Made available in DSpace on 2014-08-20T14:38:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_marco_andre_paldes_da_costa.pdf: 3629797 bytes, checksum: cb9f7519cccc3939652d2f7422468afc (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Cattle (Bos taurus) represent an important phylogenetic resource for understanding of evolutionary aspects and complex traits. On its genome, microsatellites repeats constituted the basis for genotyping in different studies as the genetic mapping. So, this study has by aim to describe the distribution of these sequences along of the taurine bovine genome, ascribing to them structural and functional annotation, besides supply a resource for that such information may assist future investigations on these regions. With a genomic coverage estimated at 0.8%, around 1.3 million loci were identified, of which 90.5% classified as perfect. Monomers occurred in greater number and frequency, followed by tetramers, dimers, trimers, pentamers and hexamers. However dimers and pentamers contributed in density more than tetramers. Regardless of the type of repetition, always the largest proportion of repetitive stretches distributed on IG, Introns and GPG regions. Nevertheless, density and frequency on PR and 5'UTR overcame IG. Through of these descriptors similarities could be observed between IG, Introns and 3'UTR, as too for PR and 5'UTR. Annotation for biological process, molecular function and cellular component were super-represented in genes harboring repetitive sequences. Using mapping references, as gene annotation, STS, SNPs and other repetitive elements already described, the Pampeano Animal Genetic Resources online platform provides an important resource for that the information gathered can to assist the planning of new approaches, in especial to obtaining molecular markers destinated to selection of traits of interest to the genetic improvement of the species. / Bovinos (Bos taurus) representam um importante recurso filogenético para compreensão de aspectos evolutivos e características complexas. Sobre seu genoma, repetições microssatélites constituíram a base para genotipagem em diferentes estudos, como o mapeamento genético. Assim, esse trabalho teve por objetivo descrever a distribuição destas sequências ao longo do genoma bovino taurino, atribuindo a elas anotação estrutural e funcional, além de disponibilizar um recurso para que tal informação possa auxiliar investigações futuras sobre tais regiões. Com uma cobertura genômica estimada em 0,8%, cerca de 1.3 milhões de loci foram identificados, dos quais 90,5% classificados como perfeitos. Monômeros ocorreram em maior número e frequência, seguidos por tetrâmeros, dímeros, trímeros, pentâmeros e hexâmeros. Contudo dímeros e pentâmeros contribuíram em densidade mais que tetrâmeros. Independente do tipo de repetição, sempre a maior proporção dos trechos repetitivos distribuíram-se sobre regiões IG, Introns e GPG. Apesar disso, densidade e frequência em 5 UTR e PR superaram IG. Através desses descritores semelhanças puderam ser evidenciadas entre IG, Introns e 3 UTR, como também para PR e 5 UTR. Anotações para processo biológico, função molecular e componente celular estavam super-representadas em genes abrigando sequências repetitivas. Utilizando referências de mapeamento, como anotação gênica, STS, SNPs e outros elementos repetitivos já descritos, a plataforma on-line Pampeano Animal Genetic Resources fornece um importante recurso para que a informação reunida possa auxiliar o planejamento de novas abordagens, em especial para obtenção de marcadores moleculares destinados a seleção de características de interesse ao melhoramento genético da espécie.

Submitted by Luis Ricardo Andrade da Silva (lrasilva@uefs.br) on 2016-03-01T23:07:05Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Filipe Torres.pdf: 3327655 bytes, checksum: a687ff94c9854a5e290b5d00055299e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-01T23:07:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Filipe Torres.pdf: 3327655 bytes, checksum: a687ff94c9854a5e290b5d00055299e0 (MD5) Previous issue date: 2015-12-18 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / Cutaneous leishmaniasis affects 12 million people around the world. The main etiological agent in Brazil is Leishmania braziliensis. Its annotation is not very well characterized and have inaccurate regions because of the large number of hypothetical and putative genes. To solve this problem, we annotated the Leishmania braziliensis genome (MHOM / BR / 75 / M2904) with new algorithm and curated database by similarity. Initially, we downloaded these sequences of Leishmania braziliensis from NCBI and used GENSCAN and GLIMMER algorithms. We compared the predicted genes with SWISSPROT protein database. The comparison process was made by BLASTx and SWISS-PROT. We also used StructRNAFinder to predict the non-coding RNA, ncrna. We identified 25,539 ORF's, 4,916 genes, 735 ncRNA and 863 proteins. 94.75\% of predicted genes from Leishmania braziliensis were present on Leishmania panamensis genome (MHOM/PA/94/PSC-1). The comparison of ncrna number and proteins highlights a relation between chromosome and ncrna. All genes found were mapped and aligned to the Leishmania braziliensis genome and stored in a relational database model built in PHP 5.0 and MySQL. All data resulting of analyses in this work is available at www.leishdb.com. / A leishmaniose cut?nea afeta cerca 12 milh?es de pessoas ao redor do mundo. O principal agente etiol?gico dessa patologia no Brasil ? a Leishmania braziliensis. A anota??o dela n?o est? bem caracterizada e possui regi?es sem uma grande certeza devido ao grande n?mero de genes hipot?ticos e putativos. Para resolver esse problema,n?s reanotamos o genoma da Leishmania braziliensis (MHOM/BR/75/M2904) com novas vers?es de algoritmos e uma base de dados curada. Inicialmente, n?s baixamos e predizemos os genes com uma base de prote?nas. A compara??o foi feita porBLASTx e o banco de dados SWISS-PROT. Tamb?m utilizamos o preditor StructRNA Finder para predi??o de RNA?s n?o codificantes. Como resultado desse trabalho identificamos 25539 ORF?s, 4916 genes, 735 ncRNA e 863 prote?nas. Cerca de 94.75% genes preditos tamb?m estavam presentes em anota??o da Leishmania panamensis (MHOM/PA/94/PSC-1). Comparando o n?mero de rna n?o codificante e prote?nas foi evidenciado a presen?a de rela??es entre cromossomos e ncrna. Todos os genes encontrados foram mapeados no genoma da Leishmania braziliensis e armazenados em um modelo de banco de dados relacional constru?do em MySQL e PHP 5.0. Todos os dados resultantes desse trabalho est?o dispon?veis.