Submitted by Nadir Basilio (nadirsb@uninove.br) on 2015-07-20T17:18:11Z No. of bitstreams: 1 Camille de la Cruz Lui.pdf: 2086241 bytes, checksum: 75ab05b8f15dc9046a3907a69abcc137 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-20T17:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Camille de la Cruz Lui.pdf: 2086241 bytes, checksum: 75ab05b8f15dc9046a3907a69abcc137 (MD5) Previous issue date: 2014-11-14 / The supply chain in the public or private educational institutions, focused on laboratory diagnosis in the health area should be managed according to standards of quality and relevant to biosafety laws. The cost and the optimization of the use of these materials is an important factor in health centers or diagnostic organizations, taking into account the reverse logistics leftover of packages of sterile supplies for improvement in sustainability. A health organization integrates as subsystem to serve the needs of inputs (consumption materials) and equipment (permanent material). These activities are complex and demand a specific mix of inputs, layered on a supply chain that incorporates sequences of actions defined for the generation of their products or procedures. The Supply Chain encompasses all activities related to the flux and transformation through which the product passes, since the raw materials to the final consumer. With the growing concern about the environment and the competitive nature of the market, the importance of the reverse flow of materials and products, has been taking larger proportions. The management of this reverse path of these materials, when compared to the direct flow of the supply chain, is called reverse logistics. The nosocomial infection affects around the world and is one of the causes of death in hospitalized patients, the sensitivity tests are shown to any microorganism that causes an infectious process requiring antimicrobial therapy. The preparation of the Petri dishes for antibiogram tests involves the use of sterile materials, which are often not fully utilized in a laboratory. This loss of leftover material is a break in the supply of an educational institution or diagnostic laboratory chain. The overall goal of this work is to identify how reverse logistics practices can influence the cost savings of a laboratory of an Institution of Higher Education (IHE), with the use of ionizing radiation treatment on plastic materials for sterile use, since after the package is opened and the no use of all the units of their content, makes it impossible to application of these materials in good condition, as the Petri dishes in microbiological testing in laboratories. / A cadeia de suprimentos nas instituições de ensino públicas ou privadas, voltadas para o diagnóstico laboratorial na área de saúde, deve ser gerenciada seguindo normas de qualidade e legislações pertinentes à biossegurança. O custo e a otimização do uso desses materiais é um fator importante nas organizações de saúde ou centros de diagnóstico, levando-se em consideração a logística reversa de sobras das embalagens de materiais estéreis para melhoria na sustentabilidade. Uma organização de saúde integra-se como subsistema para atender as necessidades de insumos (materiais de consumo) e de equipamentos (materiais permanentes). Essas atividades são complexas, e demanda um mix específico de insumos, assentadas sobre uma cadeia produtiva que incorpora sequências de ações definidas para a geração de seus produtos ou procedimentos. A Cadeia de Suprimentos ou Supply Chain compreende todas as atividades ligadas ao fluxo e à transformação pela qual um produto passa, desde a matéria-prima até o consumidor final. Com a crescente preocupação com o meio ambiente e a natureza competitiva do mercado, a importância do fluxo inverso de materiais e produtos, vem tomando maiores proporções. O gerenciamento desse caminho inverso dos materiais, quando comparado ao fluxo direto da cadeia de suprimentos, é chamado de logística reversa. A infecção hospitalar atinge o mundo todo e representa uma das causas de morte em pacientes hospitalizados, os testes de sensibilidade são indicados para qualquer microrganismo que cause um processo infeccioso que requeira terapia antimicrobiana. O preparo de placas de Petri para testes de antibiograma envolve a utilização de materiais estéreis, que muitas vezes não são utilizados na sua totalidade em um laboratório. Essa perda do material de sobra é uma quebra na cadeia de suprimentos de uma instituição de ensino ou laboratório de diagnóstico. O objetivo geral deste trabalho é identificar como práticas de logística reversa podem influenciar na redução de custos de um laboratório de uma Instituição de Ensino Superior (IES), com o emprego do tratamento por radiação ionizante em materiais plásticos para uso estéril, uma vez que após a abertura da embalagem e o não uso da totalidade das unidades de seu conteúdo, inviabiliza a aplicação destes materiais em bom estado, como as placas de Petri, em testes microbiológicos nos laboratórios.

Due to massive expansion of the mass spectrometry and constant price growth of the human labour the optimalisation of the microbial samples preparation comes into question. This master thesis deals with design and implementation of a machine learning algorithm for segmentation of images of microbial colonies cultivated on Petri dishes. This algorithm is going to be a part of a controlling software of a MBT Pathfinder device developed by the company Bruker s. r. o. that automates the process of smearing microbial colonies onto a MALDI target plates. In terms of this thesis a several models of neural networks based on the UNet, UNet++ and ENet architecture were implemented. Based on a number of experiments investigating various configurations of the networks and pre-processing of the training datatset there was chosen an ENet model with quadruplet filter count and additional convolutional block of the encoder trained on a dataset pre-processed with round mask.

The thesis describe issue of segmentation and classification of Petri dishes colored images. There is proposed a segmentation method that extracts positions of cells from the image. Another techniques focues on classification to groups according to the parameters obtained from images. Reliability of each optimalized algorithm is tested on database containing 250 colored images received from company BioVendor Instruents a.s.

The aim of this research is to explore the influence of magnetic field on early somatic embryos (ESEs) of spruce and pine. The magnetic field is gradual. This is important for the experiment, each cluster of ESE was exposed to magnetic field of different intensity. The resulting report of this experiment consists of the comparison between various methods of image analysis and the difference in growth of ESEs due to different exposure to magnetic field and surrounding temperature. Enclosed is a proposal of ESE size computing algorithm from a given image.

This master thesis deals with image processing of Petri dishes. The first part is about terms and procedures in laboratory practice. The following part is about devices and algorithms for image analysis of Petri dishes. The second part is about draft and implementation of own colony counting application, which was developed in cooperation with the microbiological laboratory. The application is developed for mobile devices running Android OS. The master thesis also includes the design and creation of two lighting units, which uses as an accessory for better results in the analysis of Petri dishes. In conclusion are presented results, compared lighting units and various types of mobile devices, on which the application was tested.

O fósforo (P) é um nutriente essencial para o crescimento das plantas. Milhões de toneladas de P são aplicados aos solos anualmente. No entanto, apenas uma pequena fração do P aplicado com fertilizantes é aproveitada nas lavouras no ano de aplicação, bem como a eficácia do fertilizante fosfatado diminui com o tempo. Para melhorar a nossa compreensão dos mecanismos, a esta resposta do P no campo, este trabalho visa estudar a migração desse elemento em solos tropicais brasileiros (Latossolo vermelho e Latossolo amarelo) tratados com três tipos de fertilizantes: fosfato monoamônico (MAP), o polímero revestido de fosfato monoamônio (MAPP) e fosfato organomineral (OMP) em um experimento de placa de Petri. Fluorescência de Raios X por Reflexão Total (TXRF) foi usada para determinar o fluxo difusivo P a distâncias radiais diferentes (entre 0 e 7,5 mm, entre 7,5 e 13,5 mm, 13,5 e 25,5 mm e entre 25,5 e 43 mm) a partir do grânulo de fertilizante. As análises usando TXRF foram realizadas no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), em Campinas, São Paulo, na linha de Fluorescência de Raios X (Beamline D09B). Depois de um período de cinco semanas, a concentração total de P, Ca e Al foram obtidas e comparadas analisando o tipo de solo/textura, o pH e o respectivo extrator de P, que nesse estudo foram usados o Mehlich 1 e água régia. De forma geral, concluiu-se que 80,0 % de fósforo proveniente dos fertilizantes usados nessa proposta ficaram concentrados em distâncias menores que 10 mm do ponto de aplicação dos fertilizantes, independentemente do tipo de solo, do pH e da respectiva textura. Em relação à utilização da técnica TXRF, o sistema foi eficiente, dentre outras características, na discriminação dos picos de fósforo dos picos de enxofre, principalmente nas amostras de solo usadas a partir da extração com Mehlich 1. Destaca-se isso, pois os raios X característicos desses elementos são muitos próximos. / Phosphorus is an essential nutrient for plant growth. Million of tones of P are applied to the soils annually. However, only a small fraction of the P applied with fertilizers is taken up by crops in the year of application, and the effectiveness of any residual P fertilizer declines with time. To improve our understanding of the mechanisms underlying this response to P in the field, this work aims to study the migration of this element in Brazilian tropical soils (red and yellow Oxisol) treated with three types of fertilizers: monoammonium phosphate (MAP), polymer coated monoammonium phosphate (MAPp) and Organomineral phosphate (OMP) in a Petri dish experiment. Total Reflection X-Ray Fluorescence (TXRF) was used to determine the P diffusive flux at different distances (0 - 7.5, 7.5 13.5, 13.5 25.5 and 25.5 43 mm) from granular fertilizer. TXRF analyses were performed at the X-Ray Fluorescence Beamline D09B at Brazilian National Synchrotron Light Laboratory (LNLS), in Campinas, São Paulo. After a period of five weeks, the total concentration of P, Ca and Al were obtained and compared by analyzing the type/soil texture, pH, and the respective extractor P, this study used the Mehlich 1 and aqua regia . In general, it was found that 80.0 % of phosphorus from the fertilizer used in this proposal were concentrated in distances smaller than 10 mm from the point of application of fertilizers , regardless of the soil type , pH, and its texture. Regarding the use of TXRF technique , the system was efficient , among other features , the breakdown of phosphorus peaks of the sulfur peaks , especially in the soil samples used from the extraction with Mehlich 1. It is noteworthy that, as the rays X characteristic of these elements are very close.

O fósforo (P) é um nutriente essencial para o crescimento das plantas. Milhões de toneladas de P são aplicados aos solos anualmente. No entanto, apenas uma pequena fração do P aplicado com fertilizantes é aproveitada nas lavouras no ano de aplicação, bem como a eficácia do fertilizante fosfatado diminui com o tempo. Para melhorar a nossa compreensão dos mecanismos, a esta resposta do P no campo, este trabalho visa estudar a migração desse elemento em solos tropicais brasileiros (Latossolo vermelho e Latossolo amarelo) tratados com três tipos de fertilizantes: fosfato monoamônico (MAP), o polímero revestido de fosfato monoamônio (MAPP) e fosfato organomineral (OMP) em um experimento de placa de Petri. Fluorescência de Raios X por Reflexão Total (TXRF) foi usada para determinar o fluxo difusivo P a distâncias radiais diferentes (entre 0 e 7,5 mm, entre 7,5 e 13,5 mm, 13,5 e 25,5 mm e entre 25,5 e 43 mm) a partir do grânulo de fertilizante. As análises usando TXRF foram realizadas no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), em Campinas, São Paulo, na linha de Fluorescência de Raios X (Beamline D09B). Depois de um período de cinco semanas, a concentração total de P, Ca e Al foram obtidas e comparadas analisando o tipo de solo/textura, o pH e o respectivo extrator de P, que nesse estudo foram usados o Mehlich 1 e água régia. De forma geral, concluiu-se que 80,0 % de fósforo proveniente dos fertilizantes usados nessa proposta ficaram concentrados em distâncias menores que 10 mm do ponto de aplicação dos fertilizantes, independentemente do tipo de solo, do pH e da respectiva textura. Em relação à utilização da técnica TXRF, o sistema foi eficiente, dentre outras características, na discriminação dos picos de fósforo dos picos de enxofre, principalmente nas amostras de solo usadas a partir da extração com Mehlich 1. Destaca-se isso, pois os raios X característicos desses elementos são muitos próximos. / Phosphorus is an essential nutrient for plant growth. Million of tones of P are applied to the soils annually. However, only a small fraction of the P applied with fertilizers is taken up by crops in the year of application, and the effectiveness of any residual P fertilizer declines with time. To improve our understanding of the mechanisms underlying this response to P in the field, this work aims to study the migration of this element in Brazilian tropical soils (red and yellow Oxisol) treated with three types of fertilizers: monoammonium phosphate (MAP), polymer coated monoammonium phosphate (MAPp) and Organomineral phosphate (OMP) in a Petri dish experiment. Total Reflection X-Ray Fluorescence (TXRF) was used to determine the P diffusive flux at different distances (0 - 7.5, 7.5 13.5, 13.5 25.5 and 25.5 43 mm) from granular fertilizer. TXRF analyses were performed at the X-Ray Fluorescence Beamline D09B at Brazilian National Synchrotron Light Laboratory (LNLS), in Campinas, São Paulo. After a period of five weeks, the total concentration of P, Ca and Al were obtained and compared by analyzing the type/soil texture, pH, and the respective extractor P, this study used the Mehlich 1 and aqua regia . In general, it was found that 80.0 % of phosphorus from the fertilizer used in this proposal were concentrated in distances smaller than 10 mm from the point of application of fertilizers , regardless of the soil type , pH, and its texture. Regarding the use of TXRF technique , the system was efficient , among other features , the breakdown of phosphorus peaks of the sulfur peaks , especially in the soil samples used from the extraction with Mehlich 1. It is noteworthy that, as the rays X characteristic of these elements are very close.