由於網際網路全球化、數位化等特性使得智慧財產權的侵害問題日益嚴重，電子商務經營業者莫不尋求更有效的保護方式，而專利權便是最具排他性的一種保護方式。就在眾多網際網路商業模式如雨後春筍般出現之際，許多電子商務經營業者已經取得為數不少的網際網路相關專利，所謂的網際網路相關專利，在多數文獻上其意思為：「網際網路業務方法專利」（詳見第二章文獻探討—網際網路相關專利之定義），而網際網路相關專利與網際網路商業模式（定義詳見第二章文獻探討—網際網路商業模式之定義）之間是否存在某種關係呢？ 本研究透過對美國專利商標局所核發之網際網路相關專利進行個案分析，以瞭解兩者之關係，所得到的結論從政策面來說，美國政府在核發網際網路相關專利時，應當嚴格認定「該技術是否非顯而易見」。 從投資的角度來說，投資者已無法單從專利數量來評估一個網站/一家公司的投資潛力，「專利的市場價值重於數量，專利與網際網路商業模式的搭配更為重要」；而專利的市場價值可以由專利的需求面、專利的供給面與專利的動態市場價值來衡量；專利與網際網路商業模式的搭配是指「某一網際網路商業模式的專利組合（patent portfolio）」，由於不同的網際網路商業模式會使用到不同的專利技術（除了使用到相同的專利技術之外）而該專利是否為該網際網路商業模式不可獲缺的關鍵性技術，便決定了該專利在此網際網路商業模式的價值。（詳見第五章結論與建議）；電子商務經營業者如何結合專利、品牌（商標權）、著作權以及營業秘密形成一難以攻破的套裝式智財權保護組合，是排除競爭者以及說服投資者該網際網路商業模式獲利潛力的重要課題。 從電子商務經營管理的角度來說，由個案分析可以瞭解部分公司之專利組合（Patent portfolio）與網際網路商業模式的關係是：網際網路相關專利與公司的Path dependency（見結論）以及發展次網際網路商業模式的策略性意圖有關。 另外由專利類型來說，專利在電子商務經營業者之網際網路商業模式所扮演的角色--關鍵性專利是主要的攻擊武器，基礎性專利則是主要的防禦性盾牌（關鍵性專利與基礎性專利的定義見第四章第四節--個案分析之第三小節之專利類型）。 由本研究的探討可以瞭解專利在網際網路商業模式中與品牌（商標權）、著作權、營業秘密都是一種保護創新、R＆D投入、市場佔有率以及吸引投資與創造授權機會之工具，唯有可以獲利的網際網路商業模式搭配可以保護其創新之智慧財產權組合才會有永續經營的電子商務經營業者。