Pour analyser les difficultés des filières cotonnières africaines, la plupart des études mettent l'accent sur les facteurs exogènes, principalement les subventions des pays du Nord. Cette recherche se concentre sur les facteurs endogènes. Plus précisément, elle étudie l'influence des mécanismes de gouvernance sur la performance de la filière coton du Mali. Elle prend en compte le contexte des mutations institutionnelles de la filière, caractérisées par la libéralisation de la filière et la privatisation de la société cotonnière, un monopole étatique (la CMDT). Quatre mécanismes de gouvernance (le partenariat, la confiance, le contrat et le pouvoir) sont supposés influencer les deux dimensions de la performance, à savoir la performance financière et la performance non financière. D'un côté, cette recherche analyse les effets directs des mécanismes de gouvernance sur la performance de la filière, et de l'autre, les effets sont canalisés par l'apprentissage organisationnel. Un questionnaire d'enquête a été élaboré et administré auprès d'un échantillon de 1069 exploitants cotonniers dans le cercle de Koutiala. Les résultats des analyses de régressions à équations simultanées montrent que trois mécanismes de gouvernance influencent la performance de la filière. La gouvernance partenariale et la confiance ont des effets positifs sur l'efficience, l'amélioration des rendements et la satisfaction des exploitants à l'égard de leur relation avec la CMDT. La gouvernance contractuelle influence positivement l'efficience. Cependant, lorsque leurs effets sont canalisés par l'apprentissage organisationnel, ces mécanismes de gouvernance n'ont aucune influence sur la performance de la filière. Ils ne sont efficaces qu'à travers leurs effets directs. Pour gérer efficacement les relations entre les acteurs et atteindre une meilleure performance de la filière coton, il est nécessaire d'utiliser une forme multidimensionnelle de la gouvernance, à travers la combinaison des trois mécanismes de gouvernance : la gouvernance partenariale, la confiance et la gouvernance contractuelle.