Depuis plus de 30 ans, Anjouan, île volcanique tropicale humide de l'archipel des Comores situé à l'entrée Nord du Canal de Mozambique entre l'Afrique et Madagascar dans l'océan indien, connaît une perturbation du régime hydrologique de ses bassins versants avec une diminution des ressources en eau sur les zones côtières mais aussi des excès responsables de crues violentes et de mouvements de masse. Les origines du phénomène, mal connues, sont fréquemment associées à la déforestation anthropique sur les versants. Pour répondre à cette problématique, une approche méthodologique multi-source, multi-date et multi-échelle a été adoptée. Elle s'appuie sur la mise en œuvre d'un Système d'Information Géographique associant des Modèles Numériques de Terrain, des images satellites (Spot 5 et Quickbird de de Google Earth) et des photographies aériennes (1950, 1969 et 1998) aux statistiques climatiques et démographiques ainsi qu'à des relevés écologiques et des enquêtes. Les résultats de l'étude sur deux bassins versants pilotes aux régimes d'écoulements différents, l'un permanent situé dans le domaine du Sud-Ouest et l'autre temporaire à l'Est d'Anjouan, montrent une réalité multi-causale et plus complexe de la perturbation du fonctionnement hydrologique des bassins versants d'Anjouan. Les mesures techniques ne suffisent pas pour résoudre le problème. Il est de ce fait préconisé un modèle d'aménagement qui intègre les composantes environnementales, sociales, économiques et politique des bassins versants.