Salmonella est une bactérie zoonotique qui représente un problème majeur de santé publique. Le porc est identifié comme l'un des principaux réservoirs de Salmonella. L'objectif de ces travaux de recherche était d'identifier les mesures prioritaires à mettre en place afin de limiter la présence de Salmonella dans la filière porcine réunionnaise. Près de 80% des élevages de porcs investigués étaient infectés par Salmonella en fin d'engraissement. Cette infection asymptomatique est associée à plusieurs facteurs de risque : les conditions géo-climatiques (altitude et pluviométrie), la production de volailles sur le site, la taille de l'élevage et la présence de salmonelles dans les salles avant l'entrée du lot. Le suivi longitudinal a d'ailleurs mis en évidence que les salmonelles résiduelles étaient la principale source d'infection, que ce soit pendant l'élevage, le transport et l'attente. Ces résultats soulignent l'importance d'améliorer l'efficacité des protocoles de nettoyage et de désinfection. La faune sauvage semble également impliquée dans l'épidémiologie de Salmonella dans la filière porcine. Une forte similarité génétique a été observée entre les souches isolées de rongeurs et de cafards et celles isolées des porcs. Par ailleurs, une prévalence en Salmonella de 16,5% dans les saucisses à base de porc démontre que Salmonella dans la filière porcine peut représenter un risque pour la santé humaine à La Réunion. Ces travaux de recherche démontrent la nécessité d'agir aux différents maillons de la filière porcine. En outre, une lutte globale doit être envisagée, incluant les différentes filières, les industriels, les services vétérinaires et les pouvoirs publics. / Salmonella is a zoonotic bacterium that represents a public health burden all over the world. Pig is considered as one of the main reservoir of this pathogen. The goal of this research project was to identify the main measures that would limit the presence of Salmonella in the Reunionese pig production. Nearly 80% of the pig farms investigated were infected with Salmonella at the end of the fattening period. This asymptomatic infection was associated with several risk factors: geo-climatic conditions (altitude and rainfall), poultry production on the same site, the size of the farm and the presence of residual Salmonella in rooms before the loading of the pig batch. Furthermore, the longitudinal investigation highlighted that environmental residual Salmonella were the main source of infection whether at farm, during the transport and the lairage of pigs. These results strengthen the importance of improving efficiency of cleaning and disinfection procedures. The wild fauna of Reunion Island seems to be involved in the epidemiology of Salmonella in the pig production, since high genetically relationships were observed between Salmonella strains isolated from rodents and cockroaches and those isolated from pigs. Otherwise, our study also highlighted Salmonella prevalence of 16.5% in pork sausages demonstrating that Salmonella in the pig production may represent a risk for public health in Reunion Island. These works stress the need to act at each stage of the pig production. Moreover, a global effort has to be considered, including professionals of the different animal production, industrials, veterinary and health services and authorities.

Listeria monocytogenes est responsable de la listériose, une toxi-infection alimentaire présentant un taux de mortalité élevé (20 à 30%) chez les populations à risque. Les produits de la filière porcine ont été incriminés à plusieurs reprises dans des éclosions de listériose. En transformation, la contamination des produits prêts-à-manger est d’une importance particulière puisque ces aliments sont consommés sans préparation subséquente. Le pathogène, par son caractère psychrophile et sa capacité à former des biofilms est en mesure de s’établir et de persister dans les environnements de production alimentaire. Il peut alors être transféré de niches environnementales vers les produits de viande. Cette contamination croisée est inhérente à l’introduction préalable de L. monocytogenes dans l’environnement de transformation. Il a été rapporté que les pièces de viande crue provenant des étapes en amont de la transformation constituent la principale voie d’entrée de L. monocytogenes en atelier de transformation. Dans la nature, les biofilms sont composés de plusieurs microorganismes dont l’identité et les interactions façonnent le développement des communautés microbiennes. Le microbiote d’accompagnement a été proposé comme facteur pouvant influencer la présence et la persistance de L. monocytogenes. Ainsi, la présente thèse a pour but d’identifier des déterminants bactériens présents dans le microbiote des surfaces en contact avec les produits de viande en salle de découpe en abattoir porcin associés à la présence ou à l’absence de L. monocytogenes. La caractérisation du microbiote ainsi que la détection de L. monocytogenes ont été réalisées en parallèle sur les échantillons de surfaces recueillis. Les analyses de diversité menées sur les résultats issus du séquençage de l’ARNr 16S ont révélé une hétérogénéité dans la répartition des genres bactériens sur ces surfaces en fonction des lignes de production ainsi qu’en fonction des différentes visites. La présence de déterminants microbiens a permis la construction de deux modèles prédictifs basés sur les forêts d’arbres décisionnels permettant, sur la base du microbiote de chaque échantillon, de prédire son appartenance à une visite (à 94%) et à une ligne de production (à 88%). L. monocytogenes a été retrouvée dans 12,24% des échantillons de surfaces de découpe récoltés. Une distribution non stochastique des isolats a été observée (sur trois des six lignes de production) suggérant une localisation préférentielle de L. monocytogenes en salle de découpe. La caractérisation des isolats a révélé une faible diversité génétique ainsi que la présence de plusieurs caractéristiques associées à une adaptation à l’environnement de production et à une atténuation de la virulence. L’outil statistique MaAsLin a permis d’identifier le taxon Veillonella comme déterminant bactérien de la présence de L. monocytogenes sur les surfaces de découpe. Il a pu être démontré par approche culturale, en laboratoire, que Veillonella dispar et Veillonella atypica augmentaient significativement la croissance et la survie de L. monocytogenes en cocultures planctoniques ainsi qu’en biofilms. Les résultats obtenus suggèrent que l’action de Veillonella serait médiée par des composés sécrétés ou rendus disponibles par la bactérie. Les résultats de la présente étude contribuent à une meilleure compréhension des patrons de contamination associés à L. monocytogenes en abattoir. / Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen that can cause severe illness in high-risk groups such as the immunocompromised and the elderly, who face a mortality rate of 20 to 30% with exposure to this deadly bacterium. Pork products have been incriminated on several occasions in listeriosis outbreaks. Contamination of ready-to-eat products is of particular importance since this kind of food is consumed without prior cooking. The pathogen's psychrophilic nature and its ability to form biofilms enable its establishment and persistence in food production environments. The bacterium can then be transferred from environmental niches to the food products. This cross-contamination is inherent to the prior introduction of L. monocytogenes into the ready-to-eat processing environment. It has been reported that raw meat cuts from the upstream processing stages constitute the main route of entry of L. monocytogenes into the ready-to-eat processing environment. The accompanying microbiota has been proposed as a factor that can influence the presence and persistence of L. monocytogenes. In processing environments, biofilms are composed of several microorganisms whose identity and interactions shape the development of microbial communities. Thus, the aim of the present thesis was to identify bacterial determinants, present in the microbiota of surfaces in contact with meat products in the cutting room of a pig slaughterhouse, associated with the presence or absence of L. monocytogenes. The characterization of the surface’s microbiota and the detection of L. monocytogenes were carried out in parallel on the surface samples collected. Diversity analyses carried out following 16S rRNA sequencing revealed heterogeneity in the distribution of bacterial genera on these surfaces, depending on the production line and the visit. The presence of microbial determinants enabled the development of two predictive models based on random forests classification algorithms, which, based on the microbiota of a sample, predicted its belonging to a visit (at 94%) and to a production line (at 88%). L. monocytogenes was found in 12,24% of the cutting room surfaces samples. A non-stochastic distribution of the isolates was observed (only three of the six production lines were contaminated) suggesting a preferential localization of L. monocytogenes in the cutting room. Isolates characterization revealed low genetic diversity and the presence of several genes associated with adaptation to the production environment and attenuation of virulence. Using the MaAsLin statistical tool, the Veillonella taxon was identified as a bacterial determinant of the presence of L. monocytogenes on the cutting room surfaces. Using a cultural approach, it was demonstrated that Veillonella dispar and Veillonella atypica significantly increased the growth and survival rates of L. monocytogenes in planktonic cocultures and biofilms. The results suggested that the action of Veillonella is mediated by compounds secreted or made available by the bacterium. The results of the present study contribute to a better understanding of L. monocytogenes contamination patterns in swine slaughterhouses.