Cette thèse s'intéresse aux annotations produites par des apprenants sur des documents électroniques. Les annotations sont utiles tant pour mémoriser une démarche de compréhension que pour retrouver facilement des informations. Nous remarquons que l'annotation électronique est peu pratiquée en raison des inconforts de lecture et d'annotation. De plus les annotations sont porteuses d'une sémantique implicite, perdue lors des réutilisations, comme par exemple des liens entre couleur et objectif de l'annotation. Dans ce contexte, notre objectif est de proposer des formalismes et des outils efficaces pour l'annotation électronique de ressources pédagogiques par des apprenants. Cette efficacité signifie que les dispositifs doivent être adaptés aux niveaux logiciel et matériel, qu'ils anticipent les réutilisations pour éviter l'impression systématique des documents, et qu'ils offrent les avantages d'un traitement informatisé. Elle signifie également que les annotations doivent être conservées dans leur intégralité : il est donc nécessaire d'expliciter leur sémantique tant au niveau d'une représentation formelle qu'au niveau d'un annoteur.<br />Plus précisément, notre travail comporte une proposition de représentation formelle de l'annotation, que nous implantons et testons lors d'expérimentations écologiques. En résultat, nous produisons une spécification d'annoteur efficace basé sur les métaphores du papier et de la trousse : le lecteur conserve ses habitudes papier lors de la lecture et de la création et il bénéficie des avantages d'un traitement informatisé pour la valuation, la recherche et le partage.