Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-29Bitstream added on 2014-06-13T20:53:56Z : No. of bitstreams: 1 fantinatti_bea_me_botib.pdf: 10865336 bytes, checksum: 6b1be1a9d33dbab03cbbf2f59492397e (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B são elementos adicionais encontrados em vários grupos de eucariotos, incluindo plantas, fungos e animais. Apesar de terem sido amplamente estudados, seus mecanismos de origem, evolução e possível função ainda são pouco compreendidos. Para avançar no conhecimento da biologia dos cromossomos B, análises morfológicas e de citogenética clássica e molecular foram conduzidas no peixe ciclideo africano Haplochromis obliquidens, portador de 1 a 2 cromossomos B. As análises de citogenética molecular envolveram a aplicação de hidridação in situ fluorescente (FISH) utilizando como sondas elementos transponíveis, fração genômica contendo DNA altamente repetitivo (СoŁ-1 DNA), genoma total (comparative genomic hybridization - CGH) e cromossomos artificiais bacterianos (BACs) contendo genes/segmentos de DNA da tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus. Os resultados obtidos pelas análises morfológicas mostraram que os animais com cromossomo B apresentam niveis menores de variação em comparação aos animais sem cromossomo B, sugerindo uma possível vantagem adaptativa aos portadores de tais elementos visto que a escolha dos machos pelas fêmeas é de caráter visual. O mapeamento das várias sondas contendo DNA repetitivo evidenciou similaridades entre o cromossomo B e o primeiro par cromossômico, sugerindo sua possível origem a partir deste cromossomo do complemento A. No entanto, uma atenção especial é necessária em relação a esta abordagem, frente ao alto dinamismo evolutivo que governa as regiões cromossômicas ricas em DNAs repetitivos, o que pode gerar interpretações de falsa homologia entre cromossomos / B chromosomes are additional chromosomal elements found in a diversity of eukaryote groups from fungi to animais. Despite B chromosomes have been widely studied, their mechanisms of origin, evolution and possible function are still remaining to be clearly understood. To advance in the knowledge of B chromosome biology, morphological analysis, classical and molecular cytogenetic analysis based on fluorescent in situ hybridization (FISH) with transposable elements, repeated DNA genomic fraction (Cot-1 DNA), whole genome probes (comparative genomic hybridization - CGH) and BAC clones from Oreochromis niloticus were conducted in the cichlid fish Haplochromis obliquidens which harbor 1 to 2 B chromosomes. The results obtained evidences that the 1B animals present less morphological variation compared to the OB animals the mapping of several probes containing repeated DNAs evidence similarities between the B chromosome and the 1st chromosome pair suggesting its possible origin from this A chromosome. On the other hand, a special attention must be exercised because the high evolutionary dynamism that rules the chromosomal regions harboring repeatede DNA clusters may generate a false idea of homology between chromosomes

Orientador: Cesar Martins / Banca: Luciana Lourenço / Banca: Marcelo Vicari / Resumo: Cromossomos B são elementos adicionais encontrados em vários grupos de eucariotos, incluindo plantas, fungos e animais. Apesar de terem sido amplamente estudados, seus mecanismos de origem, evolução e possível função ainda são pouco compreendidos. Para avançar no conhecimento da biologia dos cromossomos B, análises morfológicas e de citogenética clássica e molecular foram conduzidas no peixe ciclideo africano Haplochromis obliquidens, portador de 1 a 2 cromossomos B. As análises de citogenética molecular envolveram a aplicação de hidridação in situ fluorescente (FISH) utilizando como sondas elementos transponíveis, fração genômica contendo DNA altamente repetitivo (СoŁ-1 DNA), genoma total (comparative genomic hybridization - CGH) e cromossomos artificiais bacterianos (BACs) contendo genes/segmentos de DNA da tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus. Os resultados obtidos pelas análises morfológicas mostraram que os animais com cromossomo B apresentam niveis menores de variação em comparação aos animais sem cromossomo B, sugerindo uma possível vantagem adaptativa aos portadores de tais elementos visto que a escolha dos machos pelas fêmeas é de caráter visual. O mapeamento das várias sondas contendo DNA repetitivo evidenciou similaridades entre o cromossomo B e o primeiro par cromossômico, sugerindo sua possível origem a partir deste cromossomo do complemento A. No entanto, uma atenção especial é necessária em relação a esta abordagem, frente ao alto dinamismo evolutivo que governa as regiões cromossômicas ricas em DNAs repetitivos, o que pode gerar interpretações de falsa homologia entre cromossomos / Abstract: B chromosomes are additional chromosomal elements found in a diversity of eukaryote groups from fungi to animais. Despite B chromosomes have been widely studied, their mechanisms of origin, evolution and possible function are still remaining to be clearly understood. To advance in the knowledge of B chromosome biology, morphological analysis, classical and molecular cytogenetic analysis based on fluorescent in situ hybridization (FISH) with transposable elements, repeated DNA genomic fraction (Cot-1 DNA), whole genome probes (comparative genomic hybridization - CGH) and BAC clones from Oreochromis niloticus were conducted in the cichlid fish Haplochromis obliquidens which harbor 1 to 2 B chromosomes. The results obtained evidences that the 1B animals present less morphological variation compared to the OB animals the mapping of several probes containing repeated DNAs evidence similarities between the B chromosome and the 1st chromosome pair suggesting its possible origin from this A chromosome. On the other hand, a special attention must be exercised because the high evolutionary dynamism that rules the chromosomal regions harboring repeatede DNA clusters may generate a false idea of homology between chromosomes / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-25Bitstream added on 2014-06-13T20:33:47Z : No. of bitstreams: 1 melo_bf_me_botib.pdf: 659115 bytes, checksum: d3257e8cc3843a61dc7ce69cb51f1e93 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Rio São Francisco forma uma das maiores bacias hidrográficas sulamericanas e vem sofrendo grandes impactos causados por ações antrópicas. A bacia conta com uma rica fauna de peixes, muitos de elevada importância para a pesca comercial e de subsistência. O estado de Minas Gerais apresenta uma importante indústria pesqueira e a região de Três Marias representa a zona mais produtiva na bacia do São Francisco. Nesta região, duas espécies de peixes são encontradas abundantemente: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), responsável por até 50% do pescado, sendo a espécie de maior porte da família Prochilodontidae com alguns indivíduos alcançando 15 kg, e Prochilodus costatus (curimatã-pioa) que possui um importante papel ecológico e para a pesca de subsistência. Estudos prévios sugerem a existência de diferentes populações de P. argenteus na região de Três Marias e de apenas uma população de P. costatus na mesma área. No entanto, os níveis de estruturação e os padrões de migração das espécies não foram testados utilizando indivíduos pertencentes aos tributários de todo o médio São Francisco. No presente estudo, duas hipóteses foram testadas: (i) os peixes que nascem nas lagoas marginais dos tributários vivem, preferencialmente nesses próprios tributários, não migrando para o leito do São Francisco; (ii) os peixes que nascem nas lagoas dos tributários migram preferencialmente para o leito do São Francisco no período de alimentação, retornando aleatoriamente ou não para os tributários durante o período de reprodução. Nove amostragens de P. argenteus com um total de 273 espécimes e cinco de P. costatus com 156 espécimes foram coletadas em todo o médio São Francisco em dois períodos, chuvoso e seco. Utilizamos seis loci microssatélites altamente polimórficos e os resultados indicaram... / The São Francisco is one of the largest South America river basin and has suffered large impacts caused by human actions. The basin has a rich fish fauna, many of great importance for commercial fishing and for subsistence. The Minas Gerais State has a strong fishery activity and the Três Marias region is the most productive fishing region in the São Francisco basin. In this region, two fish species are abundantly found: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), representing almost 50% of the total catch, being the largest member of the Prochilodontidae family sometimes reaching a body weight of 15 kg and P. costatus (curimatã-pioa) that has an important ecological role and for subsistence fishing. Previous studies suggest the existence of distinct populations of P. argenteus and only one population of P. costatus in the Três Marias region. However, the structuring levels and migration patterns were not tested using individuals from tributaries of the middle São Francisco. Here we tested two hypotheses: (i) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries live preferably in these tributaries; (ii) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries preferentially migrate downstream to the main stream of the São Francisco River in the feeding season, returning upstream randomly or not to the tributaries for reproduction. Nine populations of P. argenteus with 273 specimens and five populations of P. costatus with 156 specimens were collected throughout middle São Francisco in the rainy and dry seasons. We used six highly polymorphic microsatellite loci and the results indicated high levels of variability within populations for both species. Additionally, low values of population differentiation were detected in P. argenteus (FST = 0,008, P < 0,008) and P. costatus (FST = 0,031, P < 0,008) with high values... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: O pacu Piaractus mesopotamicus é considerado uma das mais importantes espécies de peixe cultivadas no Brasil. Apesar desta representatividade, esta espécie possui poucas informações genéticas disponíveis, principalmente em relação à resistência às enfermidades. A infecção por Aeromonas hydrophila é responsável por grandes prejuízos econômicos na produção de pacu. Experimentos de desafio, baseados em testes de sobrevivência por exposição dos organismos a patógenos específicos, têm sido realizados para buscar estimativas confiáveis para seleção de famílias geneticamente resistentes às enfermidades. Portanto, os principais objetivos deste estudo foram: 1) avaliar a herdabilidade de resistência do pacu à infecção por A. hydrophila; 2) caracterizar a arquitetura genética com a identificação de QTLs (Quantitative Trait Loci) relacionados com resistência à A. hydrophila, por meio de sequenciamento/genotipagem de SNPs (RAD-Seq, restriction site associated DNA sequencing); 3) caracterizar genes do sistema imune, por meio de sequenciamento RNA-Seq, de indivíduos de pacu submetidos ao desafio de resistência à A. hydrophila. Moderados valores de herdabilidade foram encontrados para sobrevivência e tempo de morte, indicando que a resistência contra A. hydrophila em pacu pode ser melhorada por programas de melhoramento genético. 17.453 SNPs foram identificados pela técnica RAD-Seq, para investigar a arquitetura genética da resistência à infecção por A. hydrophila pelo estudo de associação ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Pacu Piaractus mesopotamicus is considered one of the most important cultivated fish species from Brazil. Despite this representativeness, few genetic information is available for P. mesopotamicus, especially regarding disease resistance. Aeromonas hydrophila infection is responsible for major economic losses in P. mesopotamicus production. Challenge experiments have been performed to evaluate reliable estimates on selection of families genetically resistant to diseases. Therefore, the main objectives of this study were: 1) evaluate the resistance heritability in 36 P. mesopotamicus families subjected to A. hydrophila challenge; 2) characterize the genetic architecture identifying QTLs (Quantitative Trait Loci) related to A. hydrophila resistance by SNP sequencing / genotyping; 3) characterize genes belonging to immune system of individuals submitted to the disease resistance challenge, by transcriptome analysis (RNA-Seq). Moderate heritability values were found for survival rate and time of death, indicating that resistance against A. hydrophila in P. mesopotamicus can be improved by breeding programs. 17,453 SNPs were identified by RAD-Seq technique to investigate the genetic architecture of resistance to A. hydrophila. When a linkage map was constructed, the length of linkage groups (27 linkage groups) varied from 79.95 (LG 14) to 137.01 (LG 1) cM, with a total integrated map length of 2,755.60 cM. 22 QTLs in 17 LGs associated with A. hydrophila resistance suggested a poly... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor