Zvýšená konzumace fermentovaných mléčných výrobků v posledních letech vede k zavádění nových výrobků na trh. Funkční a probiotické produkty jsou v dnešní době také hojně rozšířeny. Cílem diplomové práce bylo posoudit mikrobiální kvalitu komerčních jogurtů a nefarmakologických probiotických výrobků. Bylo zkoumáno 24 vzorků jogurtů a 8 vzorků probiotických mléčných výrobků. Pozornornost byla zaměřena zvláště na kvantifikaci mikroorganismů v jednotlivých výrobcích a na sledování viability buněk. Většina mléčných produktů obsahovala počty odpovídající minimální požadované hodnotě 1x107cfu/ml. Nicméně byly objeveny produkty, které neobsahovaly živé bakterie nebo obsahovaly jen jejich menší množství. To platí zejména pro běžné jogurty. Probiotické mléčné výrobky v zásadě obsahovaly větší množství bakterií než jogurty, protože je u nich navíc požadováno 1x106cfu/ml minimálního množství specifických bakterií jiných než jogurtových startovacích kultur. Isoláty z fermentovaných mléčných výrobků byly identifikovány jako Streptococcus thermophilus and Lactobacillus spp. Isoláty byly poté rozlišeny na jednotlivé kmeny pomocí RAPD použitím tří různých primerů. Byla zjištěna velká různorodost mezi kmeny rodu Lactobacillus spp. používaných různými podniky.