l’intégration des jeunes sur le marché du travail. Plutôt que d’examiner si les individus obtiennent un contrat de travail stable ou non, nous adoptons une approche qui s’intéresse à la qualité de l’appariement « emploi – compétences » de jeunes entrant fraîchement dans la vie active. Nos travaux fournissent des résultats empiriques qui mettent en évidence les différentes théories de recherche d’emploi. Dans un second temps, en raison du considérable défi que représente l'identification et l'évaluation des pratiques discriminatoires sur le marché du travail, nous proposons une approche innovatrice et efficace pour examiner le phénomène du plafond de verre (barrière invisible à l’accès des postes de décision mieux rémunérés). Dans la dernière partie de cette thèse, nous proposons un modèle économétrique théorique qui améliore la correction du problème de biais de sélection pour les modèles de frontière stochastique. / This doctoral thesis addresses issues related to employees’ imperfect information on the labour market and discrimination, generally all direct consequences of labour underpayment or “earnings inefficiency”. Workers are in a situation of earnings inefficiency when they do not receive the full potential remuneration corresponding to their human capital endowment: unfair pay for greater stock of human capital. This situation is problematic from a policy-makers point of view as it could weaken work incentives, discourage investments in human capital, and harm economic growth and competitiveness. It could also widen inequality within the society and contribute to the increase in relative poverty.The contribution we make through this work is threefold. First, we examine the integration of young people into the labour market from a new angle. Instead of examining whether individuals obtain stable employment or not, we use an approach that focuses on the quality of the job matching for young people entering the workforce and lacking labour market information. This first chapter provides empirical evidence on job search theories. In a second chapter, because of the considerable challenge of identifying and assessing discriminatory practices in the labour market, we propose an innovative and effective approach to examine the phenomenon of the glass ceiling (an invisible barrier to management positions associated with higher earnings). Finally, the last part of this doctoral thesis is devoted to improving the econometric approach we use. We propose a theoretical econometric model that improves correction for sample selection bias with stochastic frontier models.