Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T12:00:44Z No. of bitstreams: 1 TESE-ELSR.pdf: 8566121 bytes, checksum: 9b14e91fc47ab442c01443be29b2de9e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T12:00:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE-ELSR.pdf: 8566121 bytes, checksum: 9b14e91fc47ab442c01443be29b2de9e (MD5) Previous issue date: 2011-09-29 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Echinococcus granulosus, o menor cestóide, é distribuído por todo o mundo. Este parasito, sob a forma de larva, é responsável pela equinococose cística (EC) ou hidatidose, uma das zoonoses de maior importância médica e veterinária que ocasiona grandes perdas econômicas nas regiões pecuárias e agrícolas. E. granulosus é caracterizado por apresentar uma alta variabilidade intra-específica que é associada com hospedeiros intermediários diferentes. Dez variantes intra-específicas ou genótipos distintos (G1-G10) foram definidos com base na diversidade genética. A identificação de variantes ou genótipos circulantes em diferentes hospedeiros das regiões endêmicas da EC é epidemiologicamente importante, porque diferentes características biológicas entre as variantes individuais podem influenciar no padrão de ciclo de vida, especificidade do hospedeiro, o tempo de desenvolvimento, antigenicidade, dinâmica de transmissão, sensibilidade a agentes quimioterápicos e patogênese, com implicações importantes para a epidemiologia, diagnóstico, tratamento e controle de endemia. A região andina do Peru, que inclui as áreas de Puno, Junín, Arequipa, Cusco, Huanacavelica e Ayacucho, tem uma alta prevalência de EC. Para determinar as variantes ou genótipos de E. granulosus circulantes em hospedeiros intermediários das regiões endêmicas do Peru, foram coletadas amostras de cistos hidáticos de bovinos (44), ovinos (41) e humanos (14). Cistos hidáticos de alpaca (4) de Puno e porcos (8) de Ayacucho também foram incluídos neste estudo. DNA de todos os isolados (protoscólices e/ou camadas germinativas) de E. granulosus foram extraídos e usados para amplificar duas regiões de genes mitocondriais que codificam o citocromo C oxidase subunidade 1 (CO1) e NADH desidrogenase subunidade 1 (ND1). Produtos de PCR CO1 (450bp) e ND1 (550bp e 800bp) foram sequenciados e as sequências comparadas com as referências para E. granulosus encontrados na base de dados do GenBank. Análises filogenéticas também foram desenvolvidas. Sequências parciais do gene CO1 (375bp) e ND1 (483bp e 747bp) mostraram que todos os isolados de bovinos, ovinos, alpaca e 4/8 isolados de porcos correspondem ao genótipo G1 (linhagem da ovelha comum). Três isolados de ovelhas de Ayacucho mostraram polimorfismo de apenas um nucleotídeo indicando a presença de uma microvariante do genótipo G1 de E. granulosus, a G14. Quatro de oito sequências isoladas de porco de Ayacucho mostraram identidade com o genótipo G7 (linhagem suína) de E. granulosus. As análises filogenéticas das sequências dos genes CO1 e ND1 mostraram árvores semelhantes para ambos os genes, onde há um grupo albergando a maioria das sequências com o genótipo G1 e outro de quatro sequências isoladas de porco com o genótipo G7. Além disso, um grupo particular de três sequências isoladas de ovelhas provenientes de Ayacucho é agrupado com a microvariante G14. Os resultados obtidos neste estudo mostram a predominância do genótipo G1, em bovinos, ovinos, alpacas, porcos e seres humanos nas regiões endêmicas do Peru. A microvariante G14 foi identificada pela primeira vez na América do Sul. Dois genótipos G1 e G7 podem infectar porcos de Ayacucho. Os dados mostrados devem ser considerados para que as medidas de prevenção e controle da EC sejam verdadeiramente eficazes nessas regiões. / Echinococcus granulosus is a small cestode distributed worldwide and its larval stage is responsible for cystic echinococcosis (CE) or hydatidosis, a zoonosis of great medical and veterinary importance due to considerable economic losses of livestock in agricultural regions. E. granulosus is characterized by a high intraspecific variability that is associated with different intermediate hosts. Ten distinct genetic variants (G1-G10) have been defined based on molecular analysis. The identification of the genotypes circulating in different hosts from endemic regions of CE is epidemiologically important since each individual variant has different biological characteristics that can influence the life cycle pattern, host specificity, development rate, antigenicity, transmission dynamics, sensitivity to chemotherapeutic agents and pathology. These characteristics have important implications for the diagnosis, treatment and control of CE in endemic regions. The Andean region of Peru, which includes the areas of Puno, Junín, Arequipa, Cusco, Huanacavelica and Ayacucho, has a high prevalence of CE. To determine the genotypes of the E. granulosus circulating through intermediate hosts within these endemic regions of Peru, samples of hydatid cysts were collected from cattle (44), sheep (41) and humans (14). Hydatid cyst of alpaca (4) from Puno and pigs (8) from Ayacucho also were included in this study. DNA was extracted from the protoscolex and/or germinal layers in all of the isolates and used as a template to amplify regions of two mitochondrial genes that encode cytochrome C oxidase subunit 1 (CO1) and NADH dehydrogenase subunit 1 (ND1). PCR products of CO1 (450bp) and ND1 (550bp and 800bp) were sequenced and the sequences compared with the reference sequences of E. granulosus deposited in the GenBank data base. Phylogenetic analysis were also developed. Partial sequences of the CO1 gene (375bp) and ND1 gene (483 bp and 747 bp) showed that all isolates from cattle, sheep, alpaca and 4/8 isolated from pigs correspond to the G1 genotype (common sheep strain). Three isolates of sheep from Ayacucho showed a single nucleotide polymorphism indicating the presence of a microvariant of the G1 genotype of E. granulosus, the G14. Four of eight sequences of pig isolates from Ayacucho showed identity with the G7 genotype (pig strain) of E. granulosus. Phylogenetic analysis of the sequences of the genes CO1 and ND1 showed trees similar for both genes, where there is a grouping of most of the sequences with the G1 genotype and the other four sequences isolated from pigs with genotype G7. In addition, a particular group of sequences isolated from three sheep from Ayacucho is grouped with the G14 microvariante. The results obtained in this study show a predominance for the G1 genotype in cattle, sheep, alpacas, pigs and humans within endemic regions of Peru, the first identification of the microvariante G14 in South America and demonstrate that the genotypes G1 and G7 can infect pigs. The data shown should be considered for the development and implementation of effective programs in endemic regions of Peru for the control and prevention of EC.

Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-20T14:56:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_Egidio_André_FINAL_26122016.pdf: 1444438 bytes, checksum: 846cb4588a5c486580f4c8af04030572 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-20T14:56:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_Egidio_André_FINAL_26122016.pdf: 1444438 bytes, checksum: 846cb4588a5c486580f4c8af04030572 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-20T14:56:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO_Egidio_André_FINAL_26122016.pdf: 1444438 bytes, checksum: 846cb4588a5c486580f4c8af04030572 (MD5) Previous issue date: 2016 / Centro Universitário São José. UNIFSJ / A colonização por Staphylococcus aureus representa o principal risco para infecções, principalmente em crianças, que apresentam elevada morbimortalidade relacionada a este patógeno. Tal microrganismo apresenta grande variabilidade molecular que confere mudanças epidemiológicas constantes. Linhagens com características variadas de resistência e virulência emergem e sucumbem, constituindo-se em um desafio para a saúde pública mundial. Nos últimos anos, alguns estudos têm sugerido uma mudança epidemiológica nas linhagens de S. aureus resistentes a meticilina (MRSA) no Brasil. O objetivo do presente estudo é atualizar o conhecimento acerca da epidemiologia molecular de MRSA colonizando crianças e adolescentes em Niterói – Rio de Janeiro. Trata-se de estudo de corte transversal, realizado com crianças e adolescentes, de zero a 16 anos, em creches, ambulatórios e hospitais na cidade de Niterói-RJ, no período de agosto de 2011 a junho de 2013. Um total de 1500 participantes (500 de creches, 500 de ambulatório e 500 de hospitais) foi submetido à coleta de secreção nasal por meio de swabs para pesquisa de MRSA. Destes, 749 (49,9%) das 1500 amostras foram caracterizados como S. aureus, sendo 288 (57,6%) das 500 amostras de ambulatório, 239 (47,8%) das 500 de hospitais e 222 (44,4%) das 500 das creches desta região. Do total, 144 (9,6%) das 1500 amostras foram caracterizadas como MRSA, sendo 31 (6,2%) das 500 das creches, 45(9%) das 500 de ambulatório e 68 (13,6%) das 500 dos hospitais. As 144 amostras de MRSA foram submetidas às técnicas de genotipificação por PCR dos genes mecA, lukS/lukFPV e SA442 para a identificação do gene de resistência a meticilina, da leucocidina Panton-Valentine (PVL) e confirmação da espécie S. aureus, respectivamente. Foram realizados testes de susceptibilidade antimicrobiana com 14 antimicrobianos selecionados de acordo com o CLSI (2012). Também foram realizados PCR-multiplex para identificação do tipo de cassete mec (SCCmec) e sequenciamento dos genes da proteína A (spa-Typing) e genes constitutivos (MLST), para a caracterização molecular das linhagens de MRSA. Observou-se a prevalência de diferentes clones de MRSA, incluindo os mais frequentes, ST5-MRSA-IV (CC5) e ST30-MRSA-IV (CC30), cujas características, corroboram com a literatura de linhagens de grande relevância, disseminadas em nível pandêmico, “Clone pediátrico” e “Clone SWP”, respectivamente. Nas creches e nos hospitais, foram identificados seis de complexos clonais (CC) diferentes em cada cenário. Já o ambulatório apresentou nove CCs diferentes. O PVL foi observado em 30 (54,5%) das 55 CC30. Das amostras classificadas como CC5 34 (57,6%) de 59 apresentaram resistência ou resistência intermediária à eritromicina. Evidenciou-se variação sazonal de colonização por MRSA, com maior frequência no verão. Nossos resultados confirmam a mudança epidemiológica do até então conhecido Clone Epidêmico Brasileiro para linhagens amplamente descritas pela literatura e disseminadas em nível pandêmico, com grande relevância, conhecidas como “Clone Pediátrico” e “Clone SWP” em crianças e adolescentes no Brasil, com variação sazonal na frequência de colonização por MRSA. Tais achados são relevantes para uma melhor compreensão do comportamento epidemiológico da colonização por MRSA em nível local, com informações que auxiliem nas estratégias de vigilância epidemiológica para o controle desse patógeno. / The colonization by Staphylococcus aureus (S. aureus) is the main risk factor for infections, especially in children who have high morbidity and mortality related to this pathogen. This microorganism has large molecular variability that provides constant epidemiological changes. Lineages with varied characteristics of resistance and virulence emerge and succumb, constituting a challenge to global public health. In recent years, some epidemiologic studies have suggested a change in strains of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) in Brazil. The aim of this study is to update the knowledge of the molecular epidemiology of MRSA colonizing children and adolescents in Niterói - Rio de Janeiro. This is a cross-sectional study, conducted with children and adolescents in community day care centers, outpatient clinics and hospitals in Niterói, RJ, from August 2011 to June 2013. A total of 1500 participants (500 of day care centers, 500 of outpatient clinic and 500 of hospitals) was submitted to nasal secretion collection using swabs for MRSA research. Of these, 749/1500 (49.9%) were characterized as S. aureus, being that 288/500 (57.6%) were of outpatient clinic, 239/500 (47.8%) of hospitals and 222/500 (44.4 %) of the day cares centers. Among the samples of S. aureus 144/1500 (9.6%) were characterized as MRSA, with 31/500 (6.2%) from day care centers, 45/500 (9%) from outpatient clinics and 68/500 (13 6%) of hospitals. The 144 samples of MRSA were submitted to genotyping by PCR from the mecA, luks/lukFPV and SA442 genes to identifi of methicillin resistance gene, the Panton-Valentine leukocidin (PVL) toxin and species, respectively. Antimicrobial susceptibility tests were performed with 14 antimicrobials selected according to the CLSI (2012). It was also performed multiplex-PCR to identify the type of cassette mec (SCCmec) and sequencing of the genes of protein A (spa-Typing) and constitutive genes (MLST), for molecular characterization of MRSA lineages. We observed the prevalence of different MRSA, including the most commons, ST5-MRSA-IV (CC5) and ST30-MRSA-IV (CC30), whose characteristics corroborate with the literature of relevant lineages, disseminated on pandemic level, "Pediatric Clone" and "SWP Clone", respectively. In day care centers and hospitals six types of different clonal complexes (CC) have been identified in each environment, and the outpatient clinics had nine different CCs. The CC30 showed a frequency of 54.5% (30/55) for positivity of PVL genes. Samples classified as CC5 showed 57.6% (34/59) of resistance or intermediate resistance to erythromycin. This finding corroborates with literature, which describes about the epidemiological distribution of these strains. Our results confirm the epidemiological change of the Epidemic Brazilian Clone to strains widely described in the literature with pandemic level of disseminated and great relevance, known as "Pediatric Clone" and "SWP Clone" in children and adolescents in Brazil with seasonal variation in the frequency of MRSA colonization. These findings are relevant for a better understanding of the epidemiological changes of MRSA colonization locally, with information that assists in epidemiological surveillance strategies for the control of this pathogen.