L’Ordovicien (485-443 Ma) a été témoin de changement majeurs au niveau de la biodiversité marine, tel que la « Grande Biodiversification Ordovicienne » (GOBE), mais aussi la première des cinq grande extinctions de masse lié à la glaciation de l’Hirnantien (env. 444 Ma), mais de nouvelles évidence tel que des isotopes stables, la stratigraphie séquentielle, les provinces planctoniques et les modélisations climatiques suggèrent que ce refroidissement global aurait commencé bien plus tôt que ce que l’on pensait, pendant l’Ordovicien Inférieur-Moyen. Mais ces études ne sont pas concluantes par elles-mêmes.Le but de cette étude est donc (1) de trouver des preuves supplémentaires d’une période glaciaire pré-Hirnantienne, en se concentrant sur la période la plus ancienne suggérée c.à.d. le Floien (Arénig inférieur-moyen), supposé coïncider avec le début de la GOBE, et (2) tester si les chitinozoaires peuvent être utilisé comme outil pour détecter les variations climatique de l’Ordovicien.Nous avons d’abord utilisé les chitinozoaires pour déterminer la nature d’alternances marno-calcaires de l’Ordovicien dans la région d’Oslo Asker, la plus vieille formation étudiée étant d’âge Arénig tardif, mais nous n’avons pas pu exclure une origine potentiellement diagénétique de ces dépôts. Deuxièmement, une biostratigraphie des chitinozoaires a été établie pour l’Arénig type au Pays de Galles pour observer la répartition spatiale des espèces-clés. En comparant le Trémadoc à l’Arénig, une augmentation du provincialisme est observée. / The Ordovician (485-443 Ma) witnessed major changes in biodiversity including ‘the Great Ordovician Biodiversification Event’ (GOBE), but also the first of the “Big Five” mass extinction events, related to the End Ordovician glaciation. It was long thought to be a greenhouse period, with a short glaciation during the Hirnantian (c. 444 Ma) but recent evidence based on stable isotopes, sequence stratigraphy, plankton provinces and climate models, suggests that this global cooling and the onset of the “Early Palaeozoic Icehouse” may have started much earlier than previously assumed, during the Early-Middle Ordovician. However, each of these methods is inconclusive on its own. The aim of this study is (1) to find additional evidence for pre-Hirnantian glaciations, focusing on the earliest of the suggested phases of cooling, i.e., in the Floian (early-middle Arenig), assumed to coincide with the onset of the GOBE, and (2) to test if we can apply chitinozoan micropaleontology as a proxy to detect climate variations during the Ordovician.We first used palynology to test for the primary nature of Ordovician limestone-mudstone alternations in the Oslo-Asker area, the oldest one of these of Arenig age, but could not exclude a potential diagenetic origin for these deposits. Secondly, we built a chitinozoan-biostratigraphic framework for the type Arenig in Wales to get a better understanding about the spatial distribution of key taxa through the interval; comparing the Tremadoc to the Arenig, an increased provincialism was observed across the globe. Thirdly, new chitinozoan data from the near field in Morocco serve to constrain an erosional event potentially related to glacioeustasy.

Le biofilm est à l’origine d’infections nosocomiales et d’intoxications alimentaires dans les secteurs alimentaire et hospitalier. Les bactéries structurées en biofilm peuvent se détacher et coloniser de nouvelles surfaces. Le risque microbiologique associé aux bactéries détachées de biofilm est peu étudié. Les travaux de thèse ont concerné, l’étude de l’effet des conditions de croissance sur les propriétés physicochimiques de surface de Staphylococcus aureus et Pseudomonas aeruginosa sous leurs formes détachées de biofilm et planctoniques, ainsi que leurs adhésion sur l'acier inoxydable (SS) et le polycarbonate (PC). Le pouvoir pathogène des deux populations bactériennes a été étudié. Les résultats ont montré que les conditions et le mode de croissance influencent les propriétés de surface et par conséquent l’adhésion de S. aureus et P. aeruginosa sur le SS et le PC. De plus, la température de croissance, le type de surface et l’âge physiologique des bactéries influencent significativement leur production des facteurs de virulence et leur cytotoxicité envers les cellules HeLa. Dans un deuxième temps, l'effet de température de croissance sur la résistance des cellules détachées de biofilm et planctoniques au chlorure de benzalkonium (BAC) a été évalué. Pour comprendre les mécanismes de résistance à l’échelle cellulaire, les lésions des membranes bactériennes associées au BAC ont été suivies par l’efflux des ions K+ intracellulaires. En outre, la fluidité membranaire de deux populations bactériennes a été caractérisée à travers l'étude de profils d'acides gras membranaires. Les résultats ont montré que la résistance au BAC dépend de la température et de l’état physiologique des bactéries. / The biofilm formation in food and medical sectors represents a significant source of foodborne and nosocomial diseases. Bacteria structured in biofilm can detach and colonize new surfaces. The microbiological risk associated with biofilm-detached bacteria is poorly studied. On one hand, the thesis concerned the study of growth conditions effect on the bacterial surface physicochemical properties as well as the adhesion of Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa biofilm-detached and planktonic cells to stainless steel (SS) and polycarbonate (PC). The pathogenicity of both bacterial populations has also been studied. The results showed that the conditions and the mode of growth influence the surface properties and consequently the adhesion of S. aureus and P. aeruginosa on the SS and the PC. In addition, growth temperature, surface type and physiological age of bacterial cells significantly influence their production of virulence factors and their cytotoxicity towards HeLa cells. On the other hand, the effect of growth temperature on the resistance of biofilm-detached and planktonic cells to benzalkonium chloride (BAC) was assessed. In order to understand the mechanisms of resistance at the cellular level, bacterial membrane damage associated with BAC was assessed by the efflux of intracellular K+ ions. In addition, the membrane fluidity of bacterial populations was characterized through the study of membrane fatty acid profiles. The results showed that resistance to BAC depends on the temperature and physiological state of the studied bacteria.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Lorsqu'un biofilm se développe dans des conditions statiques, deux populations, sessiles et planctoniques, coexistent et peuvent échanger des cellules. Cependant, l'immigration de cellules planctoniques dans un biofilm n'a, jusqu'à présent, fait l'objet que de peu d'études dans le cas d'un biofilm monoespèce. Chez B. cereus, un pathogène alimentaire, notre équipe a récemment montré que des bactéries planctoniques mobiles peuvent pénétrer en profondeur à l'intérieur d'un biofilm formé en immersion. L'objectif du présent travail était, en partant de ces données, de déterminer le rôle du recrutement dans le développement du biofilm formé en interface air-liquide, et de caractériser ce processus d’un point de vue physiologique et moléculaire. Nous avons montré que la population planctonique est massivement recrutée par le biofilm, mais que, dans nos conditions expérimentales, ce recrutement ne contribue que de façon marginale à la croissance du biofilm. Nous avons mis au point deux dispositifs expérimentaux (en interface air-liquide et en immersion) permettant de quantifier le recrutement, ce qui nous a permis de cribler une banque de mutants, obtenue par mutagenèse aléatoire, pour sélectionner des clones inaptes à être recrutés. Le criblage de 1700 clones a abouti à la sélection d'un gène: Bthur002_62720. La délétion de ce gène par échange allélique affecte fortement la capacité du mutant à être recruté, et la complémentation rétablit le phénotype sauvage. Ce gène code pour une protéine probablement localisée dans l'enveloppe bactérienne. Il est porté par un plasmide, pCT8513, et pourrait être un élément mobile dont l'acquisition augmenterait fortement la capacité de la bactérie réceptrice à être recrutée par un biofilm. Enfin, nous avons mis en évidence le rôle du locus eps dans le recrutement des cellules planctoniques par un biofilm formé en interface air-liquide. Ce locus est homologue du locus epsA-O de Bacillus subtilis, requis chez cette espèce pour la production des exopolysaccharides de la matrice du biofilm. Chez B. cereus, nous avons montré que le locus eps est impliqué dans la formation d’une gaine d’exopolysaccharides faiblement liée à la paroi bactérienne. Cette couche d'exopolysaccharides contribue, avec d'autres exopolysaccharides d'origine inconnue, à la formation de la matrice du biofilm, et joue un rôle important dans l'adhésion de la bactérie sur des surfaces inertes et vivantes. En favorisant l'adhésion de la bactérie sur des surfaces vivantes, le locus eps pourrait faciliter son intégration dans le biofilm. Il pourrait également être impliqué dans le pouvoir pathogène de la bactérie. / When biofilm is developing in static conditions, cell exchanges between sessile and planktonic coexisting population can emerge. Up to now, very few are known about the implication of planktonic cells integration in monospecies biofilm development. in B. cereus, a foodborne pathogen, our team have shown that motility is a key factor for biofilm development and for the deep penetration of motile planktonic bacteria inside a biofilm formed in immersed condition. Based on these data, the purpose of the present work was to determine the role of recruitment in the development of biofilm in air-liquid interface and to characterize this phenomenon physiologically and in a molecular aspect. We showed that a massive planktonic population is integrated in the developing biofilm, however, in our experimental conditions this recruitment contributes only marginally to the biofilm growth. We have developed two recruitment systems (in air-liquid interface and in immersion condition), to quantify recruitment, which has allowed us to screen a library of mutants obtained by random mutagenesis in order to select clones unable to be recruited by a preformed biofilm. Screening of 1700 clones resulted in the selection of a gene: Bthur002_62720. The deletion of this gene by allelic exchange strongly affects the ability of the mutant to be recruited, and complementation restored the wild type phenotype. This gene encodes a protein probably localized in the bacterial envelope. It is carried by a plasmid, pCT8513, and could be a mobile element whose acquisition would greatly increase the ability of the recipient bacterium to be recruited by a biofilm. Finally, we have highlighted the role of the eps locus in the recruitment of planktonic cells in a biofilm formed at air-liquid interface. This locus is homologous to Bacillus subtilis epsA-O locus, required in this species for the production of exopolysaccharides of the biofilm matrix. In B. cereus, we have shown that the eps locus is involved in the formation of an exopolysaccharides sheath weakly bound to the bacterial cell wall. This exopolysaccharides layer contributes with other exopolysaccharides of unknown origin, to the formation of the biofilm matrix, and plays an important role in the adhesion of bacteria on inanimate and living surfaces.By promoting bacterial adhesion on living surfaces; the eps locus could help bacteria integration into the biofilm. It could also be involved in the pathogenicity of bacteria.

Cette étude a utilisé une approche interdisciplinaire pour évaluer les effets de l'acidification de l'océan sur des ptéropodes et les foraminifères Méditerranéennes. Une comparaison d'échantillons conservés et modernes de 2 espèces de ptéropodes a été réalisée pour étudier les effets du pH sur les propriétés de la coquille. Des populations de ptéropodes ont également été analysées à l'aide des données de séries temporelles. Pour permettre l'amélioration de futures expériences de perturbation, une revue collaborative des techniques de culture de ptéropodes a été produite. Enfin, le foraminifère O. universa a été cultivé dans des conditions de pH et de [CO32-] découplés pour évaluer les effets des changements dans la chimie du carbonate sur la composition en bore et le ?11B. Les coquilles des échantillons conservés de ptéropodes étaient plus épaisses que celles collectées en 2012 et les coquilles de C. inflexa recueillies en 1910 étaient nettement plus denses que celles de 2012, probablement en raison d'un effet de pH. Les abondances de ptéropodes ont montré une tendance croissante entre 1967-2003 et se sont révélées être influencées par les changements de température interannuelles, sans que des changements dans les propriétés des coquilles n'ai eu d'impacts négatifs. Lors de la dernière étude le pH était le seul paramètre du système de carbonate a affecter le ?11Bde la calcite de O. universa. Le B/Ca a diminué avec la diminution du [CO23-] à pH constant mais n'a pas montré de tendance cohérente avec une [CO23-] constant et un pH variable. Au lieu de cela, une étroite corrélation entre les B / Ca et [HCO3-] suggérant que le bore est contrôlé par la [HCO3-]. / This study used an interdisciplinary approach to assess the effects of ocean acidification on Mediterranean pteropods and foraminifers. A comparison of museum and modern samples of two pteropod species investigated the effects of pH on shell properties. Pteropod populations were analysed using time series data. To improve future perturbation experiments, a collaborative review of pteropod culture techniques was produced. Finally, the foraminifer O. universa was cultured under decoupled pH and [CO32-] to assess the effects of changes in the carbonate chemistry on boron incorporation and isotope fractionation. Museum pteropod samples were thicker than shells from 2012 and C. inflexa shells collected in 1910 were significantly denser than those from 2012, possibly due to a pH effect. Pteropod abundances displayed an increasing trend between 1967-2003 and are influenced by inter- annual temperature changes, with no sign of the observed changes in shell properties having had negative impacts. pH was the sole parameter of the carbonate system that affected the δ11B of O. universa calcite. The B/Ca ratio decreased with decreasing [CO32-] at constant pH but did not show consistent trends at constant [CO32-] and varying pH. Instead, a close correlation of B/Ca ratios and [HCO3-] was observed suggesting that boron is controlled by the [HCO3-].

Cinq carottes de la Méditerranée occidentale ont fait l’objet des approches multidisciplinaires basées essentiellement sur l'analyse des dinokystes, des foraminifères planctoniques et des isotopes afin d'identifier et préciser l'évolution climatique de ce bassin. L'ensemble de l'Holocène correspond au maximum de développement des dinokystes S. mirabilis et I. aculeatum et des foraminifères planctoniques G. inflata et G. ruber tandis que les épisodes froids sont caractérisés par la présence de Nematosphaeropsis labyrinthus et a un degré moindre de Spiniferites elongatus. Si dans la proximité du détroit de Gibraltar il est possible de distinguer les évènements de Heinrich du Maximum Glaciaire (LGM) cette distinction est moins évidente en se dirigeant vers l’Est. Au contraire le Younger Dryas s’exprime de façon identique sur l'ensemble du bassin occidental et se caractérise par le développement optimal de N. labyrinthus s’accompagnant d’après les fonctions de transfert dinos d’une baisse importante de la salinité. Cet épisode est marqué aussi par des concentrations maximales de dinokystes remarquablement corrélées à une augmentation du ?13C de G. bulloides. Cette augmentation de la productivité primaire au Dryas Récent est à relier à l’intensification des échanges Méditerranée-Atlantique. Par opposition, l'Holocène inférieur montre une baisse de la productivité primaire en Méditerranée occidentale contemporaine de la mise en place du sapropéle S1 dans le bassin oriental. Comme dans l'océan Atlantique, le refroidissement du "8.2 event" est clairement observée en Méditerranée occidentale ainsi que trois autres épisodes correspondant à ~9,3 ka; ~7 ka et ~2,7 ka cal. BP. / A multidisciplinary approach is occurred on five western Mediterranean cores based on dinocysts, planktonic foraminifera and isotopes to identify the climatic evolution of this region. The Holocene correspond to the maximal development of dinocysts S. mirabis and I. aculeatum and planktonic foraminifera G. inflata and G. ruber but the cold periods are characterised by the presence of N. labyrinthus and Spiniferites elongatus. The microfaunistic assemblages show that it's less easier to distinguish the LGM to Heinrich events (HE) when the study sites are far to strait of Gibraltar. The Younger Dryas is marked by the optimal development of N. labyrinthus on the entire basin in association to an important decrease of Sea Surface Salinity reconstructed on the basis of dinocyst transfer function. During this period, an intensification of Mediterranean-Atlantic water masses exchange is recorded by the increase of the ?13C of G. bulloides associated to the maximal dinocysts concentration. By contrast, the lower Holocene shows a decrease of primary productivity in western Mediterranean contemporaneous to the deposition of S1 sapropel in eastern basin. As in Atlantic Ocean, the 8.2 event is clearly observed in western Med with three other cold events at 9.3 ka, 7 ka and 2.7 ka cal. BP.

Les foraminifères planctoniques vivants (LPF) contribuent à la pompe biologique du carbone océanique en générant des flux de Corg (cytoplasme) et de Cinorg (test calcaire). Dans cette étude, la morphométrie des tests, les abondances et les compositions spécifiques des assemblages de LPF dans l'océan Indien Sud (30°S-60°S, 50°E-80°E), ont été caractérisées à partir de la collecte par filet à plancton stratifié (Multinet) sur 19 stations échantillonnées pendant trois étés consécutifs (2012- 2014). En démontrant l'efficacité d'échantillonnage du Continuous Plankton Recorder pour spatialiser les données observées en 19 stations, l’étude de la dynamique de population des LPF montre l'effet de la position des fronts sur la production des LPF. Pour mieux contraindre l'impact des LPF dans la pompe biologique du carbone des hautes latitudes, la biomasse protéique et la masse calcique de plus de 2000 foraminifères ont été mesurées. Les différences de biomasse protéique et de poids normalisé par la taille entre années, espèces et masses d'eau suggèrent que les paramètres environnementaux affectent la production de Corg et de Cinorg des LPF. Le rôle des LPF sur la pompe biologique de carbone marin dépend des conditions hydrologiques et trophiques du milieu. Le rapport Corg/Cinorg est très différent selon les espèces considérées. L'applicabilité des tests de foraminifères planctoniques comme proxy de paléopompe du carbone dans les hautes latitudes dépendrait donc de l'effet exercé par les variations des conditions écologiques, et de la composition de l’assemblage. Cette étude propose une première estimation des budgets Corg et Cinorg produits par les LPF dans l’Océan Indien Austral. / Planktonic foraminifera contribute to the marine biological carbon pump by generating organic (cytoplasm) and inorganic (shell) carbon fluxes. In this study, we characterized LPF total abundances, assemblages and test morphometry (minimum diameter) along 19 stations sampled by stratified plankton net (Multinet), during three consecutive austral summers (2012-2014) in the Southern Indian Ocean (30°S-60°S, 50°E-80°E). By demonstrating the efficiency of CPR for LPF sampling, we analysed population dynamic between 19 multinet sampling stations, showing the effect of frontal position on LPF production. To better constrain the impact of those organisms in the biological carbon pump at high latitudes, we have quantified the individual protein-biomass and test calcite mass of more than 2000 LPF. Differences in size-normalized protein-biomass and in size-normalized weight between years, species, and water bodies suggest that environmental parameters affect the production of planktonic foraminifera organic and inorganic carbon to varying degrees. Consequently, planktonic foraminifera are assumed to affect the biological carbon pump, depending on ecological conditions and biological prerequisites. The applicability of planktonic foraminifera tests as proxy of the past biological carbon pump in high latitudes would hence critically depend on the effect exerted by changing in ecological conditions, and the presence of different species. This study proposes a first estimation of planktonic foraminifera Corg and Cinorg standing stock and fluxes in the Southern Indian Ocean.

Dans le système climatique global, l’océan Atlantique Nord est considéré comme une région très sensible qui joue un rôle crucial pour la dynamique de l’hémisphère nord via la circulation méridienne de retournement de l'océan Atlantique (AMOC), dont fait partie le système de front/courant des Açores. La thèse a pour but d’analyser les interactions hydrographiques et climatiques complexes dans la région des Açores, pour le Pléistocène moyen­‐Holocène, par l’analyse des foraminifères planctoniques de deux carottes prélevées en 2013 (Oceanograflu 2013), dans le segment OH1 de la ride médio-atlantique. La thèse est structurée en trois chapitres/articles qui présentent les principaux résultats et leur interprétation. Le premier article a pour but d’établir le modèle d’âge le plus précis possible et de tracer l’histoire de la production/préservation des carbonates dans la région des Açores, au cours du dernier cycle glaciaire. Pour ce faire, les valeurs de carbonate et δ18OG.ruber des deux carottes ont été analysées à haute résolution. Par ailleurs, l’application de la «Modern Analog Technique» à l’analyse des assemblages des foraminifères planctoniques a permis d’estimer les variations de température des eaux de surface (SST-mat). Les courbes d’abondance des espèces résistantes et sensibles à la dissolution ont permis de mettre en évidence d’éventuels intervalles de plus forte dissolution. La partie supérieure de chaque carotte a été datée par spectrométrie de masse (AMS)14C sur les tests de foraminifères. Le modèle d’âge adopté se base également sur la corrélation entre les courbes de δ18OG.ruber et l’enregistrement haute résolution du δ18OG.bulloides de la carotte MD95-2042 (Shackleton et al. 2000) de la marge ibérique, récemment recalibrée en utilisant les données synthétiques LS16 de δ18O (Lisiecki and Stern 2016) relatives aux foraminifères benthiques. L’analyse spectrale a permis de démontrer que les oscillations des valeurs de carbonate et du δ18OG.ruber, lors des derniers 144ka, sont contrôlées par un forçage climatique (orbital et sub-orbital) dans la région des Açores. La comparaison des courbes de carbonate et celles des espèces résistantes à la dissolution, pour les deux carottes situées à des profondeurs différentes, a permis de montrer les variations verticales de la lysocline de la calcite, en particulier lors des évènements de refroidissement plus extrêmes, par exemple à 22,1 kyr avec une remontée de la lysocline de 1000m environ. Le deuxième article essaie de reconstituer la variabilité complexe de l’hydrographie et de la paléoproductivité de l’Atlantique centre Nord lors des derniers 144 kyr grâce à l’analyse des assemblages des foraminifères planctoniques combinée à celle des variations de la température des eaux de surface (SST­‐mat). Les fluctuations d’abondance d’espèces actuellement caractéristiques de masses d’eau et/ou des systèmes de front/courant dans l’Atlantique Nord ont été utilisées comme traceurs paléocéanographiques. Cette approche a permis d’évaluer la migration latitudinale/longitudinale du système de front/courant des Açores durant le Quaternaire récent ainsi que celle d’autres fronts et/ou courants caractéristiques de l’Atlantique centre Nord. Le troisième article se focalise sur la variabilité du groupe G. ruber gr. dans la région des Açores. G. ruber a été considéré comme un plexus regroupant plusieurs autres espèces et sous espèces. Plus récemment, des études moléculaires et géochimiques mis en évidence la présence de plusieurs génotypes au sein du plexus G. ruber, ce qui implique l’existence de plusieurs (sous­‐) espèces avec des modes de calcification et des préférences écologiques différentes. Malgré l’abondante littérature récente sur ce sujet, les liens entre ces différents génotypes, variants morphologiques, préférences écologiques, et modes de calcification ne sont pas encore très bien compris. (...) / In the global climatic system, the North Atlantic Ocean is considered as a highly sensitive region, which plays a crucial role in the Northern Hemisphere dynamics through the so­‐called Atlantic Meridional Overturning Circulation (AMOC) system, of which the Azores Front/Current System represents an important part. The main aim of the thesis is to reconstruct the complex hydrographic and climatic interactions in such a climatically­‐sensitive area during middle Pleistocene to Holocene through the analysis of the planktonic foraminifera from two cores collected in the OH1 segment of the Mid‐Atlantic Ridge (MAR) south‐westward of the Azores archipelago during the Oceanograflu 2013 cruise. The manuscript is structured in three chapters presenting the major results and their interpretation (...)

L'utilisation des coquilles carbonatées de foraminifères planctoniques comme marqueurs paléocéanographiques repose sur l'hypothèse fondamentale que chaque espèce morphologique correspond à une espèce biologique caractéristique d'un habitat spécifique. Cette relation empirique a été récemment remise en cause par des analyses moléculaires qui ont révélé la présence systématique de plusieurs espèces génétiques (espèces cryptiques) au sein des morpho-espèces actuelles. Il a été suggéré que ces espèces cryptiques ou génotypes, présentaient (1) des préférences biogéographiques et écologiques restreintes par rapport à leur morpho-espèce respective et (2) des différences morphologiques. Dans ce travail, nous avons caractérisé la diversité génétique, morphologique et écologique de 4 morpho-espèces clefs de la paléocéanographie, i.e. Orbulina universa, Truncorotalia truncatulinoides, Globoconella inflata et Globigerina bulloides. Cette étude repose sur le développement d'un protocole d'extraction ADN non destructif pour la coquille calcaire, permettant l'analyse conjointe de la variabilité génétique et morphologique d'un même individu. Les variations de forme ou de porosité de chacun des génotypes des morphoespèces ont été quantifiées. Il apparaît que le fort degré de plasticité morphologique largement documenté chez les foraminifères planctonique et jusqu'alors interprété comme écophénotypique, est au moins en partie la conséquence du regroupement de plusieurs génotypes présentant des morphologies et préférences écologique particulières. Sur la base de ces observations, des modèles de reconnaissance morphologique permettant d'identifier les génotypes à partir de la morphologie de la coquille, utilisables à l'échelle populationnelle, ont été développés. Afin de quantifier l'impact de l'intégration de la diversité cryptique dans les reconstitutions paléocéanographiques basées sur les assemblages de foraminifères planctoniques, les fonctions de transfert couramment utilisées ont été re-calibrées en intégrant les distributions restreintes des génotypes d'O. universa, T. truncatulinoides, G. inflata et G. bulloides. Ces re-calibrations conduisent à un degré de précision jusqu'alors jamais atteint dans les reconstructions paléocéanographiques basées sur les assemblages de foraminifères planctoniques.

Cette thèse a été réalisée dans le cadre du projet de recherche ANR FORCLIM. L'objectif fondamental de ce travail était d'effectuer une étude poussée de l'écologie des foraminifères planctoniques dans les écosystèmes actuels du Golfe de Gascogne, à partir des filets à plancton et des données hydrologiques recueillies au cours de 5 missions océanographiques. Les résultats montrent des variations saisonnières importantes de leurs densités, mais aussi de leurs assemblages spécifiques. Des assemblages se succèdent au cours des saisons, avec de grandes concentrations de N. pachyderma dextre, G. inflata, G. scitula et G. glutinata en fin d'hiver-début printemps, T. quinqueloba, G. uvula, G. bulloides et G. glutinata se manifestent en grandes densités au cours du bloom phytoplanctonique printanier. Ces espèces sont progressivement remplacées par des espèces, comme O. universa et G. trilobus en surface et G. scitula en profondeur en été. De Mars à Juin, le long d'un transect bathymétrique, on remarque une décroissance des concentrations des foraminifères planctoniques vers la côte. Mais les apports saisonniers de nutriments par les fleuves, ainsi que l'influence hydrologique d'un canyon sous marin peuvent contrarier ce gradient de décroissance large-côte. En Novembre, G. calida apparaît en très grande abondance dans les stations les plus côtières, pouvant marquer un évènement de bloom automnal côtier. Une analyse automatique des tailles des spécimens vivants et morts indique de plus grandes tailles dans les eaux estivales. Néanmoins, la température ne semble pas être un facteur majeur direct des variations de tailles des foraminifères. La disponibilité en nourriture serait un des facteurs majeurs, avec l'un des facteurs covariant à la salinité, comme la turbidité. Les rapports isotopiques en oxygène des tests de foraminifères planctoniques vivants indiquent des populations de Juin manifestement plus faibles que ceux mesurés en Mars et Avril, suggérant qu'il s'agirait de générations différentes.