Señala que la contaminación microbiana de alimentos durante la cadena de producción es una de las principales causas de enfermedades transmitidas por alimentos (ETAS). Listeria monocytogenes, es un microorganismo patógeno causante de la listeriosis humana, una enfermedad con alta morbilidad, hospitalización y mortalidad, principalmente en poblaciones vulnerables. Su presencia en alimentos es favorecida por su resistencia a bajas temperaturas y amplio rango de pH; los brotes están vinculados a carnes frescas y procesadas, productos lácteos y alimentos listos para comer. En los últimos años los bacteriófagos han sido propuestos para su uso con fines terapéuticos y como una alternativa para el control biológico de Listeria monocytogenes y otros microorganismos patógenos en alimentos. Los bacteriófagos son virus que infectan a las bacterias, se componen de una cadena simple o una cadena doble de ADN o ARN cubiertos por una cápside proteica y están presentes casi en todos los ecosistemas. A partir de un filtrado de aguas servidas de camales de la ciudad de Lima, se seleccionó, aisló y caracterizó fisicoquímica y biológicamente un bacteriófago lítico para Listeria monocytogenes: el fago ASCF1. Este bacteriófago es estable a temperaturas entre 4°C y 45°C, es tolerante a un amplio rango de pH (desde 4 hasta 9), presenta un amplio rango de hospedero, infectando también cepas de Salmonella typhimurium y Vibrio cholerae. Tiene una multiplicidad de infección (MOI) óptima de 10, un periodo de latencia de 120 minutos y un tamaño de explosión promedio de 9.72 unidades formadoras de placa por célula infectada. Estos resultados indican que el bacteriófago ASCF1 puede ser aplicado para la descontaminación de alimentos y superficies. / Tesis

Microorganisms are present in a variety of sources, including food, water, animals, environment as well as the human body. They can be harmless or harmful. The latter is also called pathogenic and their detection is extremely important due to health and safety reasons. It is well known that food contaminated with bacteria can produce a number of foodborne diseases. As a consequence, thousands of euros are invested each year in medical treatments trying to keep the population healthy. There are more than 250 known foodborne diseases. For example, outbreaks of salmonellosis have increased in many countries in the last decades being Salmonella Infantis one of the most important etiological agents associated with this enteric disease. Moreover, due to the wide distribution of the microorganisms, they can also contaminate foods in the field as well as during the storage stage. In that sense, filamentous fungi are one of the etiological agents responsible for most post-harvest food spoilage producing quality losses and economic devaluation. On the other hand, the invasive fungal infections due to yeast have risen considerably in recent years. Candidiasis is the so-called disease produced by Candida albicans. This is an opportunistic infection that affects immunocompromised patients requiring costly treatment with advanced medicine. Several methods have been proposed so far to detect pathogenic microorganisms. Conventional culture is highly selective and sensitive but they also require several days to yield the results. To simplify and automate the identification of both bacteria and fungi rapid biochemical kits have been developed. Although the results obtained with these kits are comparable to the traditional biochemical tests they also need 1 or 2 days to obtain results. Enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) can be applied for the direct identification of pathogenic microorganisms in real samples. This immuno-based method has been widely used in both food and the medical sector with high sensitivity. Nevertheless, the main disadvantage of this method is that it can also be time-consuming because a pre-enrichment of the sample is often required in order to achieve low limits of detection. As a consequence, many researchers have addressed their efforts towards the development of alternative methods to allow the rapid detection of pathogens. Molecular biology-based methods, specifically polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR are nowadays the most common tools used for pathogen detection. They are highly sensitive and allow the quantification of the target. In addition, microarray platforms of DNA have been developed in order to analyse hundreds of targets simultaneously. However, this technique is costly and reagent-consuming. The introduction of biosensors has brought new alternatives in pathogenic detection. Biosensors are the most used tools in pathogenic detection after PCR, culture methods and ELISA. They provide rapid results after the sample has been taken. However, their real application lies in achieving selectivities and sensitivities comparable to the established methods and at low cost. Since carbon nanotubes (CNTs) were discovered by Iijima, many papers have reported their unique electronic and optical properties which, together with their size, make these nanostructures interesting materials in the development of biosensing platforms. Their very high capacity for charge transfer between heterogeneous phases makes them suitable as components in electrochemical sensors. The electrical conductivity of the CNTs is highly sensitive to changes in their chemical environment and, as a result, they have been successfully applied in the study of molecular recognition processes. An approach for the direct electrical detection of biomolecules integrates CNTs as transducer elements within a field-effect transistor (FET) configuration. The main advantages of this kind of configuration lies in that the conducting channel is usually located on the surface of the substrate and as a result, they are extremely sensitive to any change in the surrounding environment. Moreover, CNTFET devices can operate at room temperature and in ambient conditions. At the beginning of this research (2006) electrochemical CNTFETs based on single walled carbon nanotubes had not been applied to detect bacteria or fungi. Only the interaction between CNTs and bacteria had been explored, but without sensing purposes. Therefore, this thesis reports the first CNTFET devices applied to the detection of pathogenic microorganisms. First, the background and the introduction containing the state of the art are presented covering relevant investigations made in the last years. Next, the main analytical methods are described. These descriptions involve detailed information of all procedures, analytical tools and materials used throughout this research work. In the following chapters, the application of the CNTFETs for the determination of bacteria, yeast and moulds is presented throughout the scientific articles published along the development of the thesis. Briefly, the first device developed was applied to the detection of Salmonella Infantis in a simple matrix (0.85 % saline solution) and it was proven for first time, that this kind of sensor was able to detect, at least, 100 cfu/mL of the bacteria in just one hour with high selectivity. Subsequently, we enlarged the application field to other types of microorganisms: Candida albicans. In this study we improved not only the detection limit of the devices to 50 cfu/mL but also we proved the selectivity of the CNTFETs against possible interference that can be present in real samples like serum proteins. Finally, the devices were applied to the detection of the mould Aspegillus flavus in real samples. In this assay the response time was 30 minutes and a high sensitivity (10 µg of A. flavus / 25 g of rice) was obtained. As the final chapters, general conclusions extracted from the overall work and annexes are reported. It can be stated that nanomaterials displaying extraordinary properties like carbon nanotubes can be combined with biological entities to obtain highly sensitive and selective biosensors able to detect bacteria, yeasts and moulds in a very short time. In future work, other performance parameters such as, long term stability, robustness and reusability must be studied further and contrasted with standard methods before thinking of the commercialization of the devices. / Los microorganismos están presentes en una gran variedad de orígenes, incluyendo alimentos, agua, animales, medio ambiente también como en el propio cuerpo humano. Estos pueden ser beneficiosos o perjudiciales. Los microorganismos perjudiciales reciben el nombre de patógenos y su detección es de gran importancia por razones de salud y seguridad. Es bien conocido que los alimentos contaminados con bacterias pueden producir cierto número de enfermedades. Como consecuencia de esto, miles de euros se invierten cada año en tratamientos médicos para mantener la salud de la población. Existen más de 250 enfermedades transmitidas por alimentos. En las últimas décadas se ha incrementado por ejemplo, la incidencia de brotes de salmonelosis en muchos países, siendo Salmonella Infantis uno de los agentes etiológicos más importantes asociados con la producción de esta enfermedad entérica. Debido a la amplia distribución de los microorganismos, estos pueden llegar también a contaminar alimentos durante su cultivo como durante la fase de almacenamiento. En este sentido, los hongos filamentosos son en gran parte los agentes etiológicos responsables del deterioro de alimentos después de la cosecha produciendo pérdidas en la calidad y devaluación económica. Por otra parte, las infecciones fúngicas invasivas producidas por levaduras han aumentado considerablemente en los últimos años. Candidiasis, es la enfermedad producida por Candida albicans. Esta es una de las infecciones más comunes que afectan pacientes inmunocomprometidos requiriendo tratamientos de elevado coste. Se han propuesto varios métodos hasta la fecha para la detección de microorganismos patógenos. El cultivo es el método de referencia utilizado para la detección y cuantificación de bacterias. Tiene la ventaja de ser altamente selectivo y sensible pero tiene el inconveniente de requerir varios días para obtener un resultado. Para simplificar y automatizar la identificación de bacterias y hongos se han desarrollado kits bioquímicos rápidos. Aunque los resultados obtenidos usando esta clase de kits son comparables a las pruebas bioquímicas tradicionales, también 1 o 2 días son requeridos para la obtención de resultados. El enzimoinmunoensayo ("Enzyme Linked Immunosorbent Assay", ELISA) es un método immunológico de gran sensibilidad que se utiliza ampliamente para detectar y cuantificar microorganismos patógenos, tanto en el sector médico como en el alimentario. Sin embargo, su principal desventaja es que a veces el tiempo de análisis puede aumentar considerablemente, específicamente cuando se realizan etapas de pre-enriquecimiento de la muestra para disminuir el límite de detección. Como consecuencia, muchos investigadores han dirigido sus esfuerzos hacia el desarrollo de métodos más rápidos. Los métodos basados en el uso de la biología molecular, específicamente la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la PCR en tiempo real, son hoy en día las herramientas más comúnmente usadas para la detección de patógenos. Estas técnicas son altamente sensibles y permiten la cuantificación del patógeno. Adicionalmente, se han desarrollado chips con plataformas de DNA para analizar cientos de patógenos simultáneamente. Sin embargo, esta técnica es costosa y requiere el uso de muchos reactivos. La introducción de los biosensores ha contribuído a generar nuevas alternativas para la detección de patógenos. Los biosensores son las herramientas más usadas en la detección de patógenos después de la PCR, los métodos convencionales y el ELISA. Tienen la ventaja de proporcionar respuestas rápidas entre la toma de muestra y la obtención de los resultados. No obstante, el reto para su aplicación en muestras reales radica en alcanzar selectividades y sensibilidades comparables a los métodos convencionales ya establecidos y a un costo económico reducido. Desde que Iijima descubrió los nanotubos de carbono (CNTs) se han publicado numerosos trabajos sobre sus excelentes propiedades electrónicas y ópticas, las cuales, en conjunción con su tamaño, hacen de estas nanoestructuras materiales interesantes en el desarrollo de plataformas de biodetección. Los CNTs presentan una gran capacidad de transferencia de carga entre estructuras heterogéneas. Ello les confiere una gran utilidad en la elaboración de sensores de tipo electroquímico. Su conductividad eléctrica varía de forma muy acusada con cambios en su ambiente químico y, como resultado, se han aplicado con éxito en el estudio de procesos de reconocimiento molecular. Una metodología para la detección directa de biomoléculas integra los CNTs como elementos transductores dentro de una configuración de transistor de efecto campo (FET). Las principales ventajas de esta clase de configuraciones radican en que el canal conductor se localiza sobre la superficie del substrato y, como resultado, es altamente sensible a cualquier cambio en el medio ambiente. Además, los CNTFETs pueden operar a temperatura y, humedad ambientales. Al inicio de esta tesis (2006), todavía no se habían aplicado los CNTFETs basados en nanotubos de carbono monocapa a la detección de bacterias y hongos. Sólo se había estudiado la interacción entre los CNTs y bacterias, pero sin el objetivo de detección. Por tanto, esta tesis aporta los primeros CNTFETs aplicados a la detección de microorganismos patógenos. En primer lugar, se presentan los antecedentes y la introducción, donde se realiza una revisión crítica y actualizada de los métodos e investigaciones más relevantes para detectar microorganismos patógenos. Posteriormente, se incluye un capítulo con la información detallada de todos los procedimientos experimentales, herramientas analíticas y materiales utilizados a lo largo del trabajo de investigación. En los siguientes capítulos, se presenta la aplicación de CNTFETs en la determinación de bacterias, mohos y levaduras mediante artículos científicos publicados a lo largo del desarrollo de la tesis. Brevemente, el primer dispositivo desarrollado se aplicó a la detección de Salmonella Infantis en una matriz simple (solución salina 0.85 %) y se comprobó por primera vez que esta clase de sensores eran capaces de detectar al menos 100 ufc/mL de la bacteria en tan solo una hora con alta selectividad. Seguidamente, se amplió el campo de aplicación a otro tipo de microorganismo, Candida albicans. En este estudio, se mejoró no sólo el límite de detección de los dispositivos a 50 ufc/mL sino que también se mejoró la selectividad de los CNTFETs frente a posibles interferentes que pueden estar presentes en muestras reales, tales como proteínas séricas. Finalmente, se aplicaron los dispositivos a la detección del moho Aspergillus flavus en muestras reales. En este ensayo, el tiempo de respuesta fue de 30 minutos y se obtuvo una buena sensiblidad (10 µg de A. flavus / 25 g de arroz). Como parte final de la tesis, se presentan las conclusiones generales extraídas a lo largo del trabajo completo junto con los anexos. Puede concluirse que, gracias a las propiedades únicas de los nanotubos de carbono, dichos nanomateriales pueden combinarse con entidades biológicas (como los anticuerpos) para obtener biosensores altamente sensibles y selectivos capaces de detectar bacterias, levaduras y mohos en un tiempo de análisis muy reducido. Como trabajo futuro, se deberán estudiar otros parámetros de calidad de los dispositivos tales como la estabilidad a lo largo del tiempo, la robustez o su reutilización con el fin de contrastarlos con los métodos estándar antes de poder iniciar la comercialización de este tipo de sensores.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. / El Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas del Estado de Chile (SNASPE), administrado por la Corporación Nacional Forestal (CONAF), representa el 20% de la superficie de Chile y cobija al 87% de las especies de fauna vertebrada del país, asumiendo gran importancia en el ámbito de la conservación in situ de fauna endémica y nativa del territorio nacional. Una de las amenazas de importancia para la fauna silvestre es la presencia de enfermedades transmisibles y transmisión de patógenos, los cuales provienen posiblemente de la interacción con animales domésticos y/o introducción de especies exóticas invasoras a las Áreas Silvestres Protegidas (ASP), entre otros factores. Existen diversas investigaciones científicas que dan cuenta de patógenos presentes en fauna silvestre, sin embargo, ninguna que reúna todos estos reportes en un sólo documento. Es por esto que el objetivo del presente estudio es generar un catastro y registro de la distribución de patógenos identificados en mamíferos nativos amenazados de Chile, asociándolos al Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas del Estado. La metodología se llevó a cabo en cuatro etapas: 1) Selección de especies de mamíferos nativos presentes en ASP, que presenten algún grado de amenaza, según su categoría de conservación e importantes dentro de la conservación de la fauna chilena al ser también consideras especies icónicas, 2) Catastro y sistematización de los patógenos identificados en los mamíferos nativos seleccionados, según criterios específicos, 3) Georreferenciación de los patógenos identificados en mamíferos nativos seleccionados, asociando cada registro a la ASP más cercana, y 4) Generación de mapas cartográficos de la presencia de los patógenos identificados por especie. Se recopilaron un total de 135 reportes de patógenos en 10 especies de mamíferos, registrando 41 tipos diferentes de patógenos, asociados a 21 ASP. Los patógenos de mayor relevancia en las especies estudiadas fueron: Corynebacterium pseudotuberculosis en Hippocamelus bisulcus, Mycobacterium avium, susp. paratuberculosis en Pudu pudu y Lama guanicoe, Parvovirus Canino y Virus Distémper Canino en Lycalopex sp., Sarcoptes scabiei en Vicugna vicugna y Virus de la leucemia felina y Virus de la inmunodeficiencia felina en Leopardus guigna, entre otros. La mayoría de los patógenos registrados también se encuentran en animales domésticos, pudiendo sugerir que estos cumplen un rol importante en la persistencia de estos patógenos en las poblaciones de animales silvestres. Se concluye que más estudios son necesarios para comprender mejor la epidemiologia de los patógenos presentes en fauna silvestre y el real efecto e influencia de los animales domésticos sobre la salud en los espacios naturales, pudiendo ser potentes factores que están alterando paulatinamente el normal equilibrio de los ecosistemas y, en consecuencia, la salud y conservación de especies animales silvestres nativas del país / The National System of Protected Wild Areas of the State of Chile (SNASPE), administered by the National Forestry Corporation (CONAF), represents 20% of the The National System of Protected Wild Areas of the State of Chile (SNASPE), the administrator of the National Forestry Corporation (CONAF), represents 20% of the surface of Chile and 87% of the species of vertebrate fauna of the country, assuming great importance in the field of in situ conservation of the endemic and native fauna of the national territory. One of the threats of importance to wildlife is the presence of transmissible diseases and transmission of pathogens, information on the relationships of animals and/or the introduction of invasive exotic species to the Protected Wildlife Areas (ASP), among others. Factors There are numerous scientific investigations that account for pathogens present in wildlife, however, not all of these reports are gathered in a single document. The objective of this study is to generate a cadastre and a register of the distribution of pathogens in the threatened native animals of Chile, associating them with the National System of Protected Wild Areas of the State. The methodology was carried out in four stages: 1) Selection of species of native animals present in ASP, which will be presented in some degree of threat, according to their category of life care services, 2) Cadastre and systematization of the pathogens in the selected native mammals, according to the specific criteria, 3) Georeferencing of the pathogens in the selected native mammals, associating each record in the closest ASP, and 4) Generation of cartographic maps of the presence of pathogens by species. A total of 135 reports of pathogens in 10 mammal species will be collected, recording 41 different types of pathogens, associated with 21 ASPs. The most relevant pathogens in the species studied were: Corynebacterium pseudotuberculosis in Hippocamelus bisulcus, Mycobacterium avium, susp. paratuberculosis in Pudu pudu and Lama guanicoe, Canine Parvovirus and Canine Distemper Virus in Lycalopex sp., Sarcoptes scabiei in Vicugna vicugna and Feline Leukemia Virus and Feline Immunodeficiency Virus in Leopardus guigna, among others. Most of the registered pathogens are also found in domestic animals, which may suggest that they play an important role in the persistence of these pathogens in wild animal populations. It is concluded that more studies are necessary to better understand the epidemiology of pathogens present in wildlife and the real effect and influence of domestic animals on health in natural spaces, being able to be powerful factors that are gradually altering the normal equilibrium of the ecosystems and, consequently, the health and conservation of wild animal species native to the country / Financiamiento: Convenio Favet-Conaf