Τα Κράτη Μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης υποχρεούνται να συντάσσουν ανά εξαετία εθνικές εκθέσεις για τον έλεγχο της εφαρμογής της Οδηγίας των Οικοτόπων (92/43/ΕΟΚ). Οι εκθέσεις αυτές, όπως αναφέρεται στο Άρθρο 17 της Οδηγίας, περιλαμβάνουν κατά κύριο λόγο πληροφορίες σχετικά με τα μέτρα διατήρησης, καθώς και την εκτίμηση των επιπτώσεων αυτών των μέτρων στην κατάσταση διατήρησης των τύπων οικοτόπων και ειδών Κοινοτικού ενδιαφέροντος. Έχοντας δεδομένο το παραπάνω, έγινε ανάλυση των υπαρχόντων στοιχείων και συγκέντρωση νέων πρωτογενών δεδομένων για την εκτίμηση των ειδών Aphanius fasciatus & Valencia letourneuxi (Παράρτημα ΙΙ, Οδηγία 92/43/ΕΟΚ) στην περιοχή των λιμνοθαλασσών Αράξου, Κοτυχίου, Πρόκοπου που εντάσσονται στο Εθνικό Πάρκο Υγροτόπων Κοτυχίου-Στροφυλιάς. Η μελέτη εμπεριέχει τρείς συνιστώσες. Η πρώτη αφορά στη διαμόρφωση της απαραίτητης υποδομής και μεθοδολογίας για την αποτύπωση της κατάστασης των πληθυσμών των προαναφερθέντων ειδών, σύμφωνα με το Άρθρο 17 της Οδηγία 92/43/ΕΟΚ. Η οδηγία προβλέπει, πέρα από την συλλογή και επεξεργασία δεδομένων που αφορούν πληθυσμούς προστατευόμενων ειδών και την ταυτόχρονη παρουσίασή τους σε περιβάλλον Συστημάτων Γεωγραφικών Πληροφοριών (G.I.S), σύμφωνα με συγκεκριμένες προδιαγραφές της κεντρικής βάσης υποδοχής της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Η δεύτερη συνιστώσα αφορούσε στο σχεδιασμό και την υλοποίηση δειγματοληψιών σε συγκεκριμένους οικοτόπους της περιοχής έτσι ώστε να καταστεί δυνατή η συλλογή δεδομένων που χαρακτηρίζουν τους συγκεκριμένους πληθυσμούς. Η τρίτη συνιστώσα επικεντρώθηκε στην ανάλυση της προϋπάρχουσας και της νέας πληροφορίας με στόχο την εκτίμηση της κατάσταση των πληθυσμών, την αξιολόγηση των παραγόντων που επηρεάζουν το μέλλον τους και τις προτάσεις για τη διατήρηση-βελτίωση της κατάστασης της περιοχής. Τα αποτελέσματα της μελέτης για το Aphanius fasciatus μας οδηγούν στο συμπέρασμα ότι οι πληθυσμοί είναι σε καλή κατάσταση από άποψη αφθονίας και ότι δεν συντρέχουν ιδιαίτεροι λόγοι απειλών άρα και ιδιαίτερα μέτρα διαχείρισης. Για το είδος Valencia letourneuxi το οποίο δεν βρέθηκε στην περιοχή μελέτης, καταδεικνύει σε συνδυασμό με προγενέστερες μελέτες, τον περιορισμό της γεωγραφικής εξάπλωσης του είδους με την εξαφάνιση ή κοντά στην εξαφάνιση των δυτικότερων και νοτιότερων πληθυσμών του είδους. Για το λόγο αυτό και αν δεν βρεθεί στο εγγύς μέλλον ίσως πρέπει να εφαρμοστούν κατάλληλα διαχειριστικά μέτρα που θα επαναφέρουν τους πληθυσμούς στην πρότερη κατάστασή τους. / The Member States of the European Union are required to prepare every six years national reports on the monitoring the implementation of the Habitats Directive (Directive 92/43/EEC). These reports, as mentioned in Article 17 of the Habitats Directive, include primarily information concerning conservation measures and impact assessment of these measures on the conservation status of habitat types and species of Community interest. Taking into account the above, were analyzed the existing data, new data were collected for the monitoring of the species Aphanius fasciatus & Valencia letourneuxi (Annex II, Directive 92/43/EEC) in the region of the lagoons Araxos, Kotychi and Prokopos of the National Park Kotychi-Strofylia. The study comprises three components. The first relates to the formation of the necessary infrastructure and methodology for the survey on the condition of the populations of the two species, in accordance with the Article 17 of Directive 92/43/EEC. The Directive provides, except from the collection and processing of data on populations of protected species, also the simultaneous presentation in GIS environment, in compliance with the specific requirements of the European Union central receiving center. The second component included the design and implementation of sampling at specific habitats region in order to collect data characterizing specific populations. The third component focused on the analysis of pre-existing and new information in order to assess the status of populations, the evaluation of factors affecting their future and proposals for maintaining-improving the situation in the region. The results of the study on Aphanius fasciatus, lead us to conclude that the populations are in good condition in terms of abundance and there are no particular threats, therefore special management measures are not nedeed. On the other hand, Valencia letourneuxi was not found in the study area, indicated similarity to previous studies, the limited distribution of the species with possibility of extinction or near extinction of the western and southern populations. For this reason, and if not found in the near future, necessary management measures are required to restore the populations to their former condition.