Cette thèse de doctorat met l’emphase sur les défis rencontrés par les patients atteints de maladies rares. Elle est structurée en trois parties, chacune d’entre elles dédiée aux enjeux d’un acteur au cœur de l’Odyssée diagnostique et thérapeutique des patients atteints de maladies rares. La première partie de la thèse s’intéresse au patient et à son réseau social. Le chapitre 1 considère les sources de délai à l’accès au diagnostic, et explore notamment l’effet du capital social sur le délai d’obtention du diagnostic. Le chapitre 2 évoque les externalités négatives sur la santé maternelle d’un diagnostic d’une maladie chronique chez l’enfant. La seconde partie de la thèse est dédiée à l’industrie pharmaceutique et s’intéresse aux décisions d’investissements de R&D ciblant les maladies rares. Le chapitre 3 évalue l’effet causal de l’Orphan Drug Policy sur l’effort de recherche, et le chapitre 4 envisage les inégalités d’allocation des investissements de R&D entre les maladies rares. La partie 3 est dédiée aux décideurs publics et discute des enjeux d’évaluation des bénéfices de l’innovation thérapeutique et de la définition des conditions d’accès à cette innovation. Le chapitre 5 évalue l’effet causal de l’innovation thérapeutique sur la longévité des patients atteints de maladies rares. Le chapitre 6 est une discussion critique relative à l’utilisation d’outils. / This dissertation emphasizes the challenges raised by the management of rare diseases and is structured around three key actors of the diagnostic and therapeutic “odyssey” of patients with rare diseases. Part I is devoted to patients and their social networks. Chapter 1 considers demand-side sources of delay in receiving a diagnosis; Chapter 2 explores the health spillover effects from patients’ health to their direct support structure. Part II considers pharmaceutical firms and examines how firms’ decisions to allocate R&D investment to rare diseases are impacted by innovation policies in rare arenas. Chapter 3 evaluates the causal impact of the EU Orphan Drug policy on R&D efforts in orphan drugs, while Chapter 4 investigates the inequality in allocation of R&D investment within rare diseases. Part III focuses on policymakers and addresses the issues in measuring pharmaceutical innovation benefits along with costs in rare disease arenas, while considering the opportunity cost of healthcare expenditures. Chapter 5 measures the causal impact of pharmaceutical innovation in rare diseases on longevity, while Chapter 6 is a critical discussion of decision-making tools for rational allocation of healthcare resources, and the use of a cost-effectiveness threshold.