Resumo: Com o objetivo de ampliar o conhecimento sobre uma coleção de pimentas da Embrapa Roraima, foram realizadas caracterizações morfológica com descritores do IPGRI e molecular com marcadores fAFLP, de 58 acessos de Capsicum chinense. Os resultados da avaliação morfológica detectaram que, 39% dos acessos não se agruparam e entre os mesmos observou-se uma dissimilaridade de até 70%, com 50% de média. A caracterização molecular revelou uma dissimilaridade média de 22,3% entre os acessos levando à conclusão de que há uma pequena variabilidade genética entre os acessos, considerando o genoma como um todo. Os resultados demonstraram que as diferenças morfológicas estariam baseadas apenas em uma parte do genoma das pimentas, focada em características visíveis e mensuráveis pelo ser humano. Por outro lado, a variação observada a partir do DNA genômico por meio do marcador molecular utilizado não foi suficiente para ratificar as diferenças morfológicas observadas. Ambas as formas de caracterizar os acessos foram úteis e necessárias para o conhecimento dos mesmos, revelando informações valiosas para estratégias de conservação e uso das pimentas da Amazônia. / Abstract: In order to raise the knowledge about a pepper collection from Embrapa Roraima, IPGRI morphological descriptors and fAFLP molecular marker were used to characterize 58 acessions of Capsicum chinense, contributing with information about the diversity of those plants. The results of morphological evaluation showed that 39% of the accessions did not group together and it also detected a great dissimilarity among the accessions, reaching values above 70%, with a 50% medium. The molecular characterization showed an average dissimilarity of 22,3%, indicating little genetic variability on the collection evaluated, considering the total genome of the plants. These results demonstrate that variation detected by morphological descriptors would be related to only a small part of pepper genome, focusing on human visible and measurable traits. The variation observed directly on the genome by the molecular marker used was not sufficient to confirm the morphological differences observed among the accessions. Both ways of characterizing the accessions were useful and necessary to their knowledge, revealing valuable information for conservation strategies and the use of amazon peppers. / Orientador: Leila Trevizan Braz / Coorientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria Helena de Souza Goldman / Banca: Arlete Marchi Tavares de Melo / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Doutor