Les introductions d'individus domestiques au sein de populations naturelles sont des pratiques courantes partout dans le monde. Cependant, de telles pratiques peuvent modifier l'intégrité génétique des populations naturelles selon l'étendue des différences génétiques entre individus sauvages et domestiques, ainsi que l'intensité des ensemencements.Les ensemencements peuvent ainsi générer de l'hybridation entre les populations sauvages et domestiques. Cependant, les ensemencements, seuls, n'expliquent pas toujours les patrons d'hybridation observés, suggérant que d'autres facteurs environnementaux les facilitent aussi. L'objectif principal de cette thèse est d'évaluer les impacts génétiques causés par les ensemencements au sein de populations d'ombles de fontaine ( Salvelinus fontinalis ), l'espèce la plus utilisée pour supporter l'offre de pêche sportive au Québec, Canada. Environ 2000 individus, issus de 24 lacs localisés au sein de 2 réserves fauniques du Québec, ont été génotypés à l'aide de 9 marqueurs microsatellites. À travers le premier chapitre portant sur l'effet de l'intensité des ensemencements sur la diversité et la structure génétique des populations, une augmentation du niveau de variabilité génétique a été observée avec l'augmentation de l'intensité des ensemencements, en raison de l'apport de nouveaux allèles par les poissons domestiques. Et, en conséquence, une homogénéisation de la structure génétique des populations est observée avec l'intensité des ensemencements. Le second chapitre traite de l'évaluation quantitative de l'efficacité globale de deux des principaux logiciels utilisés, STRUCTURE et NEWHYBRIDS, pour déterminer les niveaux d'hybridation au sein de populations d'ombles de fontaine soumises à diverses intensités d'ensemencements. Il apparaît que les deux logiciels doivent être conjointement utilisés pour déterminer les niveaux d'hybridation. L'emploi de STRUCTURE est préférable pour détecter la présence d'hybrides au sein des populations sauvages, tandis que celui de NEWHYBRIDS l'est pour détecter précisément le nombre d'individus hybrides présent dans une population déjà connue pour son hybridation. Ainsi, l'emploi de STRUCTURE aux populations d'ombles de fontaine naturelles montre que le niveau d'hybridation augmente avec l'intensité des ensemencements. Le troisième chapitre fournit une évaluation de l'effet des facteurs environnementaux et de l'intensité des ensemencements sur le niveau d'hybridation observé dans les populations ensemencées d'ombles de fontaine.Les résultats confirment que le niveau d'hybridation augmente avec l'intensité des ensemencements. De plus, une réduction de la disponibilité d'habitats et de sa qualité favorise également l'augmentation du niveau d'hybridation. L'ensemble de ce projet a donc permis de mettre en évidence différents impacts génétiques des pratiques d'ensemencements au sein de populations en milieu naturel. De plus, pour la première fois, l'effet des ensemencements sur l'intégrité génétique des populations naturelles a été prédit à partir de connaissances sur les facteurs environnementaux et des ensemencements. Ces résultats devraient ainsi contribuer à améliorer les directives sur les pratiques des ensemencements au Québec et, de fait, renforcer la protection de l'intégrité génétique des populations naturelles.