Comme de nombreuses espèces naturelles, l’abeille européenne (Apis mellifera) est confrontée à une pression croissante de facteurs biotiques et abiotiques : environnement, diversité génétique, parasitisme, etc. Chacun de ces facteurs peut potentiellement influencer les communautés de micro-organismes qui constituent le microbiote de l’abeille et évoluent avec elle. L’objectif de cette thèse était de comprendre la dynamique et la structuration du microbiote intestinal de la lignée évolutive M de l’abeille européenne en fonction de facteurs biogéographiques, génétiques et temporels des colonies d’abeilles. Cette analyse a été réalisée dans sept conservatoires de cette lignée évolutive, répartis au Portugal (A. m. iberiensis), en Espagne et en France (A. m. mellifera), selon un gradient Nord-Sud et Est-Ouest. Dans un premier temps, mon travail a permis de décrire un facteur jusqu’ici mal connu : l’humidité dans les ruches. Celle-ci s’est révélée stable, entre 50 et 60 % d’humidité relative toute l’année, suggérant une hygrorégulation par les colonies d’abeilles, quelle que soit la période de l’année et la dynamique populationnelle au sein des nids (ici, la ruche). Par la suite, nous avons développé un protocole permettant le suivi spatio-temporel de la charge virale des abeilles par cytométrie en flux. Son application sur nos abeilles a montré que le temps influence moins la charge virale que le lieu géographique. Enfin, une analyse métagénomique sur un gène ciblé (ARNr 16s) a confirmé l’effet de la localisation géographique des ruches, cette fois sur la structuration des communautés bactériennes peuplant les intestins des abeilles qui appartiennent à la lignée évolutive M. Par ailleurs, cette dernière analyse a montré l’importance de prendre en compte l’interaction entre les facteurs, qui peuvent avoir plus d’impact pris ensemble que séparément. Enfin, des perspectives sont envisagées, telles que la réalisation d’un réseau d’inter-actants permettant de comprendre la part de chaque facteur sur les communautés bactériennes mais également les pathogènes. / Like many natural species, the European bee (Apis mellifera) faces a threat of biotic and abiotic factors: environment, genetic diversity, parasitism, etc. Each of these factors can potentially influence the communities of microorganisms that constitute the bee's microbiota and evolve with it. The aim of this work was to understand the dynamics and structure of the gut microbiota of the M evolutionary line of A. mellifera according to biogeographic, genetic and temporal factors of bee colonies. This analysis was carried out in the conservatories of this evolutionary line, located in Portugal (A. m. iberiensis), Spain and France (A. m. mellifera) along a North-South and East-West gradient. First, my work has described a hitherto barely understood factor: humidity in hives. It appeared to be stable in our beehives, between 50 and 60% relative humidity all year long, which suggests a hygroregulation by honeybee colonies whatever the periode of year and the populational dynamics inside the nest (i.e. the beehive). We developed a protocol allowing spatio-temporal monitoring of the viral load of bees by flow cytometry. After using it on our colonies, we showed that time influences less viral load than geographical location. Finally, a metagenomic analysis on a target gene (16s rRNA) confirmed the importance of the geographical location of beehives, this time on the structuring of bacterial communities living in guts of honeybees belonging to the M evolutive lineage. In addition, this last analysis has shown the importance to take into account the interaction between factors, which can have a bigger effect when taken together. Finally, perspectives are envisaged, such as the realization of a network of interactants allowing to understand the part of each factor on the bacterial but also pathogens’ communities.