Th.--Méd.--Paris, 1906-1907. / Paris, 1906-1907 N ° 358.

Th.--Méd.--Nancy 1, 1984. N°: 168.

Notre objectif dans cette thèse était d'étudier l'impact éventuel d'un kyste arachnoïdien temporo-sylvien sur la cognition, le comportement et les apprentissages ainsi que l'effet de la chirurgie du kyste sur ces composantes. Une première étude auprès d'une cohorte de 100 enfants âgés de 3 à 16 ans ayant un kyste temporo-sylvien a montré des répercussions possibles du kyste chez certains enfants, avec un niveau intellectuel en général normal mais des troubles cognitifs modérés à importants pour un tiers des cas et importants pour un enfant sur cinq, prédominant au niveau du langage oral (capacités d'évocation), de la mémoire épisodique, de la mémoire de travail, de l'attention sélective visuelle, des fonctions exécutives et de la vitesse de traitement. La moitié des enfants a des difficultés d'apprentissage modérées principalement au niveau du langage oral et écrit et un quart des enfants a des troubles scolaires nécessitant des adaptation scolaires officielles ; un enfant sur quatre a des troubles du comportement et de l'humeur et un enfant sur deux avait déjà bénéficié de prises en charge avant le bilan, majoritairement de l'orthophonie et un suivi psychologique. Les enfants avec un kyste droit ont plus de troubles cognitifs et comportementaux que les enfants avec un kyste gauche avec significativement plus de prises en charge. En grandissant les enfants montrent significativement plus de difficultés d'apprentissage et plus de troubles neuropsychologiques, en particulier les enfants avec un kyste droit. L'étude post-opératoire auprès de 34 enfants montre un effet positif de l'opération pour les trois-quarts des enfants opérés avec une amélioration significative notamment au niveau intellectuel, en mémoire épisodique, en langage et au niveau comportemental, avec un effet significatif chez les plus jeunes enfants mais aussi chez les plus âgés. Les enfants avec un kyste gauche s'améliorent plus que ceux avec un kyste droit. Des troubles neuropsychologiques peuvent donc être observés en cas de kyste temporo-sylvien, ceux-ci restent modérés dans la majeure partie des cas mais peuvent durablement impacter la scolarité et le quotidien de certains enfants. Il parait ainsi important de dépister les enfants à risque afin de mettre en place rapidement des mesures préventives de prises en charge si besoin et de proposer éventuellement une opération du kyste en cas de troubles importants et durables, même chez des sujets âgés. / Our objective in this thesis was to study the possible impact of an intracranial middle fossa cyst on cognition, behavior and learning and also the effect of surgery of the cyst. The first study found in a cohort of 100 children possible cyst effects in some children, with usually a normal intellectual level but moderate to important cognitive disorders for one-third of cases and important disorders for one child out of five, which are mostly language, memory, working memory, visual attention, executive functions and processing speed disorders. Half of the children have moderate learning difficulties, mostly in oral and written language and a quarter of children need school adaptations and have mood and behavioral disorders and before assessment half of them had already therapies, mostly speech therapy and psychological follow-up. Children with a right cyst have more cognitive and behavioral disorders than children with a left cyst and significantly more therapies. By growing children show significantly more learning disabilities and more neuropsychological disorders, especially children with a right cyst. The postoperative study in a cohort of 34 children showed a positive effect of surgery for the three-quarters of the children with a significant neuropsychological improvement in young but also elderly subjects. Children with a left cyst improved more than children with a right cyst. When a middle fossa cyst occurs then neuropsychological disorders may be present that are moderate in the majority of cases but that can permanently affect the schooling and the daily life of some children. It is therefore important to detect children at risk in order to rapidly introduce preventive measures of care if necessary and to propose a cyst operation if there are significant and lasting disorders, even in elderly subjects.

L'analyse pollinique des sédiments de surface de la Baie de la Paz dans le Golfe de Californie et du Golfe de Tehuantepec montre que les assemblages sont dominés par les taxons herbacés (Chenopodiaceae et Asteraceae) dans la Baie de la Paz et par les Pinaceae dans le Golfe de Tehuantepec. Les enregistrements sporo-polliniques reflètent des apports d'une végétation boréale, luxuriante dans le Golfe de Tehuantepec et d'une végétation plus sèche au sud de la baie de Californie. Les proportions de tests carbonatés de foraminifères et de réseaux organiques de foraminifères benthiques montrent que les sédiments de la Baie de la Paz ainsi que ceux de la partie Nord du Golfe de Tehuantepec sont fortement affectés par la dissolution du carbonate de calcium contrairement à ceux de la partie sud du Golfe de Tehuantepec où le CaC03 biogénique dans le sédiment est relativement bien préservé. L'étude des kystes de dinoflagellés a été réalisée afin de déterminer des relations entre les assemblages de dinokystes et les paramètres hydrographiques des eaux de surface. Les résultats illustrent des concentrations de 12700 kystes/cm3 dans la Baie de la Paz à moins de 2000 kystes/cm) dans le Golfe de Tehuantepec et une diversité des espèces élevée (36 taxons). Les assemblages incluent des espèces autotrophes et hétérotrophes. L'espèce autotrophe Polysphaeridium zoharyi accompagnée de taxons hétérotrophes tels Brigantedinium spp., Echinidinium aculeatum, Echinidinium granulatum domine la partie Nord du Golfe de Tehuantepec, qui est caractérisé par un upwelling hivernal. Inversement, les échantillons de la partie sud du Golfe de Tehuantepec sont dominés par des taxons autotrophes tels Spiniferites delicatus et Bitectatodinium spongium. Les sites de la Baie de la Paz caractérisés par une forte productivité primaire (360 gC/m2/an) sont dominés par des taxons hétérotrophes représentés principalement par Brigantedinium spp., Echinidinium aculeatum, Echinidinium granulatum et Polykrikos kofoidi. Les résultats de l'analyse multivariée montrent que la distribution des dinokystes dans le Golfe de Californie et dans le Golfe de Tehuantepec est contrôlée essentiellement par la température de février et la productivité primaire annuelle. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Golfe de Californie, Golfe de Tehuantepec, pollen, dinokystes, température de février, Productivité primaire.

La productivité primaire océanique joue un rôle important dans les processus d'échange du carbone entre l'océan et l'atmosphère. Elle constitue une contribution majeure à la séquestration du CO₂ atmosphérique, l'un des principaux gaz à effet de serre. La reconstitution de la paléoproductivité à partir de séquences sédimentaires marines peut donc fournir des réponses à de nombreuses questions concernant les mécanismes impliqués dans les changements climatiques. Elle peut être extrêmement utile dans le domaine de la modélisation biogéochimique puisqu'elle permet de comprendre les mécanismes contrôlant la production, l'exportation et l'enfouissement du carbone à long terme. Cependant, l'estimation quantitative de la paléoproductivité à partir de séquences sédimentaires marines constitue un défi qui ne pourra être relevé que par le développement de traceurs qui ne sont pas affectés par les différents processus de dégradation et de dissolution dans la colonne d'eau et dans le sédiment. L'objectif principal de cette thèse est de développer un traceur micropaléontologique pour des reconstitutions quantitatives de la paléoproductivité. Il s'agit des kystes de dinoflagellés (ou dinokystes) qui, grâce à leur extrême résistance à la dissolution et leur abondance dans le sédiment, constituent un outil extrêmement important dans le domaine de la paléocéanographie à l'échelle du quaternaire. Nous avons exploré, dans le cadre de ce travail, le potentiel des kystes de dinoflagellés préservés dans les sédiments comme traceurs quantitatifs des paramètres hydrographiques et de la paléoproductivité marine. Nous avons choisi d'étudier leur distribution dans les sédiments de surface de l'hémisphère nord en relation avec les conditions hydrographiques et trophiques du milieu. Le but est d'évaluer la contribution des conditions trophiques au contrôle de la distribution des assemblages des dinokystes dans le sédiment. Notre étude a été réalisée selon trois volets. Le premier volet a consisté en l'analyse d'échantillons de sédiments de surface prélevés dans le Golfe d'Alaska et le long des marges nord-est américaines, qui se caractérisent par un gradient de productivité associé aux upwellings. Ce volet visait à comprendre la distribution des dinokystes le long d'un gradient de productivité et d'upwelling dans un contexte océanique et néritique. Le deuxième volet consistait en l'analyse d'échantillons de sédiments de surface répartis dans les milieux estuariens et côtiers de la Colombie-Britannique. Il visait à illustrer la distribution des assemblages dans un milieu très productif, influencés à la fois par des apports en éléments nutritifs d'origine naturelles (upwelling) et anthropique. Enfin, le troisième volet est une compilation de données palynologique, hydrographiques et de productivité primaire de 1171 sites dans l'hémisphère nord pour développer une base de données de référence hémisphérique à des fins de reconstitutions de la productivité par la méthode des meilleurs analogues modernes. Dans le Pacifique du Nord-est, l'étude palynologique de 76 échantillons de sédiments de surface provenant des milieux néritiques et océanique a permis de montrer que les taxons liés à une productivité hétérotrophe dominent les assemblages des zones côtières influencées par l'upwelling alors que les sites associés au zones oligotrophes océaniques sont dominés par les taxons autotrophes. Les analyses multivariées démontrent que, dans ce secteur, la distribution des assemblages de dinokystes est liée essentiellement à la productivité primaire et à l'intensité de l'upwelling. Elles démontrent également l'existence de liens avec la température hivernale qui, à une échelle régionale n'est pas affectée par l'upwelling contrairement à la température estivale qui est uniformisée sous l'effet de l'upwelling saisonnier. Dans les milieux estuariens de la Colombie-Britannique, incluant le détroit de Géorgie (GS) et les inlets d'Effingham (EFF), de Seymour et de Belize (SB), l'analyse de 60 échantillons de sédiment de surface montre que les taxons autotrophes dominent les assemblages dans les zones de productivité primaire relativement élevée (EFF et SB) alors que les protopéridiniales et les gymnodiniales, associés à une productivité hétérotrophe dominent les assemblages du détroit de Géorgie où la productivité est moindre. Les analyses multivariées montrent que la distribution des assemblages est significativement liée à la productivité primaire, la température de l'eau de surface et la concentration de silice pendant le printemps. Dans le détroit de Géorgie, les analyses de redondance montrent que la distance par rapport à la côte, la distance par rapport au port de Vancouver, la salinité de l'eau de surface, la concentration en phosphate et la productivité durant le printemps constituent les paramètres les plus déterminants. Par ailleurs, dans le panache du fleuve Fraser, les zones près du port de Vancouver, caractérisées par des apports continentaux élevés, une productivité printanière élevée et une stratification accrue sont marquées par l'abondance de Pentapharsodinium dalei alors que tous les protopéridiniales et les gymnodiniales dominent les assemblages des zones distales associées à une masse d'eau constituée par un mélange des eaux douces provenant du fleuve Fraser et des eaux salées issues de l'upwelling. Dans ce contexte, il est probable que la stratification des masses d'eau joue un rôle important, qu'il est toutefois difficile de quantifier. Des tests de validation utilisant la méthode des analogues modernes démontrent que les assemblages de dinokystes peuvent être utilisés pour reconstituer d'une manière quantitative la productivité primaire, la température et la salinité de surface à une échelle régionale. À l'échelle de l'hémisphère nord, une base de données de référence de sédiments modernes a été utilisée pour explorer le potentiel des assemblages de dinokystes comme traceurs de productivité primaire. La base de données inclut 1171 sites provenant de l'Atlantique Nord (n = 483), de l'Océan Arctique (n = 401) et du Pacifique Nord (n = 287). Pour établir des liens entre les assemblages de dinokystes et la productivité, nous avons utilisé deux jeux de données de productivité moderne issues de deux programmes d'observation de la couleur de la chlorophylle par satellite. L'une représentant une moyenne des mesures effectuées entre 1978 et 1989 (CZCS) et l'autre, une moyenne de données correspondant à la période de 2002 à 2005 (MODIS). Des analyses canoniques de correspondance ont été effectuées avec 62 taxons et huit paramètres environnementaux (température saisonnière et salinité saisonnière de l'eau de surface, couvert de glace de mer et productivité primaire saisonnière et annuelle). Les résultats montrent une relation étroite entre les assemblages et la productivité primaire notamment dans l'Atlantique Nord, dans le Pacifique Nord et à l'échelle hémisphérique. Toutefois, cette relation n'est pas la même dans tous les bassins de l'hémisphère nord. Des tests de validation (régressions linéaires entre les valeurs observées et estimées), en utilisant la méthode des meilleurs analogues, montrent des coefficients de corrélation généralement > 0,9 et des précisions de reconstitution de ± 1 l-25 %, selon la base de données de productivité utilisée. De telles précisions montrent que la productivité peut être reconstituée avec une erreur inférieure à la différence entre les données de productivité instrumentales de MODIS et de CZCS. L'ensemble des résultats de notre étude met en évidence l'intérêt des kystes de dinoflagellés pour reconstituer quantitativement la productivité primaire à l'échelle du quaternaire. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Kystes de dinoflagellés, Paléoproductivité, Reconstitution quantitative, Pacifique du Nord-est, Hémisphère Nord.

Les problèmes phytosanitaires causés par les nématodes ont un impact mondial énorme au niveau économique, car ils s'attaquent aussi bien aux grandes cultures qu'aux cultures maraîchères, florales ou fruitières. Spécialiste de la culture de la pomme de terre, le nématode doré (Globodera rostochiensis) est un phytoparasite de quarantaine reconnu internationalement. Originaire d'Amérique du Sud et probablement introduit en Europe dans les années 1850, plusieurs hypothèses stipulent qu'il aurait été propagé par la suite à travers le monde à partir de ce deuxième centre d'exportation. Il a été découvert récemment au Québec en 2006 dans la région de St-Amable et dans quatre zones satellites. Ces sites infestés sont maintenant régis par de strictes réglementations de quarantaine afin d'éviter d'éventuelles introductions. Vu leur récente découverte au Québec, les nouvelles populations du nématode doré n'ont été le sujet que de très peu d'études génétiques. En conséquence, un manque de connaissances subsiste sur la structure et la diversité génétique de ces populations. Les marqueurs microsatellites ont déjà servi à déterminer la diversité et les liens génétiques entre diverses populations chez une autre espèce de nématode très proche génétiquement, le nématode à kyste pâle. Mes travaux de recherche visaient donc principalement à développer de nouveaux marqueurs microsatellites chez le nématode doré afin de génotyper diverses populations mondiales et de caractériser des liens génétiques entre elles. Douze nouveaux marqueurs microsatellites ont donc été développés afin de répondre à ces objectifs. Ils ont été employés pour le génotypage de quinze populations d'origines diverses, dont deux en provenance du Québec. À l'intérieur des populations, la plus grande diversité génétique a logiquement été observée chez les populations boliviennes, la région d'origine du nématode doré. Les deux populations québécoises se sont avérées très similaires entre elles, mais, de façon très surprenante, étaient sensiblement différentes à trois autres populations nord-américaines, celles de New York et de Colombie-Britannique. Elles se sont en fait révélées génétiquement plus proches de la population de Terre-Neuve et des populations européennes, et plus particulièrement d'une population écossaise. Selon les résultats, un minimum de deux introductions de nématode doré d'origines différentes aurait eu lieu en Amérique du Nord. Les nématodes à kyste de la pomme de terre éclosent suite à des stimulus contenus dans 1'exsudat racinaire de la plante hôte. Le deuxième objectif de mon étude était de standardiser la récolte et la conservation d'exsudat racinaire de pomme de terre pour des tests d'éclosion en laboratoire. Une dégradation de la qualité de l'exsudat racinaire a été détectée suite à sa conservation. Puisque celle-ci a été discernée à partir d'un mois chez l'un des deux réplicats, il est conseillé d'utiliser un exsudat récolté frais pour des tests d'éclosion en laboratoire. L'évaluation et la compréhension des liens génétiques unissant les populations mondiales du nématode doré permettent de mieux comprendre sa dispersion et d'éviter, dans le futur, de nouvelles introductions. Également, ces connaissances peuvent être appliquées dans les modes de contrôle de cette espèce en choisissant des méthodes de lutte adaptées aux populations. L'étude de la récolte et de la conservation d'exsudat racinaire permettra également dans de futures études d'obtenir des résultats plus fiables en ayant un exsudat standardisé.

Titre de l'écran-titre (visionné le 11 septembre 2023) / Le nématode à kyste du soja (NKS - Heterodera glycines) est l'agent pathogène le plus important sur le plan économique affectant les cultures de soja (Glycine max (L.) Merr) et entraîne des réductions significatives du rendement à l'échelle mondiale. Actuellement, la principale méthode de gestion de ce parasite racinaire consiste à utiliser la résistance naturelle de l'hôte. Deux sources de résistance génétique sont couramment employées pour atténuer ces pertes : les introductions de plantes de soja (PI) 548402 (Peking) et PI 88788. Cependant, en Amérique du Nord, plus de 95 % des variétés de soja résistantes tirent leur résistance de PI 88788. Bien que toujours efficace, un usage prolongé et soutenu de ces sources génétiques a conduit à l'émergence de virulence au sein de populations de NKS, avec certaines sous-populations désormais en mesure de surmonter la résistance de l'hôte. Le soya étant appelé à devenir l'une des cultures les plus importantes sur le plan économique au Québec et au Canada, comprendre comment le NKS surmonte la résistance est crucial. Pour mieux définir la base génétique de la virulence, une analyse transcriptomique comparative a été menée à l'échelle de l'individu permettant d'établir le profil d'expression de nématode unique. Le séquençage de multiples femelles, phénotypiquement sélectionnées sur la base de leur virulence, a permis d'établir un répertoire de gènes exprimés 16 jours après l'infection sur les lignées de soya résistantes Peking et PI 88788 et la lignée sensible Essex. En contrastant ces profils d'expression, nous avons constaté des variations dans les gènes effecteurs des nématodes se développant sur ces trois lignées, suggérant des stratégies distinctes pour contourner les différents types de résistance. Une analyse plus approfondie des gènes exprimés dans les nématodes virulents se développant sur Peking a révélé un large éventail de polymorphismes de séquence et d'utilisation différentielle des exons qui n'ont pas été observés dans les autres groupes de nématodes testés. S'appuyant sur la découverte d'épissage alternatif probable au niveau de gènes effecteurs, un transcriptome de novo a été généré à l'aide de longues lectures de séquences obtenues à partir de nématodes uniques. Cette analyse visait à évaluer la présence et l'étendue de l'épissage alternatif dans les gènes effecteurs et globalement à travers l'ensemble du transcriptome. En comparant le profil d'expression des transcrits identifiés dans cette analyse, entre des femelles virulentes contre PI 88788 et des femelles avirulentes, deux nouveaux effecteurs candidats prometteurs (Hg-CPZ-1 et Hg16414.1) ont été identifiés, ainsi que six effecteurs supplémentaires, tous surexprimés chez les femelles virulentes. Finalement, les microARN (miARN) du NKS, potentiellement impliqués dans la régulation post-transcriptionnelle des gènes effecteurs, ont été caractérisés à l'aide de sRNA-Seq. L'analyse des petits ARN isolés de nématodes entiers et d'exosomes, a permis d'identifier un grand jeu de miARN conservés et inédits, spécifiques au NKS ou aux Heterodera. Également, l'usage de deux prédicteurs de cibles, un spécifique aux animaux et l'autre spécifique aux plantes, a prédit un sous-ensemble de miARN capable d'interagir simultanément avec des gènes effecteurs et des gènes putativement liés à la résistance chez le soja, suggérant une nature complexe du parasitisme du NKS. En résumé, les résultats de ces études ont permis non seulement d'améliorer notre compréhension des mécanismes sous-jacents à l'évolution et à la régulation des gènes effecteurs, mais ont également identifié des cibles potentielles pour améliorer la résistance contre le NKS et détecter plus efficacement la présence de ce parasite destructeur. / The soybean cyst nematode (SCN - Heterodera glycines) is the most economically important pathogen affecting soybean crops, causing significant reductions in yield on a global scale. Currently, the primary method for the management of this destructive root parasite is by utilizing natural host resistance. There are two main sources of genetic resistance commonly used in commercial practices to mitigate these losses: soybean plant introductions (PI) 548402 (Peking) and PI 88788. However, in North America, over 95% of resistant soybeans derive their resistance from PI 88788 genetics. Although still effective to a large extent, prolonged exposure to these limited genetic sources has led to the emergence of virulence within the SCN population, with subpopulations of nematodes now capable of overcoming host resistance. Given that soybean is expected to become one of the most economically significant grain crops in Quebec and Canada, it is crucial to understand how these nematodes overcome resistance. To gain insights into the genetic basis of virulence, a comparative transcriptomic analysis was conducted on individual nematodes isolated from multiple SCN populations with varying degrees of virulence against both main sources of resistance. By comparing the gene expression profiles of females categorized by their virulence phenotypes, we observed a significantly different transcriptomic response in females developing on Peking compared to those developing on PI 88788 or the susceptible control Essex. Indeed, overexpression and repression was observed in multiple effector genes of females developing on Peking. Further sequence analysis of expressed genes in Peking virulent nematodes also revealed a wide array of sequence polymorphisms and differential exon usage not shared by PI 88788 virulent or avirulent nematodes. Building upon the findings of potential alternative splicing in effector genes, a de-novo genome-guided transcriptome was generated in chapter two using long reads sequencing generated from single nematodes. This analysis aimed to assess the presence and extent of alternative splicing within effector genes and, more broadly, the SCN transcriptome. By comparing the expression profiles of these transcripts in PI 88788 virulent and avirulent females from different populations, simultaneously selected on both cultivars, two promising novel effector gene candidates (Hg-CPZ-1 and Hg16414.1) were identified, along with six other overexpressed effector candidates common to all virulent females from PI 88788. Although the two first chapters identified multiple candidate effectors associated with Peking and PI 88788 virulence, the regulatory mechanisms controlling these effectors remained unknown. Consequently, the third chapter explored the SCN microRNAs (miRNA) characterizing candidates potentially involved in the post-transcriptional regulation of effector genes. A comprehensive analysis of whole-nematodes and exosome-derived miRNAs revealed a diverse set of species- and lineage-specific candidates characterized for the first time in the SCN. By utilizing animal-specific and plant-specific miRNA target predictors, a subset of these miRNAs were also predicted to interact with nematode effectors and soybean resistance-related genes emphasizing the complex nature of SCN parasitism through the potential ability of nematodes to not only regulate its effectors genes but also its host genes. In summary, the findings from these chapters have not only enhanced our understanding of the mechanisms underlying the evolution and regulation of effector genes but also provide potential targets for improving resistance against SCN and detecting the presence of this destructive root parasite more effectively.

L’étude des modifications phénotypiques et génomiques associées à l’adaptation des pathogènes aux résistances est une étape fondamentale pour mieux comprendre et anticiper le phénomène de contournement des résistances. Le nématode à kyste Globodera pallida est un important pathogène de la pomme de terre, vis-à-vis duquel un QTL majeur de résistance, GpaVvrn, a été identifié chez Solanum vernei. Cependant, la capacité des populations de G. pallida à s’adapter à cette résistance en quelques générations seulement a été mise en évidence par évolution expérimentale. Dans ce contexte, ce travail de thèse avait pour objectifs (1) d’étudier les traits d’histoire de vie du nématode impactés par l’adaptation, afin de tester l’existence éventuelle d’un coût de virulence, et (2) d’identifier les régions génomiques impliquées dans l’adaptation, par une approche originale combinant évolution expérimentale et scans génomiques sur des lignées virulentes et avirulentes. Contre toute attente, nous avons montré que l’adaptation à la résistance issue de S. vernei entraînait une augmentation de la fitness des individus virulents sur hôte sensible. Nous avons également pu identifier des régions génomiques candidates à l’adaptation à la résistance de la plante hôte, contenant des gènes codant pour des effecteurs, et notamment des SPRYSECs, connus chez les nématodes à kyste pour être impliqués dans la suppression des défenses des plantes mais aussi dans la virulence du nématode. À terme, ces résultats s’avéreront utiles pour la conception de stratégies durables de déploiement de variétés de pommes de terre résistantes. / Studying phenotypic and genomic modifications associated with pathogen adaptation to resistance is a crucial step to better understand and anticipate resistance breakdown. The cyst nematode Globodera pallida is an important pest of potato crops, for which a major resistance QTL, GpaVvrn, has been identified in Solanum vernei. However, the capability of G. pallida populations to adapt to this resistance in only few generations has been highlighted through experimental evolution. In this context, the purposes of this work were (1) to study the nematode life-history traits impacted by adaptation, in order to test for potential existence of a virulence cost, and (2) to identify genomic regions involved in adaptation, through an original approach combining experimental evolution and genome scans on virulent and avirulent lineages. Unexpectedly, we highlighted that adaptation to resistance from S. vernei leads to an increase of virulent individual’s fitness on susceptible host. We were also able to pinpoint candidate genomic regions to adaptation to host plant resistance, containing genes encoding effectors, and especially SPRYSECs, known in cyst nematodes to be involved in suppression of host defense but also in nematode virulence. These results will ultimately be useful in order to conceive sustainable strategies of use of potato resistant cultivars

Résumé confidentiel / Résumé confidentiel

Les nématodes à kystes sont l'un des bioagresseurs causant le plus de dégâts sur les cultures de pommes de terre. La résistance trouvée chez l'accession spl88S.329.18, issue de l'espèce Solanum sparsipilum est caractérisée par un déterminisme oligogénique avec un QTL à localisé sur le chromosome V (GpaVspl) et un QTL mineur localisé sur le chromosome XI(GpaXIspl). Pour obtenir une résistance de haut niveau, l'effet du QTL GpaVspl, doit êtrecomplémenté par celui du QTL à effet faible GpaXIspl. Par génomique comparative, le locusGpaV a été localisé dans un intervalle compris entre 16 et 60 kb sur les génomes de la tomateet des espèces apparentées à la pomme de terre, Solanum demissum et Solanum phureja. Deuxgènes ont été annotés dans cet intervalle sur les génomes de la tomate et de S. demissum : lepremier appartient à la famille des TIR-NBS-LRR (TNL), famille de gènes de résistanceclassiques, et le second appartient à la famille des " mitochondrial, transcription terminationfactor " (mTERF), dont l'implication dans des mécanismes de résistance n'a jamais étédémontrée.Les objectifs de ma thèse étaient d'identifier le(s) gène(s) responsable(s) de la résistance àG. pallida, conférée par le locus GpaVspl, et d'étudier sa régulation. Suite à la publication de laséquence du génome de S. phureja, en 2011, nous avons mis en évidence que le locus GpaVétait dupliqué chez S. phureja et que cette duplication était également présente chezS. sparsipilum. Les quatre gènes annotés au locus GpaVspl ont été nommésSpl_mTERF18430, Spl_TNL18429, Spl_mTERF18453 et Spl_TNL18428.L'effet des deux gènes Spl_mTERF18430 et Spl_TNL18428 sur la résistance à G. pallida aété analysé via des expériences de transformation génétique suivies par des tests de résistancesur les plantes transformées. Un effet partiel du gène Spl_TNL18428 sur la résistance àG. pallida a été mis en évidence par complémentation de plantes sensibles. Aucun effetsignificatif n'a été détecté pour le gène Spl_mTERF18430. Des expériences d'extinctiongénique suggèrent que le deuxième gène TIR-NBS-LRR, Spl_TNL18429, qui est égalementexprimé dans les racines et qui présente un fort pourcentage d'identité de séquence avec legène Spl_TNL18428, pourrait également être impliqué dans la résistance à G. pallida.L'expression du gène rapporteur GFP, placé sous le contrôle du promoteur du gèneSpl_TNL18428, est fortement induite dans les cellules situées autour du syncytium. Cecirenforce l'hypothèse d'une implication du gène Spl_TNL18428 dans la résistance à G. pallida,car la localisation de l'expression de la GFP est similaire à celle de la nécrose, qui estcaractéristique de la réaction développée par les plantes résistantes autour du syncytium induitpar les nématodes.En tenant compte des données bibliographiques récentes, montrant que plusieurs gènes NBSLRRpeuvent être indispensables à l'expression d'une résistance, nos résultats suggèrent queles deux gènes Spl_TNL18428 et Spl_TNL18429 sont nécessaires à l'expression de larésistance à G. pallida