The purpose of this study was to compare power output and ventilatory measurements between the steep ramp test (SR) and both the 30-second Wingate anaerobic (WAT) and standard cardiopulmonary exercise tests (CPET) in chronic obstructive pulmonary disease (COPD). 11 patients (7 males and 4 females) underwent spirometry, a CPET, WAT and SR test. Repeated measures ANOVA was used to compare the differences between the peak work rate of the CPET (CPET_peak), SR (SR_peak), and the average power of the WAT (W_avg). The W_avg was higher than the SR_peak, which was higher than the CPET (231.2 ± 113.4, 156.8 ± 67.9, 65.9 ± 35.9, p>0.05 respectively). There were no differences found between the tests at end-exercise for inspiratory reserve volume (IRV), ventilation (V_E), and end-expiratory lung volume (EELV). Tidal volume (V_T) was also compared between the tests as a percentage of the inspiratory capacity (IC) remaining at end-exercise and no differences were found. The similarity between the ventilatory measures indicates a similar level of constraint, despite the large difference in work rates achieved, in all 3 tests. This shows that a standard CPET underestimates leg power in COPD patients, and the WAT and SR may be better indicators of leg muscle power and anaerobic type exercise.

Methotrexate has proven to be effective in treating rheumatoid arthritis (RA), and is believed to be nononcogenic in the low weekly dose typically employed in the patients with RA. We report, however, a patient with RA in whom a rapidly enlarging diffuse large B-cell lymphoma developed in the left upper lung after weekly treatment with methotrexate for 5 years. The patient had a positive serum IgG for Epstein-Barr virus but a negative in situ hybridization of the resected specimen. Methotrexate therapy was discontinued, and the patient elected for clinical observation instead of chemotherapy or radiation therapy. There has been no clinically detectable recurrence of the lymphoproliferative disorder for 2 years. We believe that methotrexate has an oncogenic potential even in low weekly dosing in a subset of patients with RA and latent Epstein-Barr virus infection. The strongest causal link is demonstrated by the persistent tumor remission after stopping treatment with methotrexate.

It is often difficult to discern true mycobacterial infection from colonization due to Mycobacterium gordonae (. M. gordonae) since this organism is ubiquitous and is commonly an innocuous saprophyte. This study reports a rare case of caseating hilar adenopathy and pulmonary disease caused by M. gordonae in a patient with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and rheumatoid arthritis (RA) on maintenance steroids and methotrexate. Pathologic exam and cultures of lymph node excision biopsy and bronchoalveolar lavage (BAL) confirmed the diagnosis.Triple antimycobacterial therapy with azithromycin, ethambutol and rifabutin was administered. The patient had significant clinical and radiologic improvement and follow-up cultures confirmed microbiologic cure.Mycobacterium gordonae can be a rare cause of significant pulmonary infection, and positive sputum or BAL cultures for M. gordonae should not be automatically discarded and considered as nonpathogenic contaminants or colonizing organisms, especially in immunocompromised hosts with comorbidities. A detailed review of the case and relevant literature is provided.

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(薬学) / 甲第19654号 / 薬博第824号 / 新制||薬||240(附属図書館) / 32690 / 京都大学大学院薬学研究科薬学専攻 / (主査)教授 松原 和夫, 教授 中山 和久, 教授 金子 周司 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Pharmaceutical Sciences / Kyoto University / DFAM

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(医学) / 甲第20252号 / 医博第4211号 / 新制||医||1020(附属図書館) / 京都大学大学院医学研究科医学専攻 / (主査)教授 三森 経世, 教授 伊達 洋至, 教授 竹内 理 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Medical Science / Kyoto University / DFAM

京都大学 / 0048 / 新制・課程博士 / 博士(薬科学) / 甲第22752号 / 薬科博第126号 / 新制||薬科||14(附属図書館) / 京都大学大学院薬学研究科薬科学専攻 / (主査)教授 金子 周司, 教授 土居 雅夫, 教授 竹島 浩 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Pharmaceutical Sciences / Kyoto University / DFAM

No description available.

Yes / Mycobacterium kansasii is an opportunistic pathogen and one of the most commonly encountered species in individuals with lung disease. We here report the complete genome sequence of 12 clinical isolates of M. kansasii from patients with pulmonary disease in Brazil. / CNPq (scholarships 207422/2014-1, 500769/2014-1, 311554/2013-0; grants 407624/2012-0, 459100/2014-9).

The most common causes of childhood interstitial lung disease (chILD) are autosomal recessive mutations in the gene encoding ATP Binding Cassette A3 (ABCA3) protein, a lamellar body (LB) associated lipid transporter exclusively expressed within the alveolar epithelial type II cells (AEC2s) in the lung. Instability of primary AEC2s in culture has prevented studies of ABCA3 mutations, resulting in limited understanding of disease pathogenesis. To overcome this challenge, we developed AEC2-like cells from human pluripotent stem cells (PSCs) in vitro, allowing study of normal ABCA3 function and perturbations that result from ABCA3 mutations. To develop an AEC2 model that would recapitulate ABCA3 biology, we targeted human PSC lines with a knock-in GFP fusion reporter (ABCA3:GFP). Differentiations of PSCs into AEC2s (iAEC2s) resulted in exclusive expression of ABCA3:GFP in iAEC2s and intracellular localization to LAMP3+ vesicles, reminiscent of endogenous ABCA3. Moreover, we find these ABCA3:GFP+ iAEC2s express LBs, process surfactant proteins, and secret surfactant lipids, indicative of preserved ABCA3 function. To study the effects of ABCA3 mutations using our model, we generated two sets of PSC reporter lines: 1) two patient-derived iPSC lines carrying rare homozygous E690K and W308R ABCA3 mutations predicted to affect ABCA3 function or trafficking, respectively, and their two syngeneic gene-corrected lines each targeted with the AEC2-specific knock-in fluorescent reporter SFTPCtdTomato; and 2) three syngeneic ABCA3:GFP knock-in iPSC lines encoding wildtype, E690K, or W308R proteins. Directed differentiation of patient iPSCs into iAEC2s revealed attenuated secretion of surfactant-specific lipids, recapitulating clinical findings of surfactant deficiency. Examination of ABCA3 protein trafficking using the ABCA3:GFP fusion reporter revealed retained E690K and W308R mutant ABCA3 protein processing and trafficking compared to the wildtype protein by confocal microscopy and western blot analyses, however mutant iAEC2s exhibited smaller LBs, indicative of defective ABCA3-dependent lipid transport. Bulk RNA sequencing of mutant and gene-corrected SFTPCtdTomato- or ABCA3:GFP-expressing iAEC2s revealed enrichment of the TNF𝛼-NF𝜅B pathway in both W308R and E690K mutant iAEC2s, validated by lentiviral reporter assays and secretion of NF𝜅B-driven cytokines. Thus, we provide insights into how ABCA3 mutations alter AEC2 physiology and developed a platform to study other genetic AEC2 diseases through our ABCA3:GFP reporter system. / 2021-05-26T00:00:00Z

Interstitial lung diseases are a heterogeneous group of disorders that vary widely in etiology, clinic-radiologic presentation, histopathologic features, and clinical course. MDCT is the modality of choice for determining the extent of diffuse interstitial lung disease and predicting the clinical outcomes as the scoring of fibrosis correlates well with the mortality rate. Different visual scoring systems for evaluating ILDs’ extent on HRCT have been developed over the past 20 years. Several visual scoring methods have been used to characterize and quantify the disease, correlate with common clinical parameters, prognosticate patients, assess disease progression and evaluate response to treatment. Up to date, visual scoring remains the method of choice for assessing disease extent in clinical practice. However, these methods show variable reproducibility in literature and therefore, a more accurate classification system is necessary for objective and reproducible assessment of disease extent. This has lead to considerable research efforts in advanced computer-based ILD extent quantification systems in the last 10 years. In this Thesis we compare four different available methods for the assessment of interstitial lung disease, for total, ground glass and reticular extent. A radiologist in training evaluated disease extent using a semi-quantitative visual scoring method (a), a visual pixel-based method (b) and semi-automated histogram thresholding technique (c). An automated CAD algorithm (d) was also utilized. All methods were applied to the same data sample of patients with collagen vascular diseases and lung involvement. The sample performance is reported on axial slice basis in terms of mean, standard deviation and range. Furthermore, methods have been compared pairwise by means of Bland-Altman analysis, utilized in order to assess by inspection the degree of agreement for varying disease extent. Additionally, the Intraclass Correlation Coefficient index has been calculated for all pairs compared. Statistical analysis showed almost perfect agreement between our visual pixel based method and the automated system concerning total and reticular disease extent, while the CAD algorithm and thresholding technique have demonstrated substantial agreement. None of the pairwise comparisons exhibited a high degree of agreement concerning ground glass extent estimation. Inter-observer comparison manifested significantly higher degree of agreement for the visual pixel based technique as compared to semi-quantitative visual scoring method. CAD algorithms provide a fast and reproducible disease extent and in our study present a high agreement with visual pixel based method, which is accounted for the more precise, albeit time wasting method. Resultantly, these automated systems could replace semi-quantitative visual scoring methods, not radiologists, in terms of accuracy, reproducibility and more precise clinical decision. / Οι διάμεσες πνευμονοπάθειες αποτελούν μια ετερογενή κατηγορία διαταραχών με ποικίλη αιτιολογία, κλινική, ιστολογική και ακτινολογική εικόνα. Η MDCT αποτελεί τη μέθοδο εκλογής για την εκτίμηση της έκτασης της νόσου και επομένως για την κλινική πορεία των ασθενών, εφόσον η έκταση της ίνωσης εμφανίζει υψηλή συσχέτιση με το δείκτη θνητότητας. Τα τελευταία 20 χρόνια έχουν αναπτυχθεί πολλά διαφορετικά συστήματα και μέθοδοι, που βασίζονται στην οπτική παρατήρηση και αποσκοπούν στον χαρακτηρισμό και την ποσοτικοποίηση της έκτασης της διάμεσης νόσου, καθώς και στο συσχετισμό της με κλινικές παραμέτρους, όπως η πρόγνωση και η ανταπόκριση στη θεραπεία. Οι ημιποσοτικές μέθοδοι, που βασίζονται στην οπτική παρατήρηση παραμένουν έως και σήμερα μέθοδοι εκλογής για την αξιολόγηση και ποσοτικοποίηση της έκτασης της νόσου. Εντούτοις, χαρακτηρίζονται σύμφωνα με τα βιβλιογραφικά δεδομένα από χαμηλούς δείκτες επαναληψιμότητας. Ως εκ τούτου, η αναζήτηση περισσότερο αντικειμενικών και επαναλήψιμων μεθόδων για την εκτίμηση της διάμεσης πνευμονοπάθειας είναι επιτακτική ανάγκη. Ως αποτέλεσμα, τα τελευταία 10 χρόνια η ερευνητική προσπάθεια έχει προσανατολιστεί σε αυτοματοποιημένες μεθόδους για την ποσοτικοποίηση της διάμεσης νόσου. Στην παρούσα διπλωματική συγκρίθηκαν τέσσερεις διαφορετικές μέθοδοι, διαθέσιμες για την ποσοτικοποίηση των αλλοιώσεων του πνευμονικού ιστού. Η έκταση της νόσου αξιολογήθηκε από έναν ειδικευόμενο ακτινολόγο με ημιποσοτική μέθοδο με οπτική παρατήρηση (α), με ποσοτική μέθοδο χειρονακτικού σχεδιασμού και τμηματοποίησης των προσβεβλημένων περιοχών (β) και με μια ημι-αυτόματη μέθοδο κατωφλίωσης ιστογράμματος (γ). Για τον ίδιο σκοπό χρησιμοποιήθηκε ένας αλγόριθμος υποβοήθησης διάγνωσης (CAD) (δ). Όλες οι μέθοδοι εφαρμόστηκαν στο ίδιο δείγμα δεδομένων από ασθενείς με νοσήματα του συνδετικού ιστού και πνευμονική προσβολή. Τα ημιποσοτικά αποτελέσματα, καθώς και αυτά της χειρωνακτικής τμηματοποίησης συγκρίθηκαν με τα αντίστοιχα δύο έμπειρων ακτινολόγων in consensus και μελετήθηκε η συμφωνία τους. Οι αποδόσεις των μεθόδων που χρησιμοποιήθηκαν στην εκτίμηση τόσο της συνολικής έκτασης της νόσου, όσο και των επιμέρους προτύπων συγκρίθηκαν ανά ζεύγη με ανάλυση κατά Bland-Altman και με υπολογισμό του δείκτη ICC (Intraclass Correlation Coefficient). Η στατιστική ανάλυση των αποτελεσμάτων έδειξε σημαντική συσχέτιση μεταξύ του CAD και του χειρωνακτικού σχεδιασμού για τη συνολική έκταση και το reticular πρότυπο, ενώ χαμηλότερη είναι η συμφωνία μεταξύ του CAD και της μεθόδου κατωφλίωσης ιστογράμματος. Δεν παρατηρήθηκε υψηλός δείκτης συμφωνίας σε κανένα ζεύγος συσχέτισης όσο αφορά την εκτίμηση του προτύπου θαμβής υάλου. Η συμφωνία των ακτινολόγων είναι υψηλότερη για την οπτική μέθοδο αξιολόγησης με χειρονακτική τμηματοποίηση σε σχέση με την ημιποσοτική μέθοδο με οπτική παρατήρηση. Οι αλγόριθμοι υποβοήθησης διάγνωσης παρέχουν γρήγορη και επαναλήψιμη εκτίμηση της έκτασης της διάμεσης νόσου και στη δικιά μας μελέτη παρουσιάζουν υψηλού βαθμού συσχέτιση με την ποσοτική μέθοδο, η οποία θεωρείται η πιο ακριβής, εντούτοις χρονοβόρα μέθοδος. Συμπερασματικά, τα αυτόματα αυτά συστήματα θα μπορούσαν να αντικαταστήσουν τις υποκειμενικές ημιποσοτικές μεθόδους στην ποσοτικοποίηση των διάμεσων αλλοιώσεων του πνεύμονα.