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Assessing the robustness of genetic codes and genomes

Sautié Castellanos, Miguel 06 1900 (has links)
Deux approches principales existent pour évaluer la robustesse des codes génétiques et des séquences de codage. L'approche statistique est basée sur des estimations empiriques de probabilité calculées à partir d'échantillons aléatoires de permutations représentant les affectations d'acides aminés aux codons, alors que l'approche basée sur l'optimisation repose sur le pourcentage d’optimisation, généralement calculé en utilisant des métaheuristiques. Nous proposons une méthode basée sur les deux premiers moments de la distribution des valeurs de robustesse pour tous les codes génétiques possibles. En se basant sur une instance polynomiale du Problème d'Affectation Quadratique, nous proposons un algorithme vorace exact pour trouver la valeur minimale de la robustesse génomique. Pour réduire le nombre d'opérations de calcul des scores et de la borne supérieure de Cantelli, nous avons développé des méthodes basées sur la structure de voisinage du code génétique et sur la comparaison par paires des codes génétiques, entre autres. Pour calculer la robustesse des codes génétiques naturels et des génomes procaryotes, nous avons choisi 23 codes génétiques naturels, 235 propriétés d'acides aminés, ainsi que 324 procaryotes thermophiles et 418 procaryotes non thermophiles. Parmi nos résultats, nous avons constaté que bien que le code génétique standard soit plus robuste que la plupart des codes génétiques, certains codes génétiques mitochondriaux et nucléaires sont plus robustes que le code standard aux troisièmes et premières positions des codons, respectivement. Nous avons observé que l'utilisation des codons synonymes tend à être fortement optimisée pour amortir l'impact des changements d'une seule base, principalement chez les procaryotes thermophiles. / There are two main approaches to assess the robustness of genetic codes and coding sequences. The statistical approach is based on empirical estimates of probabilities computed from random samples of permutations representing assignments of amino acids to codons, whereas, the optimization-based approach relies on the optimization percentage frequently computed by using metaheuristics. We propose a method based on the first two moments of the distribution of robustness values for all possible genetic codes. Based on a polynomially solvable instance of the Quadratic Assignment Problem, we propose also an exact greedy algorithm to find the minimum value of the genome robustness. To reduce the number of operations for computing the scores and Cantelli’s upper bound, we developed methods based on the genetic code neighborhood structure and pairwise comparisons between genetic codes, among others. For assessing the robustness of natural genetic codes and genomes, we have chosen 23 natural genetic codes, 235 amino acid properties, as well as 324 thermophilic and 418 non-thermophilic prokaryotes. Among our results, we found that although the standard genetic code is more robust than most genetic codes, some mitochondrial and nuclear genetic codes are more robust than the standard code at the third and first codon positions, respectively. We also observed that the synonymous codon usage tends to be highly optimized to buffer the impact of single-base changes, mainly, in thermophilic prokaryotes.
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Protection de l’entrepreneur individuel et droits des créanciers : étude comparée droit français-droit de l’OHADA / Protection of the individual entrepreneur and creditors' rights : a comparative study of the french and OHADA legislations

Diallo, Abdoulaye 16 December 2014 (has links)
Au regard du principe de l'unité du patrimoine, l'entrepreneur individuel engage tout son patrimoine. En cas de survenance de difficultés, ses créanciers pourront saisir ses biens professionnels et ses biens personnels. Cette responsabilité illimitée de l'entrepreneur individuel peut avoir des conséquences redoutables, notamment lorsqu'il est marié ou pacsé ou vivant en concubinage. Cette fragilité de l'entrepreneur individuel a poussé le législateur, aussi bien en droit français qu'en droit de l'OHADA, à créer des mécanismes lui permettant de mettre son patrimoine personnel à l'abri de la poursuite de ses créanciers professionnels. Ainsi, en dehors de toute affectation sociétaire, l'entrepreneur individuel peut, désormais, en droit français, soustraire ses biens personnels du droit de gage de ses créanciers professionnels, par le biais de la déclaration notariée d'insaisissabilité ou par le recours au statut de l'EIRL. Également, par le jeu des régimes matrimoniaux ou de la technique de la fiducie, il peut limiter les droits de ses créanciers. Cependant, l'efficacité des mécanismes de protection de l'entrepreneur individuel n'est pas absolue. En effet, elle est souvent remise en cause par les créanciers antérieurs, et même par l'entrepreneur individuel qui peut y renoncer, parfois dans le but d'obtenir du crédit. En outre, lorsque l'entrepreneur individuel est soumis à une procédure collective, l'efficacité des mécanismes de protection n'est que relative. Le cloisonnement des patrimoines recherché ou la soustraction de certains biens personnels du gage des créanciers est remis en cause. Dès lors, la protection qu'offrent ces mécanismes n'est que illusoire, d'où la nécessité de renforcer leur efficacité. A défaut de mécanismes de protection efficaces, l'entrepreneur individuel peut recourir aux différentes procédures de prévention comme alternative aux mécanismes de protection. / With regard to the principle of the system of assets, the individual entrepreneur take on all his assets. In case problems occur, his creditors could seize his personal properties and business assets. This unlimited liability of the individual entrepreneur might have serious consequences, especially when he is married, in a civil partnership or in concubinage. The individual entrepreneur's fragility has encouraged the legislature, in the French as well as in the OHADA law, to create mechanisms that would give him the opportunity to put his personal assets immune from the judicial proceedings of his professional creditors. Thus, apart from any associate's appropriation, the individual entrepreneur is now able, under the French law, to keep his personal assets out of his profesional creditors' right of forfeit, through the notarized statement from seizure or the option of the EIRL. Equally, through the matrimonial systems or the technique of the trust, he may limit the rights of his creditors. However, the effectiveness of the mechanisms of protection of the individual entrepreneur is not absolute. Indeed, it is often put into question by former creditors, and even the individual entrepreneur who sometimes may renounce to it in order to get credit. Moreover, when the individual entrepreneur is subjected to a collective proceeding, the effectiveness of the protection is only but relative. The partition of expected assets or the exemption of certain personal belongings from the creditors' forfeit is questioned. Therefore, the protection offered by these mechanisms is only but fallacious, hence the need to strengthen their effectiveness. In the absence of effective mechanisms of protection, the individual entrepreneur may resort to the different procedures of prevention as an alternative to the mechanisms of protection.

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