Le paludisme demeure un des principaux fardeaux de l'humanité en dépit d'une évolution générale favorable du nombre de cas de paludisme. Les travaux contenus dans cette thèse concernent le déploiement d'une combinaison antipaludique à base de dérivés de l'artémisinine en zone rurale à transmission modérée. Le choix du traitement à adopter doit reposer sur l'évidence, dont la forme la plus aboutie demeure la revue systématique et méta-analyse. Cependant, la présentation des résultats peut être améliorée dans le but de faciliter la prise de décision. En outre pour compléter cette preuve expérimentale, il est nécessaire d’étudier l’utilisation des médicaments en pratique courante, dans une approche de médecine factuelle et d’en effectuer le suivi sur plusieurs années concernant l'efficacité, tolérance, sensibilité in vitro, qualité de la prise en charge, épidémiologie du paludisme.Un programme pilote de prise en charge du paludisme intégré dans le système de santé publique a été mis en place au dispensaire de Mlomp, Sénégal à partir de l’année 2000 : un traitement avec la combinaison artésunate + amodiaquine après confirmation parasitologique (en lieu et place d'un traitement présomptif par mono-thérapie). Ces travaux d'accompagnement de la mise à l'échelle des nouvelles directives de prise en charge du paludisme ont permis d'apporter des éléments pour améliorer la qualité des soins ainsi que permettre une meilleure compréhension des obstacles à la mise en place de la nouvelle stratégie et ses effets sur la santé de la population. / Malaria remains a major health burden for mankind despite trends towards a decrease in the number of cases in most endemic areas. The research summarized in this thesis concerns the deployment of an artemisinin-containing antimalarial drug combination (ACT) in a rural district of moderately intense transmission. The choice of an adapted treatment must be evidence based. Systematic reviews and meta-analysis are considered the most robust form of evidence. However, visual displays should be improved in order to improve decision making.Furthermore, to complement evidence from clinical trials, drugs should be studied when used in real-life conditions and followed-up over time for their efficacy, safety, parasite susceptibility, quality of case management, malaria epidemiology.A pilot programme to change case management modalities was started in 2000 in Mlomp, Senegal. The programme was embedded in the public health system and aimed at replacing the previous policy (single-agent treatment on clinical grounds) with the new policy (ACT for parasitologically confirmed malaria). The work conducted to support the scaling-up of the new policy allows improving case management and provides elements towards a better understanding of obstacles to the deployment of the new strategy and its effects on the health of populations.