À partir d'une analyse épistémologico-langagière de trois débats scientifiques mettant au travail des concepts relevant de la biologie fonctionnaliste (nutrition dans une classe de 3e) et de la biologie historique (mécanismes de l'évolution dans une classe de première ES ; ancêtre hypothétique commun dans un groupe d'étudiants préparant le concours de recrutement de professeur des écoles), notre recherche vise à comprendre comment les pratiques de savoir et les pratiques langagières des élèves s'articulent étroitement pour permettre une problématisation scolaire visant des apprentissages biologiques. Le type d'analyse mené a permis d'expliciter les liens qui existent entre l'activité de problématisation des élèves, la dynamique de construction d'une explication en biologie et la secondarisation des textes produits oralement par les élèves. Nous avons distingué plusieurs niveaux de problématisation et précisé la fonction des obstacles par rapport au processus de problématisation.