Les objectifs généraux de cette thèse visaient d'une part à déterminer si les enfants et adolescents abusés sexuellement consultaient et étaient davantage hospitalisés pour des problèmes de santé génito-urinaire que la population pédiatrique générale et d'autre part, à explorer ce qui pouvait expliquer cette différence le cas échéant. La thèse visait également à pallier les lacunes des études antérieures pour la plupart rétrospectives, transversales et conduites principalement auprès de filles, grâce à une méthodologie prospective et de cas-contrôle apparié en ayant recours aux diagnostics médicaux documentés dans les banques administratives publiques du Québec (RAMQ, MSSS) entre les années 1996 et 2013. Dans le premier article, à partir d'un échantillon de 882 enfants (1-18 ans) dont l'agression sexuelle a été corroborée et 882 enfants de la population générale appariés selon l'âge, le sexe et la région sociosanitaire, les résultats du modèle linéaire généralisé indiquent que les filles victimes d'agression sexuelle recevaient plus de diagnostics pour des problèmes de santé urinaire (RR: 2,1) et génitale (RR: 1,4), mais qu'aucune différence n'a été décelée pour les infections transmises sexuellement (ITS). Chez les garçons, ceux ayant été victimes d'agression sexuelle recevaient un nombre équivalent de diagnostics pour les problèmes de santé génitale et urinaire et les données étaient insuffisantes pour conduire des analyses et comparer les taux d'ITS. Selon le type de problèmes de santé analysé (santé génitale, urinaire ou ITS), les filles victimes d'agression sexuelle et celles de la population générale consultaient entre 2,5 et 11 fois en lien avec des diagnostics de troubles génito-urinaires comparativement aux garçons victimes ou ceux de la population générale. Les résultats de cette étude démontrent que l'agression sexuelle à l'enfance est associée à davantage de problèmes de santé urinaire et génitale chez les filles, mais pas chez les garçons. Des efforts de prévention et d'intervention précoce pour une bonne santé génito-urinaire chez les filles victimes d'agression sexuelle pourraient prévenir l'aggravation et la chronicisation de ces problèmes de santé à l'âge adulte. Le deuxième article quant à lui testait un modèle théorique biopsychologique selon lequel une plus grande détresse psychologique (mesurée par la comorbidité des troubles psychiatriques) expliquerait en partie l'effet de l'agression sexuelle sur le nombre accru de diagnostics génito-urinaires chez les filles. Les résultats issus des analyses de médiation conduites auprès de 661 filles victimes d'agression sexuelle et 661 filles de la population générale indiquent qu'après avoir contrôlé le statut socio-économique, le nombre d'années de données médicales et le nombre de diagnostics génito-urinaires/psychiatriques reçus avant la date de signalement de l'agression sexuelle, une plus grande comorbidité psychiatrique expliquait 23% de la relation entre l'agression sexuelle à l'enfance et le nombre de diagnostics urinaires et 62% de la relation entre l'agression sexuelle à l'enfance et le nombre de diagnostics génitaux. Ces résultats indiquent que plus les filles consultent après le signalement de l’agression sexuelle pour un grand nombre de troubles psychiatriques distincts (comorbidité) et plus leur risque de consulter ultérieurement pour des problèmes génito-urinaires est augmenté. Ainsi, cette conclusion suggère que l'émergence de problèmes de santé génito-urinaire des années après l'agression sexuelle pourrait être prévenue chez les filles en prenant soin directement de leur détresse psychologique. / The general objectives of this thesis were first, to determine whether children and adolescents who were sexually abused consulted or were hospitalized more often for genitourinary health problems than the general pediatric population and second, to explore what could explain this difference if any. This thesis also aimed to overcome limitations of previous studies who were retrospective, cross-sectionnal and conducted among girls for the majority, via a prospective matched-cohort design and medical diagnoses documented in Quebec's public administrative banks (RAMQ, MSSS) between 1996 and 2013. In the first article, using a sample of 882 children (1-18 years) with a substantiated report of sexual abuse and 882 children from the general population matched by age, sex and geographic area, the results of the generalized linear mixed model indicated that abused girls received more diagnoses for urinary (RR: 2.1) and genital (RR: 1.4) health problems, but no difference was found for sexually transmitted infections (STIs). Among the boys, those who have been sexually abused received an equivalent number of diagnoses for genital or urinary health problems and there were insufficient data to conduct analyses and compare STIs rates. Depending on the genitourinary health problem, sexually abused girls and those from the general population received between 2.5 and 11 times more diagnoses than abused boys or those from the general population. The results of this study indicate that childhood sexual abuse is associated with more urinary and genital health problems in girls, but not in boys. Prevention and early intervention efforts for a good genitourinary health among girls victim of sexual abuse could prevent the aggravation and chronicisation of these health problems in adulthood. The second article tested a theoretical psychobiological model according to which greater psychological distress (as measured by psychiatric comorbidity) would partly explain the effect of sexual abuse on the increased number of genitourinary diagnoses among girls. Results form mediation analyses conducted with 661 sexually abused girls and 661 girls from the general population indicated that after controlling for socio-economic level, number of years of medical data and genitourinary/psychiatric diagnostics prior sexual abuse report date, greater psychiatric comorbidity explained 23% of the relationship between child sexual abuse and the number of urinary diagnoses and 62% of the relationship between child sexual abuse and the number of genital diagnoses. These results indicate that the more girls consult after the report of sexual abuse for a large number of distinct psychiatric conditions (comorbidity), the greater their risk to consult later for genitourinary health problems. Thus, this conclusion suggests that the emergence of genitourinary health problems years after the sexual abuse could be prevented among girls by taking direct care of their psychological distress.