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Avaliação das ferramentas de modelagem preditiva de nicho fundamental para espécies de aves do Parque Estadual da Serra do Mar e Núcleo São Sebastião - SP / Evaluation of predictive modelling tools of fundamental niche for species of birds in the Parque Estadual da Serra do Mar e Núcleo São Sebastião

Matos, Rodrigo da Silva 30 April 2010 (has links)
Os modelos de distribuição de espécies (MDEs) utilizam dados de ocorrência de campo e variáveis ambientais para indicar locais adequados para a ocorrência de uma espécie. Apesar dos inúmeros trabalhos que avaliam diversos aspectos deste tipo de modelagem, a aplicação desses métodos para predição do distribuição potencial de espécies de aves em escala local para o Parque Estadual da Serra do Mar (PESM) São Paulo, ainda não foi avaliada. Este trabalho analisa o potencial dos MDEs para o referido parque a partir das variáveis ambientais disponíveis para modelagem da área. Para isso, foram desenvolvidos modelos para 23 espécies de aves a partir de dados coletados em levantamento sistemático da avifauna do Núcleo São Sebastião um dos 8 núcleos que integram o PESM. Numa primeira etapa foi utilizado o algoritmo Maxent, por ser um dos mais utilizados segundo a literatura e por sua habilidade em realizar predições a partir de informações incompletas. A seguir a performance do Maxent foi comparada com as performances dos algoritmos GARP e Enviromental Distance. O parâmetro utilizado para analisar o desempenho e definir os melhores modelos preditivos foi a analise do valor de AUC. Os modelos ainda foram avaliados através da matriz de confusão, para estabelecer a taxa de omissão, e realizar o Teste Binomial Duas proporções do BioEstat 5.0 a fim de estabelecer a probabilidade dos acertos destes modelos serem diferentes do acaso. E finalmente foi determinada a área mínima estimada, baseado na premissa que um bom modelo deve prever a menor área possível com o maior numero de acertos ao mesmo tempo. Apesar de existir um número reduzido de camadas disponíveis para modelagem da área em escala local 8 mapas - O Maxent, teve o melhor desempenho entre os algoritmos testados, esse algoritmo se mostrou capaz de gerar mapas estatisticamente bons e biologicamente confiáveis para aves, nas áreas estudadas. São necessários cuidados específicos com relação a escolha das espécies a serem modeladas, assegurando que os camadas disponíveis representem premissas das necessidades ecológicas dessas espécies. Estudos posteriores sobre as respostas do algoritmo a diferentes quantidades e padrões de distribuição dos dados de ocorrência podem elucidar a aplicabilidade do algoritmo como ferramenta para auxiliar nos trabalhos de conservação. / Species Distribution Models (SDM) use Field occurrence data and environmental variables to indicate adequate places for the presence of a species. Despite a number of papers evaluate various aspects on these methodologies, the application of such models in order to predict the potential niche for bird species in Parque Estadual da Serra do Mar (PESM) in Sao Paulo, hasnt been analyzed yet. This paper examines the potential of SDM for the referred park from available variable to the modelling of the area. In order to do so, models were developed for 23 bird species form data collected in a systematic survey in the avifauna in Núcleo Sao Sebastião which is one of the 8 centers that are part of PESM. At first, Maxent algorithm was used as it is one of the most used algorithms according to current literature and due to its ability to accomplish predictions from incomplete information. Maxent performance was then compared to GARP and Environmental Distance algorithms performances. The parameter used to analyze skill and define the best predicting models was AUC value analyses. They were also evaluated though the confusion matrix as to establish the omission rate and take the binomial test of two proportions in order to define the correctness of such models as being different from chance and finally the estimated minimum area was determined based on the premise that a good model must predict the smallest possible area with the biggest number of correctness allowed. Although there are a few number of layers for modelling the area in local scale (just 8 maps), maxent results to be potentially useful for generating maps for potential distribution of the birds from the park. It was the best result shown by the 3 algorithms methods tried out. More studies are necessary as to evaluate the algorithms behavior from a smaller number of records occurrences well as different patterns en these records for the definition of the best method of distribution modelling of the avifauna in the park. Maxent proved itself to be capable of generating maps that are mathematically good and ecologically reliable for the birds in studied areas, It was the best result shown shown by the 3 algorithms methods tried out. Specific care is necessary in relation to the species to be modeled so as to assure the feasible layers represent premises of the ecological needs for such species. Further studies on the algorithm responses to different quantities and distributions patterns of occurrence data may elucide its applicability as a tool to help conservation work.
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Avaliação das ferramentas de modelagem preditiva de nicho fundamental para espécies de aves do Parque Estadual da Serra do Mar e Núcleo São Sebastião - SP / Evaluation of predictive modelling tools of fundamental niche for species of birds in the Parque Estadual da Serra do Mar e Núcleo São Sebastião

Rodrigo da Silva Matos 30 April 2010 (has links)
Os modelos de distribuição de espécies (MDEs) utilizam dados de ocorrência de campo e variáveis ambientais para indicar locais adequados para a ocorrência de uma espécie. Apesar dos inúmeros trabalhos que avaliam diversos aspectos deste tipo de modelagem, a aplicação desses métodos para predição do distribuição potencial de espécies de aves em escala local para o Parque Estadual da Serra do Mar (PESM) São Paulo, ainda não foi avaliada. Este trabalho analisa o potencial dos MDEs para o referido parque a partir das variáveis ambientais disponíveis para modelagem da área. Para isso, foram desenvolvidos modelos para 23 espécies de aves a partir de dados coletados em levantamento sistemático da avifauna do Núcleo São Sebastião um dos 8 núcleos que integram o PESM. Numa primeira etapa foi utilizado o algoritmo Maxent, por ser um dos mais utilizados segundo a literatura e por sua habilidade em realizar predições a partir de informações incompletas. A seguir a performance do Maxent foi comparada com as performances dos algoritmos GARP e Enviromental Distance. O parâmetro utilizado para analisar o desempenho e definir os melhores modelos preditivos foi a analise do valor de AUC. Os modelos ainda foram avaliados através da matriz de confusão, para estabelecer a taxa de omissão, e realizar o Teste Binomial Duas proporções do BioEstat 5.0 a fim de estabelecer a probabilidade dos acertos destes modelos serem diferentes do acaso. E finalmente foi determinada a área mínima estimada, baseado na premissa que um bom modelo deve prever a menor área possível com o maior numero de acertos ao mesmo tempo. Apesar de existir um número reduzido de camadas disponíveis para modelagem da área em escala local 8 mapas - O Maxent, teve o melhor desempenho entre os algoritmos testados, esse algoritmo se mostrou capaz de gerar mapas estatisticamente bons e biologicamente confiáveis para aves, nas áreas estudadas. São necessários cuidados específicos com relação a escolha das espécies a serem modeladas, assegurando que os camadas disponíveis representem premissas das necessidades ecológicas dessas espécies. Estudos posteriores sobre as respostas do algoritmo a diferentes quantidades e padrões de distribuição dos dados de ocorrência podem elucidar a aplicabilidade do algoritmo como ferramenta para auxiliar nos trabalhos de conservação. / Species Distribution Models (SDM) use Field occurrence data and environmental variables to indicate adequate places for the presence of a species. Despite a number of papers evaluate various aspects on these methodologies, the application of such models in order to predict the potential niche for bird species in Parque Estadual da Serra do Mar (PESM) in Sao Paulo, hasnt been analyzed yet. This paper examines the potential of SDM for the referred park from available variable to the modelling of the area. In order to do so, models were developed for 23 bird species form data collected in a systematic survey in the avifauna in Núcleo Sao Sebastião which is one of the 8 centers that are part of PESM. At first, Maxent algorithm was used as it is one of the most used algorithms according to current literature and due to its ability to accomplish predictions from incomplete information. Maxent performance was then compared to GARP and Environmental Distance algorithms performances. The parameter used to analyze skill and define the best predicting models was AUC value analyses. They were also evaluated though the confusion matrix as to establish the omission rate and take the binomial test of two proportions in order to define the correctness of such models as being different from chance and finally the estimated minimum area was determined based on the premise that a good model must predict the smallest possible area with the biggest number of correctness allowed. Although there are a few number of layers for modelling the area in local scale (just 8 maps), maxent results to be potentially useful for generating maps for potential distribution of the birds from the park. It was the best result shown by the 3 algorithms methods tried out. More studies are necessary as to evaluate the algorithms behavior from a smaller number of records occurrences well as different patterns en these records for the definition of the best method of distribution modelling of the avifauna in the park. Maxent proved itself to be capable of generating maps that are mathematically good and ecologically reliable for the birds in studied areas, It was the best result shown shown by the 3 algorithms methods tried out. Specific care is necessary in relation to the species to be modeled so as to assure the feasible layers represent premises of the ecological needs for such species. Further studies on the algorithm responses to different quantities and distributions patterns of occurrence data may elucide its applicability as a tool to help conservation work.
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Caracterização fitogeográfica como subsídio para a recuperação e a conservação da vegetação na Bacia do Rio Corumbataí/SP. / Phytogeographic characterization as a subsidy for the recovery and conservation of vegetation at the Corumbatai river basin/SP.

Mendes, João Carlos Teixeira 15 April 2004 (has links)
A bacia hidrográfica do Rio Corumbataí é de extrema importância para o desenvolvimento sustentável da região por ser o principal manancial para o abastecimento de 8 municípios: Piracicaba, Charqueada, Rio Claro, Santa Gertrudes, Ipeúna, Itirapina, Corumbataí e Analândia. Devido à importância das florestas nativas na manutenção da qualidade e quantidade dos recursos hídricos e ao elevado índice de fragmentação, tem ocorrido um acréscimo nessa região das ações que visam a recuperação e a conservação da cobertura florestal. A constatação de que grande parte dessas ações poderá ser comprometida ao longo do tempo, em função da falta de esclarecimentos sobre a complexidade florestal da região, motivou a realização da caracterização fitogeográfica nessa área. Uma etapa dessa caracterização foi realizada por meio do reconhecimento geral da cobertura florestal, utilizando-se técnicas de interpretação de imagens orbitais digitais, checagens de campo e reconhecimento aéreo. Paralelamente foi realizado um amplo levantamento bibliográfico, no qual obtiveram-se as informações necessárias para a identificação dos aspectos fisionômicos das formações florestais e a realização das análises de composição florística e similaridade (Índice de Jaccard e Coeficiente de Aglomeração). Ao todo foram identificadas 7 formações florestais pertencentes à composição fitogeográfica da bacia, sendo: Estacional Semidecidual, Estacional Semidecidual Aluvial, Estacional Semidecidual Submontana, Estacional Decidual, Floresta Paludosa, Cerradão e Cerrado. A análise geral da composição florística demonstrou a ocorrência de uma alta diversidade nesse mosaico florestal, na qual foram identificadas 487 espécies arbóreas-arbustivas pertencentes a 72 famílias e 212 gêneros. Também pôde-se verificar que do total de espécies apenas 10 espécies são generalistas, ou seja, ocorrem em todas as formações e, 163 espécies são exclusivas, ou seja, ocorrem numa formação especificamente. A análise da similaridade pelo índice de Jaccard demonstrou que as maiores semelhanças florísticas ocorrem entre as florestas Semidecidual e Semidecidual Aluvial e entre o Cerrado e o Cerradão. Os resultados do coeficiente de aglomeração demonstrou haver alta heterogeneidade florística entre as formações e que estas se organizam em 2 grandes grupos, o das Florestas Estacionais com a Floresta Paludosa e o do Cerrado com o Cerradão. Para compreender melhor a organização do mosaico florestal da Bacia do Corumbataí, realizou-se o mapeamento e o georreferenciamento dos pontos de ocorrência das formações fitogeográficas e, posteriormente, fez-se a associação destes com diferentes características ambientais da região. Com isto, identificou-se os fatores edáficos que condicionam as áreas de ocorrência de cada formação e, consequentemente, obteve-se uma visão global da distribuição geográfica das formações, concluindo que: as florestas Semidecidual, Semidecidual Aluvial e Paludosa ocorrem em toda a extensão da bacia; a floresta Semidecidual Submontana, o Cerrado e o Cerradão ocorrem com maior freqüência nas regiões leste e norte; e a floresta Estacional Decidual ocorre no sul, precisamente no município de Piracicaba. Por fim, são feitas recomendações para a recuperação e a conservação florestal na bacia que podem subsidiar futuras ações conservacionistas. / The Corumbatai River Basin is of great importance to the sustainable development of its region, for it is the main source of treatable water supplied to homes, industries and public use of 8 of the following municipalities: Piracicaba, Charqueada, Rio Claro, Santa Gertrudes, Ipeúna, Itirapina, Corumbatai and Analândia. Given the importance of native forests in the maintenance of quality and quantity of the watershed, associated to the great degree of fragmentation, there has been occurring an increase of actions aimed at recovering and conservation of the natural vegetation. The evidences that during the time the most part of this actions can be compromised due to the deficiency of explanation about the forest complexity, this has motivated this work of phytogeographic characterization in the region. One phase of this characterization has taken place with the general forest coverage reconnaissance, using the interpretation techniques of digital orbital imagery, field checking and aerial reconnaissance. Moreover, a ample bibliographical review was undertaken, through which the necessary information were obtained for the identification of physiognomic aspects of the forest formation and to the analysis of floristic composition and similarity (Jaccard’s Coefficient and Agglomerate Classification). There were 7 forest formation identified in total, which belong to a phytogeographical composition of the riverbasin, which are: Seasonal Semidecidual Forest, Seasonal Alluvial Semidecidual Forest, Submontana Semidecidual Forest, Seasonal Deciduous Forest, Flooded Forest, Savanna Forest and Savanna. The general analysis of the floristic composition demonstrated the occurrence of high diversity in the forest mosaic, in which were identified 487 arboreal species, belonging to 72 families and 212 genera. It was also possible to verify that from the total number of species, only 10 species are general, that is, they occur in all formation. Moreover, 163 species are exclusively, that is, they occur in a specific formation only. The analysis of similarity by the Jaccard index demonstrated that the majority of floristic similarities occur among the Semidecidual Forests and the Alluvial Semidecidual Forest and the Savanna and Savanna Forest. The results of the agglomerate classification demonstrated to have high floristic heterogeneity among the formation and that these are organized in 2 large groups: the Seasonal Forests with Flooded Forest and of the Savanna with Savanna Forest. To best understand the organization of this forest mosaic within the Corumbatai Basin, a georefferenced mapping system was created, showing the points of occurrence of the phytogeographical formation and, afterwards, these were associated with the different environmental characteristics of the region. After having that done, it was identified the edafic factors that impose conditions to the areas of occurrence of each formation and, consequently, it was possible to obtain a general view of the geographical distribution of the different formation, which allowed for the following conclusion: the Semidecidual, Semidecidual Alluvial and Flooded Forest occur in all the extension of the riverbasin; the Semidecidual Submontana, the Savanna and the Savanna Forest occur with higher frequency in the east and north regions; and the Seasonal Deciduous Forest occur mostly in the south, precisely in the Piracicaba municipality. Finally, some recommendations are made for the recovery and conservation of the forests within the Corumbatai Riverbasin, which can subsidize future conservationist actions.
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Caracterização fitogeográfica como subsídio para a recuperação e a conservação da vegetação na Bacia do Rio Corumbataí/SP. / Phytogeographic characterization as a subsidy for the recovery and conservation of vegetation at the Corumbatai river basin/SP.

João Carlos Teixeira Mendes 15 April 2004 (has links)
A bacia hidrográfica do Rio Corumbataí é de extrema importância para o desenvolvimento sustentável da região por ser o principal manancial para o abastecimento de 8 municípios: Piracicaba, Charqueada, Rio Claro, Santa Gertrudes, Ipeúna, Itirapina, Corumbataí e Analândia. Devido à importância das florestas nativas na manutenção da qualidade e quantidade dos recursos hídricos e ao elevado índice de fragmentação, tem ocorrido um acréscimo nessa região das ações que visam a recuperação e a conservação da cobertura florestal. A constatação de que grande parte dessas ações poderá ser comprometida ao longo do tempo, em função da falta de esclarecimentos sobre a complexidade florestal da região, motivou a realização da caracterização fitogeográfica nessa área. Uma etapa dessa caracterização foi realizada por meio do reconhecimento geral da cobertura florestal, utilizando-se técnicas de interpretação de imagens orbitais digitais, checagens de campo e reconhecimento aéreo. Paralelamente foi realizado um amplo levantamento bibliográfico, no qual obtiveram-se as informações necessárias para a identificação dos aspectos fisionômicos das formações florestais e a realização das análises de composição florística e similaridade (Índice de Jaccard e Coeficiente de Aglomeração). Ao todo foram identificadas 7 formações florestais pertencentes à composição fitogeográfica da bacia, sendo: Estacional Semidecidual, Estacional Semidecidual Aluvial, Estacional Semidecidual Submontana, Estacional Decidual, Floresta Paludosa, Cerradão e Cerrado. A análise geral da composição florística demonstrou a ocorrência de uma alta diversidade nesse mosaico florestal, na qual foram identificadas 487 espécies arbóreas-arbustivas pertencentes a 72 famílias e 212 gêneros. Também pôde-se verificar que do total de espécies apenas 10 espécies são generalistas, ou seja, ocorrem em todas as formações e, 163 espécies são exclusivas, ou seja, ocorrem numa formação especificamente. A análise da similaridade pelo índice de Jaccard demonstrou que as maiores semelhanças florísticas ocorrem entre as florestas Semidecidual e Semidecidual Aluvial e entre o Cerrado e o Cerradão. Os resultados do coeficiente de aglomeração demonstrou haver alta heterogeneidade florística entre as formações e que estas se organizam em 2 grandes grupos, o das Florestas Estacionais com a Floresta Paludosa e o do Cerrado com o Cerradão. Para compreender melhor a organização do mosaico florestal da Bacia do Corumbataí, realizou-se o mapeamento e o georreferenciamento dos pontos de ocorrência das formações fitogeográficas e, posteriormente, fez-se a associação destes com diferentes características ambientais da região. Com isto, identificou-se os fatores edáficos que condicionam as áreas de ocorrência de cada formação e, consequentemente, obteve-se uma visão global da distribuição geográfica das formações, concluindo que: as florestas Semidecidual, Semidecidual Aluvial e Paludosa ocorrem em toda a extensão da bacia; a floresta Semidecidual Submontana, o Cerrado e o Cerradão ocorrem com maior freqüência nas regiões leste e norte; e a floresta Estacional Decidual ocorre no sul, precisamente no município de Piracicaba. Por fim, são feitas recomendações para a recuperação e a conservação florestal na bacia que podem subsidiar futuras ações conservacionistas. / The Corumbatai River Basin is of great importance to the sustainable development of its region, for it is the main source of treatable water supplied to homes, industries and public use of 8 of the following municipalities: Piracicaba, Charqueada, Rio Claro, Santa Gertrudes, Ipeúna, Itirapina, Corumbatai and Analândia. Given the importance of native forests in the maintenance of quality and quantity of the watershed, associated to the great degree of fragmentation, there has been occurring an increase of actions aimed at recovering and conservation of the natural vegetation. The evidences that during the time the most part of this actions can be compromised due to the deficiency of explanation about the forest complexity, this has motivated this work of phytogeographic characterization in the region. One phase of this characterization has taken place with the general forest coverage reconnaissance, using the interpretation techniques of digital orbital imagery, field checking and aerial reconnaissance. Moreover, a ample bibliographical review was undertaken, through which the necessary information were obtained for the identification of physiognomic aspects of the forest formation and to the analysis of floristic composition and similarity (Jaccard’s Coefficient and Agglomerate Classification). There were 7 forest formation identified in total, which belong to a phytogeographical composition of the riverbasin, which are: Seasonal Semidecidual Forest, Seasonal Alluvial Semidecidual Forest, Submontana Semidecidual Forest, Seasonal Deciduous Forest, Flooded Forest, Savanna Forest and Savanna. The general analysis of the floristic composition demonstrated the occurrence of high diversity in the forest mosaic, in which were identified 487 arboreal species, belonging to 72 families and 212 genera. It was also possible to verify that from the total number of species, only 10 species are general, that is, they occur in all formation. Moreover, 163 species are exclusively, that is, they occur in a specific formation only. The analysis of similarity by the Jaccard index demonstrated that the majority of floristic similarities occur among the Semidecidual Forests and the Alluvial Semidecidual Forest and the Savanna and Savanna Forest. The results of the agglomerate classification demonstrated to have high floristic heterogeneity among the formation and that these are organized in 2 large groups: the Seasonal Forests with Flooded Forest and of the Savanna with Savanna Forest. To best understand the organization of this forest mosaic within the Corumbatai Basin, a georefferenced mapping system was created, showing the points of occurrence of the phytogeographical formation and, afterwards, these were associated with the different environmental characteristics of the region. After having that done, it was identified the edafic factors that impose conditions to the areas of occurrence of each formation and, consequently, it was possible to obtain a general view of the geographical distribution of the different formation, which allowed for the following conclusion: the Semidecidual, Semidecidual Alluvial and Flooded Forest occur in all the extension of the riverbasin; the Semidecidual Submontana, the Savanna and the Savanna Forest occur with higher frequency in the east and north regions; and the Seasonal Deciduous Forest occur mostly in the south, precisely in the Piracicaba municipality. Finally, some recommendations are made for the recovery and conservation of the forests within the Corumbatai Riverbasin, which can subsidize future conservationist actions.

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