Les bactéries endocytobiotes vivent de manière durable au sein même des cellules des organismes qui les abritent. L'environnement particulier qu'est la cellule de l'hôte, et le type de relations entre les deux partenaires (parasitisme ou mutualisme), ont naturellement des conséquences sur l' évolution de leur métabolisme respectif. L'objectif global de cette thèse est de mieux comprendre l'influence du mode de vie sur l' évolution et le fonctionnement du métabolisme des endocytobiotes. Nous appréhendons le métabolisme d'une manière globale, sous la forme de réseaux métaboliques. Le développement de nouvelles méthodes et d'outils d'exploration du réseau métabolique nous ont permis de réaliser des analyses et des comparaisons de réseaux métaboliques complets avec un niveau de détail élevé. L'ensemble de ces analyses éclaire ainsi d'un jour nouveau le métabolisme des bactéries endocytobiotes par sa diversité, son évolution et la nature des interactions métaboliques entretenues avec l'hôte.