Cette thèse d'habilitation à diriger des recherches décrit un projet en économie des pêches centré sur la question des conditions d'évolution de la rente halieutique, avec une application aux flottilles françaises opérant en Atlantique. La quantification de la rente et l'analyse des processus par laquelle elle évolue, sont un enjeu majeur de recherche dans un domaine où des bénéfices substantiels peuvent être attendus d'une modification des conditions d'accès à des ressources communes et naturelles. La stratégie de recherche est organisée autour de thèmes complémentaires de travail qui concernent l'évaluation économique des usages, l'analyse des comportements des flottilles de pêche et le développement d'approches intégrées en bioéconomie pour l'évaluation de scénarios de gestion des pêcheries. Le corpus théorique mobilisé emprunte principalement à l'économie des ressources renouvelables, à la microéconomie et par certains aspects aux concepts de l'économie institutionnelle. L'accent est porté en particulier sur les outils et les méthodes permettant d'améliorer les connaissances sur les structures et le statut économique de l'exploitation, mais également d'identifier les facteurs clés de la dynamique des flottilles de pêche. La compréhension de ces dynamiques est en effet essentielle pour prévoir les réponses possibles des usages halieutiques à des modifications des conditions économiques, institutionnelles ou environnementales. L'évaluation des effets économiques et biologiques réels de telles modifications en dépend. L'intérêt des évaluations bioéconomiques est également d'illustrer le caractère nécessaire mais non suffisant des mesures de conservation, ainsi que la nécessité de mettre en place des mécanismes incitatifs susceptibles de limiter les coûts sociaux de certaines pratiques. Cette thèse permet en particulier de fournir une première évaluation de rentes à une échelle dépassant la simple pêcherie et d'illustrer le phénomène de capitalisation de ces rentes dans le prix des navires, qui sont devenus des supports de droits de pêche sur le marché de l'occasion. Au-delà des effets redistributifs de l'allocation de ces droits, la dynamique des facteurs de production est elle-même influencée par un contexte de régulation de l'accès aux pêcheries de plus en plus contraignant.