Dans ce mémoire, nous nous intéressons à l'étude et la résolution de problèmes d'ordonnancement de type flowshop de permutation, en présence de contraintes d'écarts temporels (ou time lags), définies entre les couples d'opérations consécutives au sein des travaux. De telles contraintes généralisent les contraintes de précédence classiques et peuvent modéliser de nombreuses situations réelles. De nouveaux résultats de complexité sont démontrés et viennent compléter des résultats classiques tirés de la littérature. Nous présentons aussi un état de l'art assez détaillé sur les travaux concernant les problèmes d'ordonnancement avec time lags, qui met en évidence le manque d'attention reçu par ces problèmes. Nous développons ensuite un schéma générique de résolution exacte reposant sur une Procédure par Séparation et Evaluation et nous l'utilisons pour résoudre plusieurs problèmes de flowshop de permutation en présence de time lags. L'efficacité de cette approche de résolution est évaluée grâce à des séries d'expériences numériques. Enfin, des extensions permettant de prendre en compte des contraintes supplémentaires sont proposées.