Introduction :Les rétrovirus infectieux des vertébrés sont regroupés en 7 genres : les Alpharétrovirus, les Bétarétrovirus, les Gammarétrovirus, les Deltarétrovirus, les Epsilonrétrovirus, les Lentivirus et les Spumavirus. Le Human T-cell Leukemia virus (HTLV), un deltarétrovirus, et l'Human Immunodeficiency Virus (HIV), un lentivirus, infectent l'homme. Des cas sporadiques d'infection par des spumavirus (virus Foamy) ont été décrits chez des personnes vivant en promiscuité avec des animaux infectés. Plusieurs éléments sont en faveur de l'existence de rétrovirus humains encore inconnus :-De nouvelles espèces de HTLV ont été découvertes récemment et de nombreux patients séroindéterminés compatibles avec la présence de nouvelles espèces de type HTLV ont été décrits. De plus la découverte d'un hypothétique nouveau rétrovirus le Xenotropic Murine Related retroVirus (XMRV) a recemment été discuté. De nombreuses pathologies humaines dites idiopathiques ont une symptomatologie très proche de maladies rétrovirales décrites chez les mammifères comme des maladies inflammatoires articulaires chroniques, des maladies inflammatoires des systèmes nerveux central et périphérique, des cytopénies, des syndromes myéloprolifératifs et des pathologies malignes. Une étiologie rétrovirale a, par exemple, été évoquée dans le syndrome de Kawasaki ou les anémies hémolytiques, mais sans avoir pu être formellement démontrée.-Le statut de super prédateur de l'homme rend la transmission inter-espèces possible.Toutes les recherches de nouveaux rétrovirus humains faites par le passé étaient basées sur des séquences communes à tous les rétrovirus, le gène de la polymérase ou la partie transmembranaire de la glycoprotéine d'enveloppe (Env). De ce fait, ces recherches ont été le plus souvent « parasitées » par les séquences endogènes rétrovirales ou des rétrovirus « contaminants ». Nous avons souhaité rechercher la présence de rétrovirus dans ces pathologies pédiatriques. Parallèlement, nous nous sommes intéressés aux (retro)virus pouvant se transmettre de la mère à l'enfant lors de l'allaitement. Méthode :Nous avons utilisé 2 méthodes pour rechercher des rétrovirus.1) PCR : Notre démarche cible paradoxalement la région la plus variable du génome des rétrovirus, Env, au niveau du RBD (pour Receptor-Binding Domain), domaine qui lie le récepteur d'entrée dans la cellule. Pour cela nous utilisons une méthode développée au laboratoire, basée sur des PCR dont les amorces sont constituées de courts motifs conservés, délimitant les domaines variables du RBD. Cette approche a déjà permis au laboratoire de mettre en évidence de nouveaux variants des PTLV (HTLV/STLV). Sur ce principe, nous avons ainsi conçu des amorces PCR pour la détection de RBD de deltarétrovirus bovin (Bovine Leukemia Virus) et infectant les primates (Prima T-Leukemia/Lymphoma Virus) ; de bêta rétrovirus infectant la souris (Mouse Mammary Tumor Virus) et des primates (Mason Pfizer Monkey Virus) et de gammaretrovirus infectant les félins/félidés (Feline Leukemia Virus), l'XMRV et un rétrovirus endogène porcin le PERV.2) mesure de l'activité reverse transcriptase de rétrovirus de type C au sein de liquides biologiques de patients malades. Résultats : Nous avons analysé en terme de patients 35 purpura thrombopénique immunologiques, 3 anémie hémolytique, 6 anémie arégénérative, 5 neutropénie, 1 aplasie médullaire idiopathique, 3 thrombocytose, 59 arthrite juvénile, 1 dermatomyosite, 9 purpura rhumatoïde, 4 syndrome de Kawasaki, 5 syndrome neurologique, 13 fièvre atypique, 3 leucose et 5 pathologies autres. Les recherches de rétrovirus par PCR et mesure d'activité reverse transcriptase se sont avérées négatives.Conclusion :Nous n'avons pas retrouvé de séquences rétrovirales au sein des échantillons analysés par ces deux techniques différentes. Cependant, ces résultats n'excluent pas l'hypothèse d'une étiologie rétrovirale. / The infectious mammalian retrovirus constituting seven species: Alpharetroviruses, betaretroviruses, gammaretroviruses, deltaretrovirus, epsilonretroviruses, lentiviruses and, spumaviruses. Human T-cell Leukemia virus (HTLV), a deltaretrovirus, and Human Immunodeficiency Virus (HIV), a lentivirus, infect human. Sporadic cases of spumavirus (virus Foamy) infection have been described in persons living in promiscuity with infected animals. Recent Studies have shown the presence of an hypothetic gammaretrovirus, xenotropic murine leukemia related virus (XMRV), its existence is actually discussed.There are some facts pointing to the existence of human retrovirus not yet known. -New HTLV species have been recently described and a number of sero-indeterminate patients are compatible with the presence of new HTLV species.-Many idiopathic human diseases have clinical presentation close to retroviral mammalian diseases: chronic inflammatory articular diseases, central nervous system inflammatory diseases, cytopenia, myeloproliferative syndromes and malignant pathologies. For example a retroviral aetiology have been discussed in Kawasaki syndrome and autoimmune haemolytic anemia even though a complete proof haven't been found. The super human predatory status makes the interspecies transmission possible. All the research in new human retrovirus done in the past was based in common sequencies of retroviruses like polymerase gene or the transmenbranair part of glycoprotein envelope gene (Env). Thus most of these researches have been compromise by HERV sequences or retroviral contaminants.We research retroviruses in these diseases. We also have been interested by putative (retr)viral itransmission by breast milk.Methodology1)PDR: We design primer based on the most variable region of retroviruses, the RBD (Receptor-Binding Domain), which is the domain of Env that links the cellular receptor responsible of the cellular entry. For this we used a patented method developed in our laboratory based on PCR whose primers are composed of short conservative sequences delimiting variable areas of RBD.This approach has already allowed discovering new PTLV (HTLV/STLV) variants known. As a result, we have designed PCR primers for RBD for all the known deltaretrovirus, Bovine Leukaemia Virus, (BLV) and also for the detection of gammaretrovirus feline leukaemia virus (FeLV), XMRV and Porcine Endogenous Retrovirus (PERV).2)We measure the reverse transcriptase activity to detect Type C retrovirus in body fluid.Results:We analysed in terms of patients 35 Immunologic thrombopenic purpura, 3 hemolytic anemia, 6 aregenerative anemia, 5 neutropenia, 1 aplastic anemia, 3 thrombocytosis, 59 Idiopathic juvenile arthritis, 1 dermatomyositis, 9 Henoch-Scholein diseases, 4 Kawasaki syndrome, 5 neurological diseases, 13 atypic fevers, 3 leukosis and 5 others diseases. We do not found any virus by both methodologies.We do not find viruses by PCR and reverse transcrptase activity measurment however this fact does not exclude viral etiology, further analysis could be done.

Les virus sont les entités biologiques les plus abondantes et diversifiées sur Terre et leur diversité est encore très peu connue. Récemment, la métagénomique virale a facilité l'exploration de cette diversité. Néanmoins, la plupart des viromes environnementaux générés à ce jour proviennent de régions tempérées et la plupart des viromes humains proviennent d’échantillons de selles, sang ou de prélèvements oro-naso-pharyngés. L'objectif de mon travail de thèse était d’apporter de nouvelles connaissances sur les communautés virales d’environnements et d’échantillons humains les moins étudiés en utilisant une approche de métagénomique virale.La première partie de cette thèse est une revue des principaux outils d'analyse des métagénomes viraux. La deuxième partie présente la première étude de métagénomique virale dans le désert du Sahara. Dans la troisième partie de ma thèse, je présente de viromes associés a l'Homme: i) le premier métagénome viral issu d'un coprolithe humain du Moyen Âge; ii) la première étude de métagénomique virale sur de liquides péricardiques provenant de patients atteints d’une péricardite infectieuse d'origine inconnue; iii) une analyse fonctionnelle de métagénomes viraux précédemment publiés associés aux expectorations de patients atteints de mucoviscidose qui décrit les gènes de résistance aux antibiotiques portés par les bactériophages dans ces patients.Ce travail présente ainsi des données inédites sur certaines communautés virales peu étudiées et confirme le potentiel de la métagénomique virale pour étudier la diversité virale, révéler la présence de virus inattendus ou inconnus et comprendre leur rôle dans leur écosystème d’origine. / Viruses are the most abundant and diverse organisms but little is known about their diversity. Recently, viral metagenomics has allowed performing broad unselective exploration of uncultivated viral communities, bypassing the limits of classical viral detection tools. However, most viral metagenomes are generated from temperate regions (for environmental studies) or from modern stool samples, sera/blood and naso-/oro- pharyngeal samples (for human-associated studies). Therefore, the purpose of my thesis is to study viral communities in the least investigated environments or human samples, using viral metagenomics.The first part of my thesis is a review of the main computational tools for the analysis of viral metagenomes. The second part of my thesis presents the first viromes generated from the Sahara desert. In the third part, I investigate human-associated viral communities: i) the first virome from a human coprolite; ii) the first viromes generated from human pericardial fluids, in idiopathic pericarditis cases; ii) a functional-level investigation of previously described viral metagenomes from cystic fibrosis patient sputa that focuses on antimicrobial resistance genes carried by bacteriophages to better understand the emergence of multidrug-resistance bacteria in the airways of cystic fibrosis patients.This thesis work provides original data on unexplored viral communities and shows the potential of viral metagenomics to give insights on viral diversity, reveal the presence of expected and unexpected viruses and decipher their role in the ecosystem.