Les travaux développés dans ce mémoire concernent la formalisation d'un processus sûr d'automatisation en vue de maîtriser la complexité induite par l'intégration de plus en plus importante de technologies de l'information et de la communication au cœur même des processus de production et des produits. Plus précisément, notre travail porte sur l'intégration d'approches méthodologiques, issues du Génie Automatique, et de modèles formels, issus du Génie Informatique et de l'Automatique des Systèmes à Evénements Discrets afin de garantir, a priori, le respect des exigences formulées par les utilisateurs. Notre contribution porte sur deux axes. Le premier concerne l'intégration de techniques de synthèse de la commande dans un processus d'automatisation, incluant les phases de modélisation et de génération d'un code implantable, et leur application à la reconfiguration de systèmes manufacturiers contrôlés par le produit. Le second est basé sur le raffinement formel ou semi-formel de modèles pour identifier et structurer les exigences exprimées à un niveau " système " puis les allouer et les projeter sur une architecture de fonctions, de composants ou d'équipements. Ces travaux ont été initiés dans le cadre de notre thèse en réponse aux besoins de R&D industriels de la Direction des Etudes & Recherche d'EDF, puis ont été poursuivis avec une cible relative aux systèmes manufacturiers et validés dans le cadre de collaborations industrielles variées.