Pour résoudre le problème de déclin de la biodiversité, l'économie de la biodiversité, une branche de l'économie de l'environnement, suggère le recours aux mécanismes marchands. Lors de la Conférence des Nations Unies sur l'Environnement et le Développement (CNUED) de Rio en 1992, notamment durant les négociations de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB), cette idéalisation du marché en faveur de la conservation de la biodiversité influe fortement les décisions. Les pays riches en biodiversité, paradoxalement les plus pauvres, vont alors mettre en place des politiques basées sur la conciliation entre marché, développement soutenable et préservation de la biodiversité. Madagascar, un des hotspots en biodiversité, va prioriser dès la ratification de cette Convention, la valorisation de sa biodiversité par les marchés. Cette thèse a pour objectif d'analyser les retombées de ces marchés pour les populations locales et les impacts sur la conservation de la biodiversité. Basé sur l'étude de deux dispositifs marchands, à savoir les contrats de bioprospection et la filière huiles essentielles, ce travail montre que compte-tenu des objectifs de soutenabilité visés, intégrer la question de la redistribution permet de mieux répondre aux attentes des différents acteurs, en particulier celles des acteurs locaux, et de prendre en compte la diversité des enjeux. La première partie est axée sur l'analyse institutionnelle de la bioprospection et de la filière huiles essentielles. La seconde partie analyse les retombées économiques et les impacts de ces deux activités sur la conservation de la biodiversité, et propose l'utilisation d'une approche par les scénarios pour traiter de la question de redistribution.