Greening disease in South Africa is associated with a phloem-limited member of the Alphaproteobacteria known as ‘Candidatus Liberibacter africanus’ (Laf). Spread of this bacterium is assisted by the flight and feeding activities of its triozid vector, Trioza erytreae. In addition to Laf, ‘Candidatus Liberibacter africanus subsp. capensis’ (LafC) has been described from this country. LafC is widely associated with Calodendrum capense, an indigenous Rutaceous species. This dissertation aims to determine (i) whether reservoir hosts exist for Laf amongst indigenous rutaceous species that also act as native hosts to T. erytreae and (ii) whether LafC can be transmitted vertically through Ca. capense seeds. To achieve the first aim, a total of 234 Clausena anisata, 289 Vepris lanceolata and 231 Zanthoxylum capense specimens were assessed for the presence of Liberibacter by making use of a Liberibacter generic real-time PCR assay. Positive samples were further characterized by using a multi-gene phylgenetic approach based on the nucleotide sequences for the 16S, rplJ and omp genes, which respectively encode the 16S ribosomal RNA (rRNA) subunit, 50S ribosomal subunit protein L10 and the outer membrane protein. The tree host species from which Liberibacter sequences were obtained were DNA barcoded using standard procedures. Of the trees tested, 33 Cl. anisata, 17 V. lanceolata, 9 Z. capense and 1 Zanthoxylum davyi, tested positive for Liberibacter. Phylogenetic analysis of the rplJ and omp gene regions, revealed unique Liberibacter clusters associated with each tree species. Phylogenetic analysis of 16S data indicated that the strains detected in V. lanceolata and Cl. anisata were grouped with LafC, while those from Zanthoxylum species grouped separately. The presence of these bacteria in indigenous Rutaceous species should be further investigated to determine whether they are capable of being transmitted to and causing disease on commercial citrus species. To address the second aim of the study, seeds of Ca. capense were collected from two mother trees with known LafC infection. Following total DNA extraction from the midribs of leafs grown from these seeds, a LafC directed real-time PCR system was used to detect the bacterium. However, none of the samples had Ct values <35, the positive/negative threshold. From this study, no indication of seed-transmission was obtained within the limited number of samples which could be tested. The lack of vertical transmission of both Laf and LafC is seeminly a characteristic shared amongst African Liberibacter species. / Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2013. / gm2014 / Microbiology and Plant Pathology / unrestricted

Postoperativa sårinfektioner är den tredje mest frekventa anmälda vårdrelaterade infektionen i Sverigeenligt Socialstyrelsen (2006). Operationsrummet är det mest kritiska området för infektionskontroll.Enighet tycks råda kring den bakteriella orsaken för postoperativa sårinfektioner, nämligenStaphylocous aureus samt att den förekommer i den normala hudfloran hos oss människor, är individberoende samt luftburen. Att en betydande del bakteriebärande partiklar kontaminerar såret underoperation har även visats samt att de härstammar från den omgivande luften. En relation mellan haltenluftburna bakterier och infektionsfrekvens har gjorts för ledplastikoperationer av höft- och knäleder.Dock är relationen mellan sårkontaminering och infektionsfrekvensen inte helt fastställd för övrigkirurgi och frågasätts även för ledplastikoperationer. För att minska infektionsfrekvensen idag användsdock en kombination av antibiotikaprofylax, ventilationssystem och kläder. Trots svårigheten i attbedöma halten S.aureus utifrån mängden bakteriebärande partiklar är det trots allt den ända metodenatt mäta ventilationssystemets effektivitet på. Det blir än mer viktigt med att uppnå låga halter av dessai luften i och med ökandet av multiresistenta bakterier.Stor oenighet råder bland dagens experter kring vilken systemvalslösning som är bäst lämpad givetolika förutsättningar och krav på renlighet. Debatten har varit stor främst då det under senaste tidenimplementerats olika ventilationsprinciper inom sjukvården i landet. Debatten grundar sig i om ettlaminärt system med hastighet under 0,4 m/s beter sig omblandande eller faktiskt laminärt samt omkläder har samma effekt beroende på luftföringsprincip. Det efterfrågas även en större ömsesidigförståelse mellan ingenjörer och kirurger för att medvetengöra personalens inverkan på spridning avbakteriebärande partiklar under pågående operation.Mot bakgrund av detta har målet med denna studie varit att sätta ihop en kritiskkunskapssammanställning kring frågor rörande renhet, arbetsmiljö och inomhusklimat ioperationssalar baserat på fallstudier och litteraturstudie inom ämnena. Samt att utifrån dettaidentifiera risker med utföranden, utmaningar, kunskaps- och samverkansbehov i frågorna. Störredelar av studien görs med utgångspunkt från fallstudier utförda genom kvalitativa intervjuer därerfarenheter och information om ämnet samlas in i syfte att kartlägga och exponera sammansattaproblem, utmaningar samt skillnader i utförande och systemlösningar. Författaren ämnar inte utföraegna mätningar eller simuleringar utan studien vilar på tidigare forskning i områden kringspridningsmekanismerna och källor till infektionsspridande partiklar, termisk komfort och luftkvaliteti operationssalsmiljö samt empirin från fallstudier och kvalitativa intervjuer.Redskapen som använts har varit en litteraturstudie i kombination med kvalitativa fallstudier därintervjuer har skett med tolv respondenter från olika yrkesgrupper som alla till olika grad varitdelaktiga vid beslut/design/utförande av operationssalarna och systemlösningarna. Intervjuerna harvarit halvstrukturerade och analyserats utifrån ett pragmatiskt synsätt. Studien i sin helhet har utförtsmed ett abduktivt förhållningssett där befintliga teorier inom ämnet har jämförts med ny empiri ochsammanställts i en syntes.Resultatet har utmynnat i följande: För att minska risken för postoperativa sårinfektioner krävs båderutiner i form av när och hur antibiotikan appliceras, personlig hygien och kläder i samspel medventilationstekniken men även funktionen av att upprätthålla olika barriärer mellan infektionskälla ochpatient. För att upprätthålla detta krävs ett samspel mellan ventilationstekniken, byggtekniken och denmäskliga faktorn. Det handlar om att begränsa förekomsten av bakteriebärande partiklar i salen ocheffektivt transportera bort och spä ut de som oundvikligt förekommer samt begränsa dess livsduglighetöver tid. För patientsäkerheten innebär det även i förlängningen att erbjuda både personal och patient2 (100)en god arbetsmiljö och termiskt klimat för att undvika kirurgiska misstag och nedkylning (hypotermi)av patient.Av de två ventilationsprinciperna behandlade i denna studie, omblandande och laminär strömningvisas det att båda kan uppnå godkända nivåer på halter luftburna bakterier under pågående operation.Systemen skiljer i luftföringsprincip men bygger båda till olika grad på riktad strömning ochutspädning. Utspädningsprincipen tycks inte till fullo kunna bedöma det laminära systemets förmågaatt reducera halten bakteriebärande partiklar likväl antar dess strömning ändå en omblandandekaraktär då det är känsligare för hinder. Det antyds att systemet upprätthåller en viss strömningseffektmed undertempererad luft men anses även på grund av detta i samband med stora flöden utsättapatienten för större risk för hypotermi i jämförelse med omblandande systemet. Gemensamt för debåda är beroendet av rätta rutiner hos personal, en upprättad tryckdifferens mellan utrymmen ochskyddande klädsel för att minska spridning från angränsande utrymmen och oss människor.Beslutsprocessen gällande val av system kräver mer oberoende forskning, tydligare och adekvatajämförelser samt en försiktighet vid analys av tidigare studier kring ventilationssystemens inverkan påpostoperativa sårinfektioner. En enskilds parameters inverkan på infektionsfrekvensen kan idag intebedömmas. Med denna vetskap är det även av stor vikt med samarbete och förståelse mellan ingenjöreroch vårdverksamheter för att upplysa varandra om operationsverksamhetens behov ochsystemlösningarnas begränsningar samt de förutsättningar som ställs för att en låg infektionsfrekvensska uppnås.