Les Néotropiques représentent un réservoir exceptionnel de biodiversité mais l'origine de cette diversité ainsi que les patrons de diversification in situ restent peu compris. La compréhension des histoires évolutives des lignages commence par celle de leur phylogénie, et cela est souvent une étape critique. Sur la base de deux familles de plantes à fleurs tropicales : les Chrysobalanaceae et les Humiriaceae, nous avons mis en évidence l'utilité des génomes chloroplastiques complets dans la résolution de relations phylogénétiques particulièrement difficiles à inférer. Ces phylogénies ont permis une avancée des connaissances concernant l'histoire biogéographique de ces familles mais représentent surtout un cadre solide pour de futures études. L'approche développée devrait permettre d'éclaircir les relations phylogénétiques d'autres clades restées irrésolues jusque là. / The Neotropics represent a vast reservoir of biodiversity but the origin of this diversity and patterns of in situ diversification remain poorly understood. The understanding of evolutionary histories of lineages begins with the understanding of their phylogeny, ani this is often a critical step. On the basis of two tropical flowering plant families: the Chrysobalanaceae and Humiriaceae, we highlighted the usefulness of full plastid genomes to resolve phylogenetic relationships particularly difficult to infer. These phylogenies allowed to go further concerning the understanding of the biogeographical history of these families but represent, above all, a robust framework for future studies. The approach developed should allow to clarity phylogenetic relationships of other clades remained unresolved up to now.