Th.--Méd.--Reims, 1981. N°: 51.

De manière générale, les procédés et processus produisent maintenant plus de données qu’un humain peut en assimiler. Les grosses données (Big Data), lorsque bien analysées, augmentent la compréhension des processus qui sont opérationnels à l’intérieur de systèmes et, en conséquence, encouragent leur amélioration. Analyser les séquences de l’acide désoxyribonucléique (ADN) permet de mieux comprendre les êtres vivants, en exploitant par exemple la biologie des systèmes. Les séquenceurs d’ADN à haut débit sont des instruments massivement parallèles et produisent beaucoup de données. Les infrastructures informatiques, comme les superordinateurs ou l’informatique infonuagique, sont aussi massivement parallèles de par leur nature distribuée. Par contre, les ordinateurs ne comprennent ni le français, ni l’anglais – il faut les programmer. Les systèmes logiciels pour analyser les données génomiques avec des superordinateurs doivent être aussi massivement parallèles. L’interface de passage de messages permet de créer de tels logiciels et une conception granulaire permet d’entrelacer la communication et le calcul à l’intérieur des processus d’un système de calcul. De tels systèmes produisent des résultats rapidement à partir de données. Ici, les logiciels RayPlatform, Ray (incluant les flux de travail appelé Ray Meta et Ray Communities) et Ray Cloud Browser sont présentés. L’application principale de cette famille de produits est l’assemblage et le profilage adaptatifs de génomes par passage de messages. / Generally speaking, current processes – industrial, for direct-to-consumers, or researchrelated – yield far more data than humans can manage. Big Data is a trend of its own and concerns itself with the betterment of humankind through better understanding of processes and systems. To achieve that end, the mean is to leverage massive amounts of big data in order to better comprehend what they contain, mean, and imply. DNA sequencing is such a process and contributes to the discovery of knowledge in genetics and other fields. DNA sequencing instruments are parallel objects and output unprecedented volumes of data. Computer infrastructures, cloud and other means of computation open the door to the analysis of data stated above. However, they need to be programmed for they are not acquainted with natural languages. Massively parallel software must match the parallelism of supercomputers and other distributed computing systems before attempting to decipher big data. Message passing – and the message passing interface – allows one to create such tools, and a granular design of blueprints consolidate production of results. Herein, a line of products that includes RayPlatform, Ray (which includes workflows called Ray Meta and Ray Communities for metagenomics) and Ray Cloud Browser are presented. Its main application is scalable (adaptive) assembly and profiling of genomes using message passing.

Les protéines découplantes (UCPs) sont situées dans la membrane interne des mitochondries. La première découverte, UCP1, est connue pour son potentiel à découpler la synthèse de l’adénosine 5’ triphosphate (ATP) de l’oxydation des substrats énergétiques, ce qui entraîne une accélération du métabolisme et une production de chaleur. La protéine découplante 2 (UCP2), est distribuée de façon ubiquitaire et semble plutôt réguler la production des espèces réactives de l’oxygène (ROS) et l’utilisation des substrats énergétiques. À notre connaissance, le rôle d’UCP2 dans les différents segments de l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien (hypothalamic-pituitary-adrenal — HPA) est encore peu connu, tout comme l’implication potentielle de cette protéine dans la réponse au stress. Lors de cette étude, nous avons (i) regardé la distribution de l’ARN messager d’Ucp2 dans l’axe HPA, (ii) évalué les effets du stress sur l’expression d’Ucp2 et (iii) utilisé un modèle de souris déficiente en Ucp2 (Ucp2 KO) afin d’évaluer la réponse au stress en l’absence d’Ucp2. Sans avoir détecté de différence majeure dans la réponse au stress entre les souris de type sauvage (Wild-type — WT) et Ucp2 KO, il est sans équivoque qu’Ucp2 est exprimée en abondance dans l’axe HPA et que plusieurs régions du cerveau exprimant Ucp2 présentent une activation suite au stress. / Uncoupling proteins (UCPs) are located in the inner membrane of mitochondria. The first discovered uncoupling protein 1 (UCP1) is well known for its potential to uncouple adenosine 5’ triphosphate (ATP) synthesis from energetic substrate oxidation, resulting in heat production. Its partially homologue uncoupling protein 2 (UCP2) is found in several tissues and has been reported to reduce reactive oxygen species (ROS) production and seems implicated in the regulation of energetic substrates. According to our knowledge, the expression of Ucp2 in the hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis has not been described yet, neither its implication in stress response. Our study presents i) the distribution of Ucp2 mRNA in the HPA axis, ii) the effect of stress on Ucp2 expression in the brain and HPA axis and iii) the stress response of Ucp2 deficient mice (Ucp2 KO) to evaluate whether or not the absence of Ucp2 affects the stress response in mice. Although we do not detect any difference between Ucp2 KO mice and wild type (WT) mice following a stress, we have shown that Ucp2 is expressed in abundance in the HPA axis. Many brain regions also present an increase in Ucp2 expression after a stress.

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Tableau d'honneur de la FÉSP