Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-01-20T13:52:32Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-01-20T13:56:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-01-20T13:57:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-20T13:57:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Mario da S. Nunes.pdf: 5977917 bytes, checksum: e2f495a6e07c004bd645bb9e4c369a67 (MD5) Previous issue date: 2011-08-11 / Phylogeographic studies have helped clarify the spatial and temporal context of the diversification of Amazonian organisms. Given the current state of environmental degradation and the future impacts expected from the implementation of developmental plans proposed for the Amazon region, it is necessary to understand the evolutionary dynamics of the biota of the Amazon lowland forest. Therefore, the goal of this study was to provide information that increases the taxonomic and biological knowledge for the species of the genus Hylaeamys (H. megacephalus, H. yunganus and H. perenensis), which have predominantly Amazonian distribution, testing the existence of population structure for each species and if this structure is concordant with their geographical distribution. We used a total of 254 individuals sampled over 43 locations; 151 individuals of H. megacephalus from 35 localities, 80 individuals of H. perenensis from 14 localities and 23 individuals of H. yunganus from 8 localities. Molecular studies were based on the sequencing of 947 base pairs of the mitochondrial cytochrome b gene The phylogenetic relationships were assessed by the construction of trees by the method of maximum likelihood (ML) and genetic differentiation through analysis of molecular variance (AMOVA) and Fst estimates. For H. perenensis, AMOVA analysis performed to test the population structure considering the Jurua River as geographical barrier, revealed that most of the variance (96.15%) was within localities and only 3.85% (Fst = 0.03851, P = 0.00366) of the variation could be explained by differences between localities. Even considering an Nm = 12.48, Fst values were significant, indicating a moderate genetic structure. For H. yunganus, considering the low number of samples obtained, it was not possible to address the issue of the rivers as a barrier through a population-genetic analysis. Considering only the distribution of haplotypes, the results are similar to those reported by Patton and colleagues (2000), where the Juruá River is not a barrier to gene flow. For H. megacephalus, the ML tree topology revealed the presence of four structured, geographically distinct clades with high support and average genetic distance between them of 4.8%, ranging from 0.2% to 9.6%. In the work of Patton et al. (2000) and Costa (2003), the average values of genetic distances (5.3% and 8.7%, respectively) were similar to those found in this study (7% and 8%) for populations north and south Amazon River. In this scenario, the genetic diversity by H. megacephalus is consistent with the model of allopatric speciation, and the Amazon River acting as a geographical barrier to gene flow. The levels of genetic divergence, considering the values reported for rodents in the literature, do not allow completely to dismiss the possible existence of a complex of species in what is now recognized as H. megacephalus. However, to establish the taxonomic status of the four lineages recognized, it would be necessary to conduct additional analyses of morphological, ecological, and natural history data. / Estudos filogeográficos têm ajudado a esclarecer o contexto espacial e temporal da diversificação de organismos amazônicos. Em vista do atual estado de degradação ambiental e dos futuros impactos previstos com a implantação dos planos de desenvolvimento propostos para a Amazônia, faz-se necessário a compreensão da dinâmica evolutiva da biota da floresta da planície amazônica. Sendo assim, este trabalho teve como meta, fornecer informações que elevem o conhecimento taxonômico e biológico para as espécies do gênero Hylaeamys (H.megacephalus, H.yunganus e H.perenensis), que possuem distribuição predominantemente Amazônica, testando a existência de estrutura populacional para cada espécie e se o padrão filogeográfico possui concordância com sua distribuição geográfica. Foi utilizado um total de 254 indivíduos distribuídos por 43 localidades, sendo 151 indivíduos para H. megacephalus, provenientes de 35 localidades; 80 indivíduos de H. perenensis por 14 localidades e 23 indivíduos de H. yunganus de oito localidades. Os estudos moleculares foram baseados no sequenciamento de 947 pares de bases do gene mitocondrial citocromo b. As relações filogenéticas entre as populações foram avaliadas pela construção de árvores pelo método de máxima verossimilhança (MV) e a diferenciação genética através da análise de variância molecular (AMOVA) e das estimativas de Fst. Para H.perenensis, a análise de AMOVA, realizada para testar a estrutura populacional considerando o rio Juruá como barreira geográfica, revelou que a maior parte da variância (96,15%) foi dentro das populações e apenas 3,85% (Fst = 0,03851; P=0,00366) da variação pôde ser explicada por diferenças entre populações. Mesmo considerando um Nm=12,48, os valores de Fst foram significantes, indicando uma estruturação genética moderada. Para H.yunganus, considerando a baixa amostragem obtida, não foi possível abordar a questão dos rios como barreira através de uma análise genético-populacional. Considerando-se apenas a distribuição dos haplótipos, os resultados são semelhantes aos reportados por Patton e colaboradores (2000), onde a o rio Juruá não constitui barreira ao fluxo gênico. Para H. megacephalus, a topologia da árvore de MV evidenciou a presença de quatro clados distintos estruturados geograficamente, com elevado suporte e distância genética média entre eles de 4,8%, com variação de 0,2% a 9,6%. Nos trabalhos de Patton et al. (2000) e Costa (2003), os valores médios das distâncias genéticas (5,3% e 8,7%, respectivamente) foram similares aos encontrados no presente estudo (7% e 8%), para populações ao norte e ao sul do rio Amazonas. Neste cenário, a diversidade genética apresentada por H. megacephalus está de acordo com o modelo de especiação alopátrica, sendo o rio Amazonas uma barreira geográfica para o fluxo gênico. Os níveis de divergência genética, considerando-se os valores reportados para roedores, não permitem descartar totalmente a possível existência de um complexo de espécies no que hoje é reconhecido como H. megacephalus. Entretanto, para o estabelecimento do status taxonômico das quatro linhagens reconhecidas, seria necessário a realização de estudos adicionais sobre outros parâmetros desses organismos, como características morfológicas, ecológicas, e de sua história natural.