Ce mémoire de maîtrise présente les travaux liés au développement d’une technologie permettant de faciliter la conceptualisation des nouveaux outils de biologie moléculaire. Cette nouvelle technique est centrée sur la détection d’acides nucléiques et a été développée dans un contexte de diagnostic des maladies infectieuses. Ce mémoire est centré sur deux principales techniques : la PCR en temps réel (rtPCR) et l’hybridation sur biopuce. Notre technologie permet la réalisation de ces deux réactions biochimiques complexes dans une même chambre réactionnelle et dans un seul et même tampon, ceci à l’aide d’un oligonucléotide structuré. Le premier chapitre décrit les différentes techniques de rtPCR et les différents paramètres d’hybridation sur biopuce. Les principes directeurs de la recherche sont présentés dans le deuxième chapitre. Le troisième chapitre comporte le manuscrit démontrant la faisabilité de notre nouvelle technologie. Finalement, le quatrième chapitre discute des perspectives du projet.

Titre de l'écran-titre (visionné le 15 décembre 2023) / Les forêts, les agents pathogènes et leurs interactions sont de plus en plus affectés par des facteurs liés au changement climatique et à la mondialisation. Ces changements influencent la répartition géographique des agents pathogènes, la gravité de leurs dommages et les impacts de leurs origines indigènes ou invasives. Dothistroma septosporum est un champignon ascomycète présent sur plusieurs continents (Europe, Afrique, Amériques); cet agent pathogène était auparavant considéré comme étant endémique sur les pins dans l'ouest de l'Amérique du Nord. Des épidémies récentes de cette maladie dans l'hémisphère nord ont été observées et semblent être directement liées au changement climatique, qui favorise la propagation de l'agent pathogène et la gravité de la maladie. Par conséquent, l'expansion des connaissances quantitatives sur la façon dont le changement climatique entraîne le développement de D. septosporum est cruciale. Dans le premier chapitre, nous analysons les gènes différentiellement exprimés de D. septosporum au cours de l'infection et comparons les interactions sensibles et tolérantes avec son hôte, Pinus contorta. On a inoculé D. septosporum à des individus de P. contorta et des échantillons du tissu infecté ont été prélevés au cours des stades précoce, moyen et tardif de l'infection. L'expression de gènes différentiellement exprimés a été comparée entre les hôtes sensibles et tolérants à la maladie. Nous avons identifié de nombreux gènes candidats qui sont différentiellement exprimés, dont ceux qui jouent un rôle dans la virulence, notamment de nombreux gènes encodant des transporteurs, facteurs de transcription et CAZymes. Ces gènes ont également été précédemment observés dans d'autres interactions pathogènes. Pour le chapitre deux, nous avons identifié les gènes et les SNPs liés à la croissance de D. septosporum à différentes températures à l'aide d'une analyse d'association à l'échelle du génome (GWA). La croissance de chaque isolat de D. septosporum provenant de l'ouest de l'Amérique du Nord a été mesurée sur une gélose à l'extrait de malt à 3 % pendant 5 semaines et le taux de croissance calculé. La contribution des SNPs a été évaluée par une analyse de régression avec un modèle linéaire. Nous avons identifié des gènes d'intérêt, associés au taux de croissance; les produits de ces gènes sont dans des classes bien connues, comme des transporteurs et la régulation du métabolisme. Les gènes candidats identifiés par GWA qui jouaient un rôle dans la croissance étaient plus répandus à des températures plus élevées (20ºC et 25ºC) en raison du meilleur ajustement des modèles par rapport à 15ºC. Une population « à risque » recueillie à Vancouver, en Colombie-Britannique, qui a un génotypage européen, a été identifiée à partir des données phénotypiques. La population de Vancouver surpasse les autres populations à toutes les températures de 15ºC, 20ºC et 25ºC. Enfin, le chapitre trois utilise des modèles de distribution des espèces (SDM) pour projeter la probabilité de propagation de D. septosporum selon plusieurs scénarios de changement climatique. La méthode « Ensemble » a été utilisée pour prendre en compte plusieurs modèles uniques, ce qui augmente la puissance de prédiction. Les données d'occurrence de l'agent pathogène ont été divisées en deux populations génétiquement distinctes, représentant les populations côtières et intérieures de l'ouest de l'Amérique du Nord. La population côtière a montré une plus grande probabilité de propagation par rapport à son homologue de l'intérieur, mais les deux semblent augmenter avec le temps et se déplacer vers le sud-est sous les climats futurs. Dans l'ensemble, les cartes de prédiction des distributions futures ont montré une augmentation de la superficie totale pour les deux populations au milieu et à la fin du siècle, 2050 et 2100, respectivement. / Forests, pathogens, and their interactions are increasingly affected by factors related to climate change and globalization. These changes are influencing geographical distribution of pathogens, the severity of their damages and the impacts that pathogens have on their native or invasive ranges. Dothistroma septosporum is an ascomycete fungus that is endemic on pines in Western North America and a pathogen with worldwide distribution. Recent outbreaks of this disease in the Northern hemisphere have been observed and appear to be directly linked to the changing climate, which aids the spread and severity of the pathogen. Therefore, the expansion of quantitative knowledge on how climate change drives the development D. septosporum is crucial. In the first chapter, we analyse differentially expressed genes of D. septosporum during infection and compare both susceptible and tolerant interactions with its host, Pinus contorta. Susceptible and tolerant P. contorta were artificially inoculated with D. septosporum and samples of the infected tissue were collected during its early, middle, and late stages of infection. The expression of differentially expressed genes for susceptible hosts were analysed at each time point and further investigated. We identified many candidate genes that play a role in virulence, including many transporters, transcription factors, and CAZymes. These genes have also been previously observed in other pathogenic interactions. For Chapter Two, we use genome-wide association (GWA) analysis to identify genes and SNPs related to growth of D. septosporum at three different temperatures: 15ºC, 20ºC and 25ºC. We monitored the growth of D. septosporum isolates from across Western North America on 3% malt extract agar for 5 weeks and extracted the growth rate by fitting the observations on a linear model. A « risk » population collected from Vancouver, BC, which has a European genotyping, was identified from the phenotypic data. The Vancouver population outperforms other populations at all three temperatures tested. The GWA showed that candidate genes involved in growth were more prevalent at higher temperatures (20oC and 25ºC) compared to 15ºC. These candidate genes include transporters and genes involved with regulation of metabolism. Finally, Chapter Three discusses our use of species distribution models (SDM) to project the likelihood of D. septosporum spread under several climate change scenarios. Ensemble forecasting techniques were used as opposed to single models to improve prediction power. Occurrence data of the pathogen was divided into two genetically distinct populations, representing the coastal and interior populations of Western North America. The coastal population showed a higher likelihood.

Malgré le fait que la coloration de l'aubier par les champignons de bleuissement affecte seulement l'esthétique du bois sans altérer ses propriétés, elle abaisse sa valeur marchande et freine son exportation, causant des pertes financières importantes à l'industrie forestière. L'utilisation de souches albinos (non pigmentées) de champignons de bleuissement est une approche de lutte biologique prometteuse permettant de traiter les billots immédiatement après la coupe. L'objectif principal de ce projet de doctorat était donc de développer une souche albinos d'une espèce à croissance rapide, le Ceratocystis resinifera, afin de l'utiliser comme agent biologique de protection du bois contre le bleuissement. À partir d'ascospores de C. resinifera, nous avons réussi à isoler une souche albinos que nous avons nommée Kasper. Le potentiel de Kasper à prévenir le bleuissement du bois a été testé et comparé à celui de Cartapip-97, un agent de lutte biologique disponible sur le marché pour prévenir le bleuissement des billots de pin tordu et de pin rouge. Lors d'essais en laboratoire, Kasper a réduit jusqu'à 94.4% le bleuissement de billots d'épinette blanche, soit plus efficacement que Cartapip-97. Lors de quatre essais effectués sur le terrain dans la région de Québec, Kasper a permis de réduire jusqu'à 80% le bleuissement de billots d'épinette noire. Dans tous les cas, l'albinos de C. resinifera a été plus efficace que Cartapip-97 à l'exception d'un seul essai. Ces résultats suggèrent que des souches albinos dérivées du champignon C. resinifera pourraient être une source additionnelle d'agents de lutte biologique contre le bleuissement du bois. Pour s'assurer de l'innocuité environnementale de Kasper, des tests ont été effectués pour évaluer le pouvoir pathogène de ce dernier et de souches sauvages de C. resinifera sur des plants de conifères et de feuillus. C. resinifera a démontré un pouvoir pathogène parfois négligeable, parfois relativement élevé selon les conditions. Cependant, nous ne connaissons pas encore la nature des insectes vecteurs de C. resinifera, bien que cela semble peu probable que se soient des scolytes primaires capables d'attaquer des arbres sains. Nous n'avons donc pas pu conclure sur le risque de l'application opérationnelle de Kasper. Une étude sur la génétique et la structure des populations de C. resinifera a aussi été réalisée pour évaluer le risque d'utiliser Kasper à la grandeur du Canada et de perturber l'écologie de populations locales au cas où Kasper proviendrait d'une population génétiquement distincte des autres populations canadiennes. L'ADN de 129 isolats de C. resinifera provenant de neufs sites à travers le Canada a été amplifié avec 13 amorces qui ont généré 108 marqueurs RAPD (19 polymorphes, 54 allèles rares et 35 monomorphes). Les analyses de la fréquence allélique de ces marqueurs ont révélé une faible diversité génétique (//s = 0.045) ainsi qu'une différentiation génétique (OST= 27.4%) entre les populations de l'Est et celles de l'Ouest du Canada. La différentiation suggère la présence d'une barrière reproductive géographique située dans les Prairies canadiennes où la présence de plante-hôtes y est plus restreinte. Cependant, selon les analyses, cette barrière ne serait pas complètement impénétrable. / Sapstain of wood caused by ophiostomatoid fungi does not affect the structural properties of wood but, since it alters its appearance, it nevertheless reduces the value of wood products, thereby inducing considerable financial losses to the wood products industry. The application of albino strains derived from sapstain fungi is a promising biological control strategy against sapstain of wood. Therefore, the main objective of this Ph.D project was to develop an albino strain of an aggressive saspstain fungus, such as Ceratocystis resinifera, to prevent sapstain in freshly felled logs. We recovered an albino strain, named Kasper, from ascospores of C. resinifera and we tested its potential in preventing sapstain and compared its performance with an albino strain of O. piliferum, commercially available under the trade name Cartapip 97 as a biological control agent against sapstain on lodgepole pine and red pine logs. In a laboratory trial, Kasper reduced sapstain of white spruce logs up to 94.4% and was more efficient than Cartapip-97. In field trials conducted in an area north of Québec City, Kasper reduced sapstain of black spruce up to 80%. In three out of four field trials, Kasper was significantly more efficient than Cartapip-97 in reducing sapstain development. The exception was encountered in a 2003 trial conducted in a sawmill yard where Kasper did not reduce sapstain. These results suggest albino strains derived from C. resinifera might be an additional source of potential biocontrol agents against sapstain. To ensure the environmental innocuousness of large-scale applications of Kasper, we tested the pathogenicity of both wild-type and albino strains of C. resinifera in five greenhouse trials and in one field trial. This fungus showed weak to moderate pathogenic ability depending on conditions. However, we cannot conclude about the risk of using Kasper as a protective agent on logs since the nature of its insect vectors still remains unknown, although it is suspected to be fungal feeding insects that rarely attack healthy living trees. The development of a biological control agent derived from C. resinifera should include an assessment of the genetic variability and population structure of this fungus. This type of study, which is required for registration issues in countries such as Canada, would also help prevent the introduction of new genetic material into local populations, if Kasper were found to be genetically distinct. DNA of 129 isolates of C. resinifera from nine Canadian populations was amplifïed with 13 primers that generated 108 RAPD markers. The analysis of allelic frequencies showed an overall low genetic diversity among isolates (//s = 0.045). A notable genetic differentiation (OST= 27.4%) was nevertheless observed between Eastern and Western populations. This barrier of gene flow may resuit from the absence of host and intensive agriculture across the Great Plains but analysis suggested that this barrier is not totally impenetrable.

Les médecines alternatives et complémentaires (MAC) gagnent en popularité dans de la population québécoise, dont la naturopathie. En parallèle, un phénomène d’hésitation à la vaccination gagne de l’ampleur mondialement. Si cette tendance perdure, les taux de vaccination pourraient chuter et plusieurs maladies graves pourraient connaître une recrudescence. La littérature sur les MAC montre que ces praticiens de la santé et leurs usagers ont des attitudes plutôt négatives envers la vaccination. Il est dès lors impératif d’étudier les liens entre l’hésitation à la vaccination et la naturopathie québécoise. Dans le cadre de ma maîtrise, je me suis penché sur l’influence des savoirs et de la confiance sur les manières de penser les risques liés à la vaccination des naturopathes, en plus d’examiner la façon dont ceux-ci gèrent ces risques. Pour ce faire, j’ai réalisé 15 entrevues semi-dirigées auprès de naturopathes québécois. Les résultats de ma recherche montrent que l’approche naturopathique québécoise de la santé cherche à déterminer les causes des maladies dans une perspective holiste afin de stimuler la vitalité du corps. Les maladies ont ainsi pour origine les déséquilibres de ce que les naturopathes nomment le « terrain ». À travers leurs pratiques, principalement axées sur la nutrition, ils cherchent à rendre leurs clients autonomes et responsables de leur santé afin qu’ils puissent rééquilibrer eux-mêmes leurs terrains et ainsi accéder à la santé. Cette conception de la santé et des soins, jumelée à la confiance que les naturopathes ont envers leur savoir expérientiel, est centrale dans la manière dont ils pensent les risques inhérents à la vaccination et aux maladies infectieuses. Les risques que la vaccination rompe l’homéostasie du terrain sont conçus comme plus grands que ceux liés aux maladies infectieuses. C’est pourquoi les naturopathes adoptent plusieurs stratégies pour gérer ces risques, lesquelles visent le maintien de l’équilibre du terrain. / Complementary and Alternative Medicine (CAM), particularly naturopathy, has increased in popularity among the Quebec population. Simultaneously, vaccine hesitancy is gaining momentum worldwide. If this trend persists, vaccination rates could decrease and there could be a resurgence of many deadly illnesses. Scientific literature suggests that CAM practitioners and their users have generally negative attitudes towards vaccination. It is therefore of the utmost importance to study the links between vaccine hesitancy and naturopathy in Quebec. Within the scope of my Master’s, I studied the influence of knowledge and trust on naturopaths’ ways of reasoning about risks associated with vaccination and I investigated how they manage these risks. To achieve this goal, I conducted 15 semi-structured interviews with Quebec naturopaths. The results of my research suggest that Quebec naturopaths believe that health can be achieved through a study of the causes of diseases in a holistic perspective and through the stimulation of the body’s vitality. Diseases, in this perspective, come from the imbalances of what naturopaths call the “field”. Through their practice, primarily based on nutrition, they encourage their clients to autonomously take responsibility for their health so they can restore the balance of their fields themselves, and therefore, return to health. This notion of health and care, paired with the trust naturopaths have toward their experiential knowledge, play a key role in how they think about risks inherent to vaccination and infectious diseases. Concerns about the risks that vaccination might break the homeostasis of the field are far greater than those associated with the risk of infectious diseases. Therefore, to manage these risks, naturopaths adopt many strategies that target the upholding of the field’s balance.

Cette étude a permis d'évaluer, au moyen d'essais in vitro, en serre et en champ, l'effet de la fumigation et de l'application de différents composts sur le rendement des fraisiers et sur le développement de V. dahliae et de la verticilliose du fraisier. Les essais in vitro ont démontré que les extraits de composts permettent de diminuer la croissance mycélienne de V. dahliae. Au champ, la fumigation a entraîné une diminution des rendements en fruits et n'a eu aucune influence sur l'incidence de la verticilliose, alors que l'application de compost marin a permis de réduire l'incidence de la maladie. En serre, la croissance des fraisiers a généralement été stimulée par l'amendement en composts bio et marin, alors que le développement de la verticilliose semble avoir été favorisé par les amendements. À la lumière des résultats obtenus, ces travaux pourraient trouver des applications dans l'élaboration d'un programme de lutte intégrée contre la verticilliose du fraisier.

Le doryphore de la pomme de terre (DPT), Leptinotarsa decemlineata (Say) est l'insecte ravageur qui cause les dommages les plus importants aux cultures de la pomme de terre. Jusqu'à présent, le principal moyen utilisé pour lutter contre ce ravageur est l'application régulière d'insecticides chimiques. Cependant, de nombreuses études ont démontré que le DPT développe au fil du temps une résistance accrue envers tous les produits chimiques utilisés pour sa répression. De plus, l'utilisation massive et incontrôlée de ces produits chimiques entraîne souvent la contamination de l'environnement et peut ainsi causer des problèmes de santé humaine. La lutte biologique contre le DPT à l'aide de l'insecte prédateur naturel, Perillus bioculatus, a été démontrée comme l'alternative la plus prometteuse aux insecticides chimiques à petite échelle, mais la littérature scientifique et technique sur les modes de manutention et d'introduction au champ des insectes prédateurs est presque inexistante. Dans le contexte d'une agriculture respectueuse de l'environnement, le défi majeur est alors de mettre en application l'utilisation de cet agent de lutte sur de grandes superficies en culture. L'objectif principal de ce travail de recherche était alors de définir les conditions adéquates de transport et d'entreposage à la ferme, à court terme, des larves du stade 2 du prédateur Perillus bioculatus. Les résultats obtenus ont confirmé qu'il est possible d'entreposer ces jeunes larves pour une durée de 8 jours à une température variant entre 9 et 15°C. De plus, il est possible de les conserver dans la noirceur pour une période allant jusqu'à 10 jours sans affecter de façon évidente leur survie ou leur développement physiologique.

Le blanc du fraisier (Podosphaera aphanis) est particulièrement nuisible chez les variétés à jour neutre puisque son cycle est favorisé par le climat présent en août et septembre, occasionnant ainsi, un usage abondant de fongicides. Dans une optique de lutte écologique, le silicium (Si) se démarque par ses propriétés prophylactiques chez plusieurs végétaux. Bien que le Si semble stimuler la résistance des fraisiers (Fragaria × ananassa Duch) au P. aphanis en culture hors-sol, il reste que son efficacité dans un contexte de production commerciale au champ demeure ambigüe. Dans ce projet, l'objectif était d'évaluer l'effet d'amendements en Si sur l'intensité du blanc du fraisier et sur les rendements dans un système de production en champ. Le contenu en Si dans les feuilles, l'intensité de la maladie et les rendements étaient les variables étudiées. Deux types d'amendements ont été évalués : le silicate de potassium, une formulation soluble appliquée en fertigation deux fois par semaine en 2015, et trois doses de silicate de calcium (wollastonite), une forme solide incorporée à la plantation en 2016. De plus, chaque traitement en Si a été mis en interaction avec trois cultivars. En 2015, la silice soluble n'a donné aucune augmentation significative du contenu en Si chez tous les cultivars testés, résultat concordant avec les données de rendements qui se sont avérées similaires chez les témoins et les plants traités. Également, en 2016, pour chacun des cultivars, les contenus en Si dans les plants n'ont pas été influencés par les trois doses de silicate de calcium. Par conséquent, aucun effet n'a été observé tant au niveau des rendements que de la répression du blanc. Nos résultats illustrent bien l'intérêt de valider la disponibilité d'acide silicique lors d'applications de fertilisants à base de Si expliquant ainsi les résultats contradictoires, parfois véhiculés, quant aux bénéfices du Si en agriculture.

Certains Trichoderma spp. sont des agents de lutte biologique reconnus pour réprimer des microorganismes telluriques phytopathogènes, dont les Oomycota Pythium spp. Aussi, le silicium est connue pour son rôle prophylactique envers les Pythium spp. Le but de cette étude est de démontrer le potentiel de Trichoderma à augmenter la biodisponibilité du silicium (Si) de deux matériaux qui en sont riches et à réduire l'intensité de la fonte des semis en étudiant le modèle : concombre (Cucumis sativus) - P. ultimum. Les réactions enzymatiques et les tests de confrontation avec des microorganismes ont permis de construire l'arbre phylogénétique séparant les souches de Trichoderma. L'hémicellulase a été effective pour l'ensemble des souches, la lignase pour sept souches et la cellulase pour une souche. Le test de confrontation a montré le potentiel antagoniste des souches, et la souche A de Trichoderma sp., isolée d'Equisetum sp. a présenté un effet inhibiteur dû à la production d'antibiotiques (sorbicillinoïdes). Dans l'eau stérile additionnée des poudres de wollastonite(silicate minéral), de glumes de riz (organo-silicate), et de leur mélange 1 :1, avec et sans l'addition d'une souche de Trichoderma, la teneur en acide silicique a augmenté. Lors du bioessai avec le concombre, les masses sèches aériennes et l'intensité de la maladie ont été similaires entre les traitements témoins et ceux enrichis d'une souche de Trichoderma. Cependant, la teneur la plus élevée en Si a été mesurée pour les traitements additionnés de la souche de Trichoderma A ou de la souche C (collection UL # 16). Au final, l'enrobage des semences avec des matériaux riches en silicium additionné d'une souche de Trichoderma confirme partiellement l'hypothèse ; certaines souches de Trichoderma ont permis une meilleure biodisponibilité du silicium pour la plante, tout en ayant tendance à limiter l'intensité de la fonte des semis du concombre causée par Pythium. / Some Trichoderma spp. are biological control agents known to control phytopathogenic soil-borne microorganisms, including Oomycota Pythium spp. In addition, silicon (Si) is known for its prophylactic role against Pythium spp. The aim of this study was to demonstrate the potential of Trichoderma to increase the plant biodisponibility of Si and reduced the severity of damping-off by studying the model : cucumber (Cucumis sativus) - P. ultimum. The enzymatic and microbial confrontation characterizations made it possible to build the phylogenetic tree separating the Trichoderma strains. Hemicellulase was effective for all strains in opposite to lignase who was effective for seven strains and cellulase for one strain. The confrontation test showed the potential antagonist of some strains, and the Trichoderma strain A, isolated from field horsetail (Equisetum sp.), had an inhibitory effect, due to the production of antibiotics (sorbicillinoids). The addition of wollastonite and husk powders, alone or in combination in sterile water allowed Si solubilization (measured as silicic acid); on top of that, the addition of a Trichoderma strain increased Si solubilization. In the plant-cucumber bioassay, aerial dry weights and disease severity were similar between the control and the Trichoderma treatments. In cucumber, the highest total Si content was measured forthe treatments coated with strains A and C (from the collection of Université Laval # 16). In conclusion, coating cucumber seeds with mixed wollastonite and rice husk powders and a strain of Trichoderma partially confirms the hypothesis; some strains of Trichoderma allowed a better bioavailability of silicium for the plant, while tending to limit the severity of damping-off caused by Pythium.

À l'échelle mondiale, le norovirus humain (HuNoV) et le virus de l'hépatite A (VHA) sont associés aux maladies d'origine alimentaire, ce qui constitue une préoccupation majeure pour le secteur de la santé et de l'alimentation. Afin de garantir la salubrité des aliments et des produits transformés en industrie agroalimentaire, plusieurs méthodes d'inactivation virale physiques et chimiques sont employées. Cependant, elles ne sont pas nécessairement applicables sur toutes les matrices alimentaires et certaines peuvent même générer des substances nocives. De ce fait, la présente étude porte sur la détermination du potentiel virucide des substances naturelles. Dans cette étude, le potentiel antiviral de deux huiles essentielles et de quatre extraits naturels a été évalué sur deux virus non enveloppés, soit le norovirus murin 1 (MNV-1), le VHA et un virus enveloppé, le virus de l'herpès simplex 1 (VHS-1). Des concentrations de chaque substance allant de 50 à 200 000 ppm ont été appliquées pendant 90 min de contact. L'extrait de pépins de raisin a été le plus efficace quant à la réduction de l'infectivité du VHA et du MNV-1 soit de 1,94 ± 0,17 log₁₀, 2,85 ± 0,44 log₁₀ respectivement. Pour le VHS-1, une inactivation totale a été observée à 1000 ppm. En revanche, les extraits de canneberge et de thé vert n'ont pas réussi à réduire l'infectivité des trois types de virus de plus de 1 log₁₀. Ces résultats enrichissent les connaissances actuelles sur les propriétés virucides des substances naturelles en démontrant leur potentiel antiviral contre ces trois types de virus. Cette étude ouvre de nouvelles perspectives quant à l'utilisation des composés naturelles, offrant ainsi des applications prometteuses dans divers secteurs / Enteric viruses such as hepatitis A (HAV) and human norovirus (HuNoV) are the main cause of foodborne diseases worldwide. They are recognized as a major concern for public health and food sector. To minimise the risk of infection, many physical and chemical viral inactivation methods have been used. However, these approaches are not applicable to all food matrices and may generate harmful substances. Therefore, the aim of this project is to study the antiviral potential of natural compounds. For this purpose, the antiviral potential of two essential oils and four natural extracts was evaluated with two non-enveloped viruses: murine norovirus 1 (MNV-1), HAV and one enveloped virus, herpes simplex virus 1 (HSV-1) at concentrations ranging from 50 to 200,000 ppm for 90 min contact in viral pre-incubation. Grape seed extract was the most effective in reducing HAV and MNV-1 infectivity by 1.94±0.17 log10, 2.85±0.44 log₁₀ respectively. For HSV-1, a total inactivation was observed at 1000 ppm. Cranberry extract and green tea extract failed to reduce the infectivity of all three virus types by more than 1 log₁₀. This study has contributed to a better understanding of the antiviral potential of natural substances against the three types of viruses tested. Eventually, this project ultimately aims to reveal new perspectives on the use of natural compounds, thus offering promising applications in various sectors.

La tordeuse des bourgeons de l’épinette (TBE), Choristoneura fumiferana (Clem.), est le ravageur le plus important des forêts de l’Amérique du Nord. L’éclaircie a été souvent recommandée pour réduire les pertes ligneuses causées par les épidémies de TBE. Ceci est basé sur l’hypothèse que l’impact positif de cet outil sylvicole sur la vigueur des arbres résiduels devrait les rendre plus résistants aux défoliations de TBE. Cependant, les résultats de différentes études sont contradictoires. Le but de cette étude consiste à mieux cerner les impacts de ce traitement sylvicole sur l’insecte et sur ses hôtes selon diverses situations et de suivre ces impacts dans le temps. Pour y parvenir, des élevages sur le terrain de TBE et des analyses chimiques foliaires des essences hôtes ont été effectués selon un gradient d’éclaircie (réduction de 0, 25 et 40% de la surface terrière du peuplement) et de qualité de drainage du site (mésique avec drainage oblique, subhygric, hydrique). Des élevages ont aussi été effectués sur des sites à drainage rapide. L’ensemble des travaux a été conduit dans le domaine de la sapinière à bouleau blanc. Les résultats de cette étude démontrent que l’éclaircie réduit à court terme la résistance des sapins à la TBE et que ce phénomène est lié à des baisses significatives de certains monoterpènes dont les concentrations dépendent fortement de la qualité de drainage du site. Cependant trois ans après le traitement, celui-ci entraîne une forte augmentation de la résistance des sapins baumiers à l’insecte. Cette augmentation de résistance est essentiellement due à une augmentation de production foliaire (accroissement de la tolérance) et est particulièrement marquée dans les peuplements évoluant sur des sites hydriques soumis à des intensités d’éclaircie de 40% de réduction de surface terrière. Cette résistance accrue se maintient pour au moins 6 ans après l’application du traitement. Ces résultats suggèrent que cette technique sylvicole pourrait être utilisée comme mesure préventive visant à réduire l’impact négatif de TBE sur les forêts québécoises. / Spruce budworm (Choristoneura fumiferana (Clem.)) is the most destructive insect pest in the maritime and boreal forests of North America. Thinning has been recommended to reduce damage caused by spruce budworm. The positive impact of this silvicultural procedure on the vigour of the residual trees should, in theory, render them more resistant to budworm defoliation. However, various research projects focused upon effects of this silvicultural tool on host tree resistance have yielded equivocal results. The main objective of this project was to clarify the real effect of thinning on host tree resistance to spruce budworm attacks. Field-rearing experiments with spruce budworm were conducted, together with foliar chemical analyses, along a gradient of stand thinning density (0%, 25%, and 40% stand basal area reduction) and drainage class (mesic with seepage, class 3; subhygric, class 4; hydric, class 5) in balsam fir–paper birch association stands. Rearing experiments were also conducted in rapidly drained sites (class 2). The results showed that resistance to spruce budworm of balsam fir, unlike white and black spruce, was significantly reduced one year after thinning. This response was likely due to increased defoliation linked to reduction in certain monoterpene concentrations and to decreased foliage production, except on drainage class 5, where the treatment increased fir resistance. However, three years after treatment we observed the opposite response. High thinning intensity (40%) positively affected balsam fir and white spruce tolerance to damage and, therefore, tree resistance by increasing foliage production and the amount that remained after budworm feeding. This increased resistance persists for at least 6 years after the treatment was conducted. These results suggest that this silvicultural technique could be used as a preventive control measure to reduce the negative impact of spruce budworm on Quebec's forests.