Lintroduction commerciale des cotonniers génétiquement modifiés (CGM), produisant les toxines insecticides de Bacillus thuringiensis (Bt), dans les pays en développement et notamment en Afrique, suscite des craintes de la part de la société civile au sujet de leur impact sur lenvironnement et léconomie des petits paysannats. Lobjectif de la thèse est de proposer, sur la base dune revue bibliographique et dune série détudes originales réalisées en Afrique du Sud et publiées par lauteur dans des revues scientifiques, un outil daide à la décision basé sur des critères techniques et scientifiques permettant de juger lintérêt de ladoption des variétés de cotonniers Bt en paysannat africain. Dans un premier temps nous présentons un état des lieux de la production cotonnière à léchelle mondiale ainsi que les modalités de la culture en Afrique. Cet inventaire permettra par la suite détablir un état des besoins nécessaire à lélaboration du cadre de décision. Dans un deuxième temps, limportance des cotonniers Bt dans lagriculture, leur efficacité agronomique et leurs effets sur lenvironnement sont discutés. Nous mettons en exergue le risque potentiel dune réduction de lefficacité de ces CGM sous linfluence de facteurs abiotiques tels que la sécheresse. Les recherches effectuées sur limpact environnemental des cotonniers Bt montrent que ceux-ci nont pas deffet direct sur la biodiversité. Cependant les pratiques agricoles mal adaptées en conjonction avec lusage de cette innovation peuvent entraîner des modifications de la diversité et de labondance de lentomofaune des agrosystèmes cotonniers. Concernant les flux de gènes et la probabilité de mélange non intentionnel de semences entre cultures Bt et non-Bt, huit sources potentielles de mélange ont été identifiées et leurs conséquences sont discutées. Limpact agroéconomique de lintroduction des cotonniers Bt est étudié dans un troisième temps. Les études entreprises en Afrique du Sud suggèrent que ces effets sont parfois discutables et la réussite de ladoption repose fortement sur la solidité économique de la filière, sur lorganisation de lencadrement technique, sur lefficacité du réseau de distribution dintrants agricoles et sur le niveau de rendement de la culture avant lintroduction de linnovation. La dernière partie de la thèse propose un cadre provisoire dévaluation de lopportunité dadoption des cotonniers Bt en petit paysannat africain. Ce cadre se fonde sur la formulation des problèmes à résoudre dans le paysannat et sur lévaluation des options techniques disponibles. Les conditions préalables à une introduction réussie des cultivars Bt sont identifiées et des mesures daccompagnement sont suggérées pour lusage durable de cette technologie.