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Les nouvelles approches de l'analyse multi-paramétrique en cytométrie de masse : caractérisation des cellules réservoirs du VIH / New approaches to multiparametric analysis in mass cytometry

Corneau, Aurélien 09 October 2018 (has links)
La cytométrie de masse CMM) a révolutionné l'étude de la diversité cellulaire et phénotypique, en augmentant de manière significative le nombre de marqueurs pouvant être analysés simultanément (41 à ce jour). En permettant de définir précisément l'état des populations de lymphocytes, notamment en ce qui concerne leur différenciation, activation et leur entrée dans le cycle cellulaire, la CMM a mis au jour de petits sous-ensembles jusqu'ici inconnus. Dans cette étude, la CMM a été utilisée pour tenter de mieux caractériser les réservoirs du VIH. Avec l'introduction de la thérapie antirétrovirale combinée (ART) en 1996, l'infection par le VIH est passée d'un destin fatal à une maladie chronique gérable avec une durée de vie normale grâce à une réduction de la réplication virale active (la quantité de virus est en deçà des limites de détection optimales). Cependant, si le traitement est interrompu, la charge virale chez le patient augmente à nouveau du fait des réservoirs de provirus viables localisés dans des populations de cellules à longue durée de vie et qui ne peuvent pas être éliminées par les traitements actuels. Ces cellules infectées réservoirs constituent un obstacle majeur à l'éradication du VIH. Le réservoir le mieux caractérisé est celui des lymphocytes T CD4+ et est principalement hébergé dans les TCM, les TTM, les TSCM et les Tfh. Une première étude nous a permis d’évaluer les stades du cycle cellulaire en association à des marqueurs de différenciation, d'activation et d'épuisement, pour aboutir à une évaluation poussée de l'état de quiescence des lymphocytes T CD4 susceptibles d’abriter les réservoirs latents de VIH. Cette large analyse multiplexe démontre que certains sous-ensembles des LTCD4+CD25-HLA-DR- classiquement considérés "au repos"- contiennent en fait des quantités notables de cellules en cycle ou exprimant des récepteurs inhibiteurs, ouvrant de nouvelles voies pour une redéfinition des cellules T CD4 quiescentes du sang périphérique. Une deuxième étude avait pour but de définir les populations de LT CD4 produisant du VIH in vivo. Nous avons développé une analyse multiparamétrique sur des cellules de patients VIH+ sous ART et en phase d’interruption thérapeutique (ATI). Cette étude met en évidence que les cellules CD3+CD4+CD32high expriment un fort taux de marqueurs d’activation et reçoivent d’importants signaux d’activation via des cytokines, à l'inverse des cellules CD32a-. D'autre part, l'analyse des LTCD4+ producteurs de VIH (exprimant la protéine de capside p24), nous a permis de détecter un très faible nombre de cellules positives p24+ (inférieur à 0,004% en phase d’ATI mais aucun avant). Le phénotype des cellules productrices a ensuite été mis en évidence. Il s’agit de lymphocytes T n’exprimant pas de CD8, enrichis d’un facteur 4 en cellules TSCM, et d'un facteur 2 en TFH. Ces populations sont très enrichies en cellules activées co-exprimant 3 marqueurs d’activation (augmentés d’un facteur 20) et sont en cycle (Ki67+) et/ou sur-expriment des molécules de contrôle immunitaire (ICP) avec un enrichissement d’un facteur 500. Ceci nous permet de détecter des cellules productrices avec des fréquences beaucoup plus élevées dans ces populations TCD3+CD8- en cycle à hauteur de 0,08%, et en phase G2 (2,46%), mais également dans les cellules présentant une poly-expression des 4 immune-checkpoints (2,27%). L’avènement de la cytométrie de masse a augmenté de façon exponentielle les informations que nous pouvions obtenir sur une cellule. Grâce à cet outil, l’identification du cycle cellulaire, en corrélation avec différents marqueurs phénotypiques, permet d’explorer des informations jusque-là inaccessibles, entre autre l’analyse des réservoirs latents et productif du VIH. Ce travail permet ainsi de caractériser le plus précisément possible ces cellules productrices de VIH, mais aussi les cellules latentes, et potentiellement réservoirs du virus. / Mass cytometry (CMM) has revolutionized the study of cell and phenotypic diversity, significantly increasing the number of markers that can be analyzed simultaneously (41 to date). By making it possible to precisely define the state of the lymphocyte populations, particularly regarding their differentiation, activation and entry into the cell cycle, the CMM has revealed small subsets so far unknown. In this study, the CMM was used to try to better characterize the HIV’s reservoirs. With the introduction in 1996 of Combined Antiretroviral Therapy (ART), HIV infection has shifted from a fatal destiny to a manageable chronic disease with a normal life span through a reduction in active viral replication (the amount of virus is below optimal detection limits). However, if treatment is interrupted, the viral load increases again in the patient due to viable provirus reservoirs located in long-lived cell populations that cannot be eliminated by current treatments. These reservoirs constitute a major obstacle to the eradication of HIV. The best characterized reservoir is that of CD4+ T cells and is mainly hosted in TCM, TTM, TSCM and Tfh. A first study allowed us to evaluate the stages of the cell cycle in association with markers of differentiation, activation and exhaustion, leading to a thorough assessment of the quiescent state of CD4 T cells likely to harbour latent reservoirs of HIV. This broad multiplex analysis demonstrates that some subsets of LTCD4+CD25-HLA-DR- classically considered "at rest" – do actually contain significant amounts of cells in cycling or expressing inhibitory receptors, opening new pathways for redefining CD4 T quiescent cells from peripheral blood. A second study aimed to define CD4+ T Cells populations producing HIV in vivo. We have developed a multiparametric analysis on cells of HIV+ patients under ART and in therapeutic interruption phase (ATI). This study shows that CD3+CD4+CD32high cells express a high level of activation markers and receive important activation signals via cytokines, unlike CD32a- cells. On the other hand, the analysis of HIV-producing LTCD4+ (expressing the p24 capsid protein), allowed us to detect a very small number of p24+ positive cells (less than 0.004% in ATI phase but none before). The phenotype of the producing cells was then highlighted. These are T lymphocytes that do not express CD8, enriched with a factor 4 in TSCM cells, and a factor 2 in TFH. These populations are highly enriched in activated cells co-expressing 3 activation markers (increased by a factor of 20) and are in cycle (Ki67+) and/or over-express immune control molecules (ICPs) with an enrichment of a factor of 500. This allows us to detect producing cells with much higher frequencies in these TCD3+CD8- populations in cycles up to 0.08%, and in G2 phase (2.46%), but also in cells with poly-expression of 4 immune-checkpoints (2.27%). The advent of mass cytometry has exponentially increased the information we could get on a cell. Thanks to this tool, cell cycle identification, in correlation with different phenotypic markers, makes possible the exploration of previously inaccessible information, including the analysis of latent and productive reservoirs of HIV. This work enables us to characterize as precisely as possible these HIV-producing cells, but also the latent cells, and potentially reservoirs of the virus.
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Au-delà des incendies : la fluctuation de la charge de travail des pompiers québécois

Villeneuve, Maude 29 May 2024 (has links)
La charge de travail des pompiers fluctue entre des états extrêmes. D’une part, les pompiers doivent intervenir dans une grande variété de situations d’urgence exigeant des efforts physiques et psychologiques intenses et soutenus. D’autre part, l’attente vécue entre l’occurrence de ces événements peut les exposer à un lourd ennui au travail. Leur quotidien se caractérise donc par une imprévisibilité constante, qui a été peu étudiée au profit de sujets plus dramatiques tels que les risques de syndrome de stress post-traumatique. Toutefois, cette superposition d’urgence et d’attente suggère des dynamiques organisationnelles complexes dans les casernes, particulièrement par rapport aux nombreuses fluctuations de la charge de travail. Aucune étude n’a été réalisée à ce jour afin de comprendre explicitement les facteurs de variation de cette fluctuation chez les pompiers ainsi que les stratégies mises en place afin de maintenir une charge équilibrée. Cette thèse de doctorat vise donc à documenter la charge de travail des pompiers québécois d'une manière qui reflète fidèlement sa nature dynamique et fluctuante, au contraire de la mesure statique courante de ce phénomène. Cette étude est nécessaire et comble plusieurs lacunes théoriques, empiriques et méthodologiques de la littérature sur la charge de travail et les métiers d’urgence. Grâce à l’approche ethnographique privilégiée, cette étude vise à fournir une compréhension dynamique du rôle actif des travailleurs envers la gestion de leur charge de travail. Le travail des pompiers a généralement été étudié avec des approches quantitatives qui limitent notre compréhension des aspects dynamiques et complexes de la charge de travail. Afin de combler cette lacune, le premier article de cette thèse propose un modèle dynamique de compréhension de la charge de travail. Ce modèle a été élaboré en regroupant deux domaines de recherche habituellement considérés comme épistémologiquement incompatibles, soit le modèle JD-R (Bakker & Demerouti, 2006) et l’ergonomie française (Falzon & Sauvagnac, 2004). Ancré par une posture pragmatique, ce modèle propose une jonction entre le remodelage de poste et les concepts et méthodes ergonomiques associés à l’analyse de l’activité. Il met aussi en évidence la nécessité de méthodologies qualitatives ou mixtes pour illustrer adéquatement les différentes interactions entre les dimensions du modèle et de représenter les actions des individus selon leur signification pour eux et leur portée sur la perception de la charge de travail. Les articles empiriques de cette thèse se fondent sur une étude qualitative ethnographique ayant eu lieu dans deux services incendie du Québec. L’observation a consisté en 342 heures d’observations de jour et de nuit distribuées entre cinq casernes réparties entre les deux municipalités. Les périodes d’observation ont permis de documenter la réalité des pompiers oeuvrant dans des casernes périphériques et centrales lors des quatre saisons de l’année. Ving-huit pompiers permanents et 15 pompiers temporaires ont été observés, et de ce nombre, 17 entrevues individuelles ont été réalisées. En réponse à une réalité observée sur le terrain, le premier article empirique focalise sur l’ennui au travail perçu par les pompiers lors des périodes d’attente entre les interventions d’urgence. Il vise à répondre aux questions suivantes: comment l’ennui se manifeste-t-il dans les casernes, et quels facteurs influencent sa perception par les pompiers ? L’étude montre qu'un contexte organisationnel caractérisé par peu de demandes est perçu comme plus fatigant qu’un quotidien surchargé d’interventions. Elle souligne aussi que l'ennui chronique conduit à un cercle vicieux dans lequel les individus deviennent de moins en moins en mesure de gérer le temps consacré aux activités non urgentes. Alors que d'autres études ont principalement porté sur les réactions des pompiers dans les situations d'urgence, cette recherche met en lumière leurs réactions à l'ennui et offre des pistes d'action tangibles. Le deuxième article empirique traite des fluctuations dynamiques de la charge de travail. Il vise à documenter les facteurs de variation de la charge de travail des pompiers ainsi qu’à documenter les stratégies permettant aux pompiers de gérer au mieux de leurs capacités l’imprévisibilité de ces fluctuations caractéristiques de leur quotidien. Les résultats illustrent comment les variations provenant de l’environnement, des demandes et des ressources individuelles et organisationnelles occasionnent des variations dans les perceptions de charge de travail. En contraste avec la littérature courante, ce ne seraient pas seulement les variations dans les demandes qui entraîneraient des variations de perceptions de la charge de travail. Les résultats mettent aussi en évidence le rôle actif de l’individu dans la gestion de sa charge de travail et comment la mise en action de stratégies de remodelage de poste (job crafting) permet d’équilibrer la charge de travail perçue. Cette étude démontre l’importance de s’intéresser au métier de pompier au-delà des incendies. Elle établit que leur charge de travail n’est pas un phénomène simple se réduisant à la quantité de demandes qui leur sont exigées. Au contraire, la charge de travail des pompiers fluctue en raison de multiples facteurs environnementaux, organisationnels et individuels. Surtout, les pompiers ne sont pas des cibles passives des variations de leur environnement : par la mise en action de stratégies de remodelage de poste, ils construisent activement leur charge de travail quotidienne. / Firefighter's workload fluctuates between extreme states. On the one hand, firefighters must respond to a wide range of emergencies requiring intense and sustained physical and psychological efforts. On the other hand, they may find themselves in situations of prolonged waiting between occurrences of these critical events, and thus be exposed to heavy workplace boredom. Their daily life is characterized by constant unpredictability, which has been little studied in favor of more attractive subjects such as exposure to post-traumatic stress disorder. However, this emergency and waiting overlay suggests complex and dynamic organizational dynamics, particularly in relation to the many fluctuations in their daily workload. No studies have been carried as of yet to explicitly understand the variation factors of firefighter’s workloads as well as the strategies they implement to maintain a balanced workload. This thesis aims to document the workload of Quebec firefighters in a way that faithfully reflects its dynamic and fluctuating nature, unlike the static measurement common on this topic. This study is necessary and fills several theoretical, empirical and methodological gaps in the literature on occupational health and emergency trades. Through its ethnographic approach, this study provides an in-depth understanding of the active roles of workers and their organizations in managing workload. Firefighters’ work has so far been studied with quantitative approaches that limit our understanding of the dynamic and complex aspects of workload. To fill this gap, the first article of this thesis proposes a dynamic model of workload understanding. This model was developed by grouping together two research areas generally considered epistemologically incompatible. Anchored by a pragmatic posture, this model proposes a junction between the job crafting and the ergonomic concepts and methods associated with the activity analysis. It also highlights the need for qualitative or mixed methodologies to adequately illustrate the different interactions between the dimensions of the model and to represent the actions of individuals according to their significance for them and their impact on workload perception. The empirical articles of this thesis are based on a qualitative ethnographic study conducted in two fire departments of Quebec. Participant observation consisted of 342 hours of observation of firefighters’ work, including day and night shifts. Data collection was distributed between five barracks divided between the two municipalities. The observation periods have documented the reality of the firefighters involved in peripheral and central barracks during the four seasons of the year. 28 permanent and 15 temporary firefighters were observed, and out of these, 17 individual interviews were conducted. The first empirical article focuses on boredom at work perceived by firefighters during waiting periods between emergency interventions. It aims to answer the following questions: How is boredom manifested in fire stations, and what factors influence its perception by firefighters? Results show that an organizational context where low demands are systematically expected is perceived as more tiring than firefighting activities. The study highlights that being chronically bored leads to a vicious circle in which individuals become less and less able to manage time spent on non-urgent activities. Whereas other studies have mainly focused on firefighters’ reactions in emergency situations, this research sheds light on their reactions to boredom and offers tangible managerial courses of action. The second empirical paper deals with firefighters’ dynamic workload fluctuations. It aims to document factors influencing firefighters’ workload and to document the strategies that allow firefighters to manage to the best of their abilities the unpredictability of these characteristic fluctuations of their daily lives. The results illustrate how changes in the environment, demands, and individual and organizational resources cause variations in workload perceptions. In contrast to current literature, not only variations in demands would result in variations in perceptions of workload. The results also highlight the active role of the individual in managing his workload and how the implementation of job crafting strategies balances their perceived workload. This study demonstrates the importance of taking an interest in the firefighting profession beyond emergencies. It states that their workload is not a simple phenomenon that is limited to the amount of demands they are required of them. On the contrary, firefighters’ workloads fluctuate due to multiple environmental, organizational and individual factors. Above all, firefighters are not passive targets of variations in their environment: by implementing job crafting strategies, they are empowered in actively building their own workload.

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