É o processo de mutação que, em última instância, introduz diversidade nas populações. Quando a mutação é pontual e segrega na população, recebe o nome de polimorfismo de nucleotídeo único (ou SNP, de Single Nucleotide Polymorphism). Caso esse SNP seja vantajoso, ele aumenta de frequência na população e estabelece um forte desequilíbrio de ligação com seus SNPs vizinhos, consequência do processo chamado de efeito de carona genética. Esse efeito pode ter duas consequências na proximidade dos sítios selecionados: (1) pode levar ao aumento de frequência de mutações neutras ligadas a mutação vantajosa ou (2) pode reduzir o tamanho efetivo da população Ne nessas regiões, e, consequentemente aumentar a importância da deriva genética na variação genética dessas regiões. Como consequência, é comum que a região próxima a sítios vantajosos apresente acúmulo de mutações neutras com frequências acima do esperado sob neutralidade. No entanto, a maior parte de novas mutações são deletérias e seria esperado que fossem removidas da população por seleção purificadora. Entretanto, como os padrões de variabilidade observados no genoma resultam de processos seletivos atuando em conjunto com a deriva genética, não é incomum SNPs fracamente deletérios atingirem frequências elevadas nos diferentes contextos de história demográfica e seletiva das populações. O acúmulo desses SNPs fracamente deletérios no genoma reduz progressivamente a aptidão média da população, o que representa um aumento de sua carga genética. Neste estudo investigamos se na vizinhança de sítios vantajosos selecionados há um acúmulo de SNPs deletérios, contribuindo para a carga genética da população. Para responder essa questão, dividimos nosso estudo em três passos. Primeiro, desenvolvemos uma nova metodologia para estimar a diferença na carga genética entre região vizinha a sítios selecionados e o resto do genoma. Nossa metodologia é mais robusta do que a tradicionalmente utilizada pois garante que a região influenciada pela seleção natural e o controle apresentem o mesmo número de SNPs, e possibilita controlar para variáveis confundidoras, como a frequência dos polimorfismos, permitindo explorar regiões alvo com diferentes características e reduzir resultados espúrios. Em seguida, utilizamos nossa metodologia para testar se a carga genética na região vizinha a sítios sob seleção positiva é maior do que no restante do genoma. Identificamos um acúmulo de SNPs deletérios em europeus e leste asiáticos para amostras do projeto 1000 genomas.Mostramos também que as mesmas regiões exploradas em populações sob efeito de seleção positiva não apresentaram carga genética aumentada em populações nas quais essas regiões não experimentaram seleção positiva. Por último, utilizamos essa mesma metodologia para avaliar a carga genética em genes sob seleção balanceadora, os genes clássicos do HLA de classe I. Esses genes compõe uma das famílias gênicas mais estudadas em humanos e para os quais existem evidências indicando os sítios específicos que estão sob seleção balanceadora. Nosso teste mostrou que as regiões vizinhas aos sítios sob seleção balanceadora dentro dos genes do HLA apresentam acúmulo de SNPs deletérios para pelo menos dois agrupamentos populacionais. Assim, com os três passos aqui descritos, conseguimos apontar o aumento da carga genética em regiões próximas a sítios sob dois regimes de seleção distintos, utilizando uma metodologia capaz de considerar características específicas das regiões estudadas / It is the mutation process that ultimately introduces diversity into populations. When a mutation is punctual and segregates in the population, it is called a single nucleotide polymorphism (SNP). If this mutation is advantageous, it increases in frequency in the population and creates strong linkage disequilibrium with its neighboring loci, as a consequence of the hitchhiking effect. This effect can have two consequences in the vicinity of the selected sites: (1) it can increase the frequency of neutral mutations linked to this advantageous mutation or (2) can reduce the effective population size Ne in the region around the selected site, and consequently increase the importance of genetic drift in the genetic variation of these regions. As a consequence, it is common that the region around sites under advantageous selection to accumulate more neutral mutations at high frequencies than expected under neutrality. However, most new mutation are deleterious and it is expected that these mutation will be removed from the population by purifying selection. However, since the patterns of variability observed in the genome result from selective processes interacting with genetic drift, it is common for weakly deleterious SNPs to reach high frequencies in different population demographic histories. The accumulation of these weakly deleterious SNPs in the genome progressively reduces the population\'s fitness, increasing their genetic load. In this study we investigated whether in the neighborhood of selected sites there is an accumulation of deleterious SNPs due to hitchhiking, contributing to the genetic load of the population. To answer this question, we divided our study into three steps. First, we developed a new methodology to estimate the genetic load difference between the region around selected sites and the rest of the genome. Our methodology is more robust than those traditionally used one because it ensures that both the region influenced by natural selection and control have the same number of SNPs, reducing the probability of spurious results, and is flexible to different genome peculiarities, making it possible to explore target regions with different characteristics. We then used our methodology to test whether genetic load in the region around sites under positive selection is greater than in the rest of the genome. We found consistent evidence of an accumulation of deleterious SNPs in European and East Asian continental groups. We also showed that these same region do not present the same deleterious SNP accumulation in populations in which these region did not experience positive selection. Finally, we used this same methodology to evaluate the genetic load in genes under the balancing selection, the classic HLA class I genes. These genes are one of the most studied in humans and there is evidence that indicates the specific sites within these genes that are under balancing selection. We found that the regions around these sites under balancing selection within the HLA genes had deleterious SNPs accumulating for at least two continental groups. Thus, with the three steps described here, we were able to point out the increase of genetic load in regions around selected sites for two distinct selective regimes using a methodology that takes into account specific characteristics of the studied regions

TCC (graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências da Saúde. Odontologia. / Submitted by Maria Eduarda Evangelista null (maria.eduarda.evangelista@grad.ufsc.br) on 2014-12-03T23:11:23Z No. of bitstreams: 1 TCC Maria Eduarda.pdf: 1161761 bytes, checksum: 890d7efeaf011387fc95aaf429dfeaa4 (MD5) / Approved for entry into archive by Mariane Cardoso null (mariane.cardoso@ufsc.br) on 2014-12-08T02:08:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TCC Maria Eduarda.pdf: 1161761 bytes, checksum: 890d7efeaf011387fc95aaf429dfeaa4 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-08T02:08:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TCC Maria Eduarda.pdf: 1161761 bytes, checksum: 890d7efeaf011387fc95aaf429dfeaa4 (MD5) / Objetivos: Estabelecer a prevalência dos problemas oclusais, perda precoce de dente decíduo, hábitos bucais deletérios e tipo de tratamento ortodôntico relacionados à idade e gênero de crianças atendidas pelos alunos de graduação do curso de Odontologia da Universidade Federal de Santa Catarina. Metodologia: Este é um estudo transversal, do tipo exploratório e descritivo, de base quantitativa, feito a partir de prontuários de pacientes atendidos nos Estágios Supervisionados da Criança e do Adolescente da Universidade Federal de Santa Catarina/Brasil. Foram selecionados os prontuários de indivíduos com idades entre 4 e 12 anos com aparelho ortodôntico preventivo e interceptativo. E os dados foram analisados quanto à idade, gênero, tipo de maloclusão, presença de perda precoce, presença de hábitos bucais deletérios e tipo de tratamento. Resultados: A média de idade dos prontuários analisados foi de 7,7 anos, 53% da amostra é do sexo feminino e 47% do masculino. 67% apresentaram algum tipo de maloclusão. As mais prevalentes foram mordida cruzada posterior (26%), mordida aberta anterior (23%) e perda precoce com perda de espaço (15%). A perda precoce acometeu 49% da amostra, distribuída em 53% do sexo masculino e 47% do feminino. 61% da amostra apresentou algum hábito deletério, 38% apresentou um tipo de hábito, 20% dois tipos, 2% três tipos e 1% quatro. O hábito mais prevalente foi a sucção digital (28%), seguido da onicofagia (20%), uso da mamadeira (18%) e sucção da chupeta (14%). Dentre os portadores de hábitos de sucção digital, sucção de chupeta, uso da mamadeira e respiração buco-nasal, 48% apresentaram mordida aberta anterior e 38% apresentaram mordida cruzada posterior. Em todos os casos de mordida aberta anterior, foi verificada a presença de algum hábito bucal deletério. Os tratamentos mais frequentemente realizados foram: expansão palatina com o uso de expansor do tipo Haas (27,4%), reposicionamento lingual pelo uso de grade palatina (15,9%), manutenção de espaço pelo uso de banda-alça (15,9%), arco lingual (10,8%) e mantenedor removível superior (6,4%). Conclusão: A mordida cruzada posterior foi a maloclusão mais prevalente, seguida da mordida aberta anterior e perda de espaço por perda dentária precoce. Todos os casos de mordida aberta anterior apresentaram concomitantemente hábito bucal deletério. O tipo de tratamento mais realizado foi a expansão palatina.