Virtually nothing is known about the characteristics used to select foster families. This study examined if and how psychosocial problems, income, education, race and the supply of and demand for foster families are related to the approval of families to foster and the placement of children. Families who were approved and who had a child placed had fewer problems and higher incomes than families who were not approved and who did not have a child placed. Income moderated the effect of problems on placement. Race, education, and supply/demand were not related to approval or placement. In many respects results support the efficacy of the selection process.

One of the great aims of statistics, the science of collecting, analyzing, and interpreting data, is to protect against the probability of falsely rejecting an accepted claim, or hypothesis, given observed data stemming from some experiment. This is generally known as protecting against a Type I Error, or controlling the Type I Error rate. The extension of this protection against Type I Errors to the situation where thousands upon thousands of hypotheses are examined simultaneously is known as multiple hypothesis testing. This dissertation presents an improvement to an existing multiple hypothesis testing approach, the Focus Level method, specific to gene set testing (a branch of genomics) on Gene Ontology graphs. This improvement resolves a long standing computational difficulty of the Focus Level method, providing more than a 15.000-fold increase in computational efficiency. This dissertation also presents a solution to a multiple testing problem in genetics where a specific approach to mapping genes underlying quantitative traits of interest requires a multiplicity adjustment approach that both corrects for the number of tests while also ensuring logical consistency. The power advantage of the solution is demonstrated over the current standard approach to the problem. A side issue of this model framework led to the development of a new bivariate approach to quantitative trait marker detection, which is presented herein. The overall contribution of this dissertation to the statistics literature is that it provides novel solutions that meet real needs of practitioners in genetics and genomics with the aim of ensuring both that truth is discovered and that discoveries are actually true.

A seleção fenotípica é o método de seleção tradicional utilizado nos estágios iniciais de seleção na maioria dos programas de melhoramento genético de cana-de-açúcar após o desenvolvimento de uma população segregante. A maioria das variedades comerciais utilizadas atualmente deriva deste método. Recentemente tem sido propostas estratégias de seleção baseada na avaliação de famílias em gerações precoces em diversos programas de melhoramento de cana-de-açúcar ao redor do mundo, como o objetivo de melhora a resposta à seleção, bem como reduzir o tempo e custo necessários para o desenvolvimento de novas variedades. No presente estudo foram avaliadas 110 famílias de cana-de-açúcar em um delineamento em blocos ao acaso com duas repetições, no ano agrícola de 2012/2013, na Estação Experimentas da empresa CanaVialis, localizada em Conchal, SP. As parcelas consistiram de um sulco de 50 m, contendo 96 plantas (\"seedlings\"). Os seguintes caracteres foram avaliados no estágio de cana planta: diâmetro do colmo (DIA), altura do colmo (ALT) número de colmos por touceira (NCP), número de colmos por touceira na parcela total (NCT); teor de sólidos solúveis (BRIX), teor de açúcar no laboratório (POL) toneladas de cana por hectare (TCH) e toneladas de açúcar por hectare (TPH). Os resultados indicaram que a população tem grande variabilidade genética entre médias de famílias bem como dentro de famílias. Foram detectadas correlações genotípicas positivas entre TCH e os outros caracteres, bem como entre TPH e os outros caracteres. Com base nestes resultados discute-se uma estratégia de seleção com base na seleção para TPH aplicada nas médias de famílias, seguido da seleção fenotípica para ALT, DIA e NCP dentro das famílias selecionadas, priorizando NCP. / Phenotypic selection is the traditional method used in most of sugarcane breeding programs in early stages after the development of a segregante population. Most of commercial varieties grown currently were developed using this method. Recently, strategies of selection based on family evaluations at early stages have been proposed in sugarcane breeding programs of different research centers around the world, in order to improve the response to selection and to reduce the time and costs necessary to develop new varieties. In the present study 110 sugarcane families and two checks were evaluated using a randomized complete block design with two replications in the 2012/2013 growing season at CanaVialis Experimental Station located in Conchal, state of São Paulo. Plots consisted of a single row with 50 m long, containing 96 plants (seedlings). The following traits were evaluated at plant cane stage: stalk length (ALT), stalk diameter (DIA), stalk number per plant (NCP), soluble solids content (BRIX), average stalk number per plant in the plot (NCT), sugar content (POL), cane yield (TCH) and sugar yield (TPH). The results have shown that the population has enough genetic variability among family means as well as within families. Positive genotypic correlations were detected between TCH and the other traits as well as between TPH and the other traits. Based on these results, a scheme of selection was discussed based on the selection for TPH among family means followed by a phenotypic selection for ALT, DIA and NCP within the selected families, prioritizing NCP.

A seleção fenotípica é o método de seleção tradicional utilizado nos estágios iniciais de seleção na maioria dos programas de melhoramento genético de cana-de-açúcar após o desenvolvimento de uma população segregante. A maioria das variedades comerciais utilizadas atualmente deriva deste método. Recentemente tem sido propostas estratégias de seleção baseada na avaliação de famílias em gerações precoces em diversos programas de melhoramento de cana-de-açúcar ao redor do mundo, como o objetivo de melhora a resposta à seleção, bem como reduzir o tempo e custo necessários para o desenvolvimento de novas variedades. No presente estudo foram avaliadas 110 famílias de cana-de-açúcar em um delineamento em blocos ao acaso com duas repetições, no ano agrícola de 2012/2013, na Estação Experimentas da empresa CanaVialis, localizada em Conchal, SP. As parcelas consistiram de um sulco de 50 m, contendo 96 plantas (\"seedlings\"). Os seguintes caracteres foram avaliados no estágio de cana planta: diâmetro do colmo (DIA), altura do colmo (ALT) número de colmos por touceira (NCP), número de colmos por touceira na parcela total (NCT); teor de sólidos solúveis (BRIX), teor de açúcar no laboratório (POL) toneladas de cana por hectare (TCH) e toneladas de açúcar por hectare (TPH). Os resultados indicaram que a população tem grande variabilidade genética entre médias de famílias bem como dentro de famílias. Foram detectadas correlações genotípicas positivas entre TCH e os outros caracteres, bem como entre TPH e os outros caracteres. Com base nestes resultados discute-se uma estratégia de seleção com base na seleção para TPH aplicada nas médias de famílias, seguido da seleção fenotípica para ALT, DIA e NCP dentro das famílias selecionadas, priorizando NCP. / Phenotypic selection is the traditional method used in most of sugarcane breeding programs in early stages after the development of a segregante population. Most of commercial varieties grown currently were developed using this method. Recently, strategies of selection based on family evaluations at early stages have been proposed in sugarcane breeding programs of different research centers around the world, in order to improve the response to selection and to reduce the time and costs necessary to develop new varieties. In the present study 110 sugarcane families and two checks were evaluated using a randomized complete block design with two replications in the 2012/2013 growing season at CanaVialis Experimental Station located in Conchal, state of São Paulo. Plots consisted of a single row with 50 m long, containing 96 plants (seedlings). The following traits were evaluated at plant cane stage: stalk length (ALT), stalk diameter (DIA), stalk number per plant (NCP), soluble solids content (BRIX), average stalk number per plant in the plot (NCT), sugar content (POL), cane yield (TCH) and sugar yield (TPH). The results have shown that the population has enough genetic variability among family means as well as within families. Positive genotypic correlations were detected between TCH and the other traits as well as between TPH and the other traits. Based on these results, a scheme of selection was discussed based on the selection for TPH among family means followed by a phenotypic selection for ALT, DIA and NCP within the selected families, prioritizing NCP.

De forma geral, as fases iniciais dos programas de melhoramento se caracterizam pelo tamanho populacional elevado e a natureza subjetiva da seleção. Por serem consideradas etapas de grande importância e de alto grau de complexidade, torna-se necessário a utilização de metodologias que, de forma eficiente, auxiliem os melhoristas a obterem resultados mais precisos, otimizando tempo e recursos para liberação de novas cultivares. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar o nível de ganho genético que um programa de melhoramento de cana-de-açúcar pode ter, adotando diferentes estratégias de seleção, em fases iniciais do melhoramento. Para tanto, dois experimentos referentes à primeira e à segunda fase de seleção do Programa de Melhoramento Genético da Cana-de-açúcar da RIDESA/UFSCar, foram instalados. Na primeira etapa, identificou-se o método de seleção entre e dentro de família (BLUPi, BLUPis e BLUPseq) com maior potencial a ser aplicado na população base do experimento, utilizando a abordagem de modelos mistos. Posteriormente, praticou-se seleção, incluindo o método massal e aleatória. Na segunda etapa, a população experimental foi constituída pelos clones previamente selecionados na etapa anterior, através das diferentes estratégias de seleção. Os valores genotípicos dos indivíduos foram preditos, e então, classificados de acordo com o caráter de interesse econômico. Na primeira etapa, dentre os métodos de seleção entre e dentro de família, o que apresentou maior ganho de seleção predito (12,7%), para toneladas de Pol por hectare (TPH), foi o procedimento BLUPseq. O método BLUPis apresentou alta correlação com o método de seleção via BLUPseq e se mostrou bastante eficiente, uma vez que, o número de indivíduos a serem selecionados em cada família é determinado de forma dinâmica, assim como a intensidade de seleção em cada repetição. Por outro lado, o método BLUPi apresentou-se impraticável, uma vez que as avaliações fenotípicas devem ser realizadas em nível de indivíduo, o que demanda muito tempo e mão de obra, além do que, identificou-se tendência em selecionar indivíduos das extremidades das parcelas. De acordo com os resultados obtidos no experimento - segunda etapa, devido a baixa variância genética (CVg ≤ 15) entre as famílias que constituíram a população base do experimento, o método de seleção de família via BLUPseq foi equivalente ao método de seleção massal. Por outro lado, se ênfase for dada na escolha de genitores em etapas de hibridação para a ampliação da base genética, o método de seleção de família pode ser recomendado. / Overall, the early stages of breeding programs are characterized by high population size and the subjective nature of the selection. Considered as a stage of great importance and with high degree of complexity, it becomes necessary to use methodologies that efficiently assist plant breeders to obtain more accurate results, optimizing time and resources for releasing new cultivars. Thus, the aim of this study was to evaluate the genetic gain level that a sugarcane breeding program may have, adopting different selection strategies at early breeding stages. Therefore, two experiments concerning the first and the second selection stages of the Sugarcane Breeding Program of RIDESA/UFSCar, were installed. In the first step, the method of selection between and within families (BLUPi, BLUPis and BLUPseq) with greatest potential to be applied into the population of the experiment were identified, through mixed models approach. Later, the selection was practiced including the mass and random selection methods. In the second stage, the experimental population consisted of clones previously selected in the previous stage through the different selection strategies. The genotypic values of individuals were predicted, and then classified according to the character of economic interest. In the first stage, from the selection methods between and within families, the BLUPseq procedure was the one with highest predicted selection gain (12.7 %) for tons of Pol per hectare (TPH). The BLUPis procedure showed high correlation with BLUPseq procedure and was quite efficient, since the number of individuals to be selected in each family is determined dynamically, as well as the selection intensity in each repetition. Moreover, the BLUPi method proved to be impracticable, since the phenotypic evaluations must be performed at the individual level, which requires long time and labor force, in addition to that, it was identified trend in selecting individuals from the plots edges. According to the results of the second stage experiment, due to low genetic variance (CVg ≤ 15) among the families which composed the experimental population base, the family selection via BLUPseq was equivalent to mass selection. On the other hand, if emphasis is given on the choice of parents in hybridization steps to broaden the genetic basis, the family selection method can be recommended.

De forma geral, as fases iniciais dos programas de melhoramento se caracterizam pelo tamanho populacional elevado e a natureza subjetiva da seleção. Por serem consideradas etapas de grande importância e de alto grau de complexidade, torna-se necessário a utilização de metodologias que, de forma eficiente, auxiliem os melhoristas a obterem resultados mais precisos, otimizando tempo e recursos para liberação de novas cultivares. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar o nível de ganho genético que um programa de melhoramento de cana-de-açúcar pode ter, adotando diferentes estratégias de seleção, em fases iniciais do melhoramento. Para tanto, dois experimentos referentes à primeira e à segunda fase de seleção do Programa de Melhoramento Genético da Cana-de-açúcar da RIDESA/UFSCar, foram instalados. Na primeira etapa, identificou-se o método de seleção entre e dentro de família (BLUPi, BLUPis e BLUPseq) com maior potencial a ser aplicado na população base do experimento, utilizando a abordagem de modelos mistos. Posteriormente, praticou-se seleção, incluindo o método massal e aleatória. Na segunda etapa, a população experimental foi constituída pelos clones previamente selecionados na etapa anterior, através das diferentes estratégias de seleção. Os valores genotípicos dos indivíduos foram preditos, e então, classificados de acordo com o caráter de interesse econômico. Na primeira etapa, dentre os métodos de seleção entre e dentro de família, o que apresentou maior ganho de seleção predito (12,7%), para toneladas de Pol por hectare (TPH), foi o procedimento BLUPseq. O método BLUPis apresentou alta correlação com o método de seleção via BLUPseq e se mostrou bastante eficiente, uma vez que, o número de indivíduos a serem selecionados em cada família é determinado de forma dinâmica, assim como a intensidade de seleção em cada repetição. Por outro lado, o método BLUPi apresentou-se impraticável, uma vez que as avaliações fenotípicas devem ser realizadas em nível de indivíduo, o que demanda muito tempo e mão de obra, além do que, identificou-se tendência em selecionar indivíduos das extremidades das parcelas. De acordo com os resultados obtidos no experimento - segunda etapa, devido a baixa variância genética (CVg ≤ 15) entre as famílias que constituíram a população base do experimento, o método de seleção de família via BLUPseq foi equivalente ao método de seleção massal. Por outro lado, se ênfase for dada na escolha de genitores em etapas de hibridação para a ampliação da base genética, o método de seleção de família pode ser recomendado. / Overall, the early stages of breeding programs are characterized by high population size and the subjective nature of the selection. Considered as a stage of great importance and with high degree of complexity, it becomes necessary to use methodologies that efficiently assist plant breeders to obtain more accurate results, optimizing time and resources for releasing new cultivars. Thus, the aim of this study was to evaluate the genetic gain level that a sugarcane breeding program may have, adopting different selection strategies at early breeding stages. Therefore, two experiments concerning the first and the second selection stages of the Sugarcane Breeding Program of RIDESA/UFSCar, were installed. In the first step, the method of selection between and within families (BLUPi, BLUPis and BLUPseq) with greatest potential to be applied into the population of the experiment were identified, through mixed models approach. Later, the selection was practiced including the mass and random selection methods. In the second stage, the experimental population consisted of clones previously selected in the previous stage through the different selection strategies. The genotypic values of individuals were predicted, and then classified according to the character of economic interest. In the first stage, from the selection methods between and within families, the BLUPseq procedure was the one with highest predicted selection gain (12.7 %) for tons of Pol per hectare (TPH). The BLUPis procedure showed high correlation with BLUPseq procedure and was quite efficient, since the number of individuals to be selected in each family is determined dynamically, as well as the selection intensity in each repetition. Moreover, the BLUPi method proved to be impracticable, since the phenotypic evaluations must be performed at the individual level, which requires long time and labor force, in addition to that, it was identified trend in selecting individuals from the plots edges. According to the results of the second stage experiment, due to low genetic variance (CVg ≤ 15) among the families which composed the experimental population base, the family selection via BLUPseq was equivalent to mass selection. On the other hand, if emphasis is given on the choice of parents in hybridization steps to broaden the genetic basis, the family selection method can be recommended.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:55:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 484099 bytes, checksum: 2183b6947a541e4acdedb364504ccd85 (MD5) Previous issue date: 2007-08-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The superior phenotypes selection, in individual or families, is a practice of considerable importance for the improvers , once to obtain improved populations it is necessary to select and matings among or inside of families. This work s aim was to compare the efficiency of some arrangements between the individual selection and the selection among families to get combined selection indexes and soon afterwards to verify a cluster analysis was capable to detect different groups. Through the program GENESYS, it was simulated four genomes, each one considering only one characteristic, varying to each other just in value of heritability; then, we have two characteristics of low heritability (0,20 and 0,10), one of medium heritability (0,40) and one with high heritability (0,60). Using those genomes, bases populations of 1000 individuals (500 males and 500 females) with a rate endogamic equivalent to zero were simulated. In each base population, it was aleatory selected 10 males and 100 females corresponding, respectively, to 2% and 20% of selection intensity. When these individuals selected couple, it was maintained a control of 10 females for each male and, as a result, it was kept an initial population with 1000 descending, also maintaining a balance of 10 descending for female. For each characteristic selections, different arrangements were done to obtain combined selection s indexes. Thus, the first obtained index considers 100% for individual phenotype (Individual); the second considers 90% for individual phenotype and 10% for average phenotypic of the family (09P+01F); the third considers 70% for individual phenotype and 30% for average phenotypic of the family (07P+03F); the fourth considers 50% for the two values (05P+05F); the fifth considers 30% for individual phenotype and 70% for average phenotypic of the family (03P+07F); the sixth considers 10% for individual phenotype and 90% for average phenotypic of the family (01P+09F) and the seventh index considers 100% for the average phenotypic of the family (Family). The selected individuals' matings were driven at random. A final population of 1000 individuals was totaled. Each selection s strategy was led by 20 consecutive generations with 10 repetitions seeking to minimize the mistakes and effects of the genetic flotation. For a larger clarity in the interpretation of the results, a grouping analysis was accomplished by optimization by the method of Tocher in three intervals of time, with the first five generations, with the first ten generations and with the 20 total generations. The behavior of the selection s strategies for different herdability s values was not the same. As smaller the value of the heritability is, the difference among the averages phenotypics in each generation is bigger and the total earnings in these averages are smaller. The combination of the individual value with the family s average was more efficient for the lowest heritabilities. For these heritabilities, the individual selection or among families did not show to be a good option. The selection just through the individual s phenotypic value can be a good alternative for the characteristic of average herdabilidade and it was the best to the characteristic of high heritabilities. / A seleção de fenótipos superiores, sejam individuais ou famílias, é uma prática de considerável importância para o melhorista , uma vez que a obtenção de populações melhoradas passa pela seleção e acasalamentos entre ou dentro de famílias. O objetivo deste trabalho foi comparar a eficiência de alguns arranjos entre a seleção individual e a seleção entre famílias na obtenção de índices de seleção combinada e em seguida verificar se uma análise de agrupamento foi capaz de detectar grupos distintos. Por meio do programa GENESYS foram simulados quatro genomas, cada um considerando uma única característica, variando entre si apenas no valor da herdabilidade; assim, tem-se duas características de herdabilidade baixa (0,20 e 0,10), uma de herdabilidade média (0,40) e uma com alta herdabilidade (0,60). A partir desses genomas foram simuladas populações bases de 1000 indivíduos (500 machos e 500 fêmeas) com uma taxa endogâmica igual a zero. Em cada população base foram selecionados aleatoriamente 10 machos e 100 fêmeas correspondendo, respectivamente, a uma intensidade de seleção de 2% e 20%. Por meio do acasalamento desses indivíduos selecionados, mantendo o equilíbrio de 10 fêmeas para cada macho, obteve-se uma população inicial com 1000 descendentes, também mantendo um equilíbrio de 10 descendentes por fêmea. Para cada característica foram realizadas seleções com diferentes arranjos para obtenção de índices de seleção combinada. Assim, tem-se o primeiro índice que pondera 100% para o fenótipo individual (Individual); o segundo que considera 90% para fenótipo individual e 10% para média fenotípica da família (09P+01F); o terceiro com 70% para fenótipo individual e 30% para média fenotípica da família (07P+03F); o quarto com 50% para os dois valores (05P+05F); o quinto com 30% para fenótipo individual e 70% para média fenotípica da família (03P+07F); o sexto com 10% para fenótipo individual e 90% para média fenotípica da família (01P+09F) e o sétimo índice que considera 100% para a média fenotípica da família (Família). Os acasalamentos dos indivíduos selecionados foram conduzidos ao acaso. Totalizou-se uma população final de 1000 indivíduos. Cada estratégia de seleção foi conduzida por 20 gerações consecutivas com 10 repetições visando minimizar os erros e efeitos da flutuação genética. Para maior clareza na interpretação dos dados foi realizada análise de agrupamento por otimização pelo método de Tocher em três intervalos de tempo, com as cinco primeiras gerações, com as dez primeiras gerações e com as 20 gerações totais. O comportamento das estratégias de seleção para os diferentes valores de herdabilidade não foram iguais. Quanto menor foi o valor da herdabilidade, maior foi a diferença entre as médias fenotípicas em cada geração e menor foi o ganho total nestas médias. A combinação do valor individual com a média de família foi mais eficiente para as herdabilidades baixas. Para estas herdabilidades, a seleção individual e a entre famílias não se mostraram boa opção. A seleção apenas pelo valor fenotípico individual pode ser boa alternativa para a característica de média herdabilidade e foi a melhor opção para a característica de alta herdabilidade.