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Thesis (M.S.)--Virginia Polytechnic Institute and State University, 1992. / Vita. Abstract. Includes bibliographical references (leaves 137-149). Also available via the Internet.

Thesis (Ph. D., Natural Resources)--University of Idaho, May 2007. / Major professor: Lee A. Vierling. Includes bibliographical references. Also available online (PDF file) by subscription or by purchasing the individual file.

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1961. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

With the advent of sequencing technologies, a variety of methods have been available day by day. Each of these methods have helped scientists to for a deeper understanding of the biological function and evolutionary constraints on the relevant genes, which can be gained through the use of modern computational approaches. Numerous approaches have being developed to advance these goals, and interaction network mapping is one of them. This method has been employed to study a variety of organisms to illustrate shared (conserved) or individual (unique) properties, and is mainly based on identifying and visualizing modules of co-expressed genes. As being a very strong candidate for such tools, co-expression gene network was used in this study to indentify the genes in wood formation of Populus trichocarpa with the help of the other novel bioinformatics tools such as Gene Ontology and Cytoscape. In order to booster the accuracy of the findings, we have combined it with an evolutionary approach, synonymous and non-synonymous ratio (dN/dS) of the proteins to show the selective patterns of the genes in a comparative fashion between woody and non-woody plants. This thesis is proposed to help plant scientists to gain insights into the genes that are involved in wood formation. By taking advantage of the computational studies have been done on this paper, one can validate the experiments along with reducing the cumbersomeness of the lab trials on the topic of wood formation in plants / Master of Science

La phytoremediation consiste à utiliser les plantes pour nettoyer des sols contaminés. Jusqu’ici, des plantes naturellement capables de tolérer et d’accumuler les polluants ont été utilisées pour cette approche. Cependant, l’utilisation de plantes transgéniques doit être considérée pour optimiser l’efficacité de la phytoremédiation. Le peuplier est une espèce adaptée pour la phytoremédiation et peut être utilisé pour des approches transgéniques. Néanmoins, son efficacité de phytoextraction est limitée par une forte accumulation de métaux dans les feuilles qui retournent au sol lors de leur chute. L’ingénierie génétique pourrait être utilisée pour résoudre ce problème, en modifiant l’expression de transporteurs de métaux soit pour limiter l’accumulation de métaux dans les feuilles, soit pour stimuler leur accumulation dans le bois.Dans le cadre de cette thèse, trois transporteurs potentiellement impliqués dans la tolérance et l’accumulation de métaux ont été caractérisés : PtIREG1, PtNRAMP3.1 et PtNRAMP3.2. L’expression de PtIREG1 chez la levure et chez Arabidopsis thaliana a montré que ce transporteur contribue à la tolérance au nickel. Des peupliers transgéniques chez lesquels l’expression de PtIREG1 est globalement augmentée ou ciblée dans le bois ont été générés. Des peupliers transgéniques chez lesquels l’expression de PtNRAMP3.1 ou PtNRAMP3.2 est modifiée ont également été générés au cours de cette thèse. Cela a permis de montrer que ces protéines fortement homologues ont des localisations subcellulaires distinctes : la membrane vacuolaire pour PtNRAMP3.2 et un compartiment connecté à l’appareil de Golgi pour PtNRAMP3.1. Des mesures de concentrations en métaux dans les feuilles des peupliers transgéniques ptNRAMP3.1 et PtNRAMP3.2 ont montré des différences avec le type sauvage non transformé, pour le cuivre, le manganèse, le cadmium et le zinc. Les résultats obtenus contribueront à l’élaboration de stratégies biotechnologiques pour réhabiliter les sols pollués / Phytoremediation is the use of plants to clean up polluted soils. Previous approaches have mostly used native plants able to tolerate, degrade and accumulate environmental pollutants such as toxic metals, but transgenic plants may also be considered for phytoremediation in the future. Poplar is well adapted for phytoremediation and suitable for molecular genetic studies. However, high metal accumulation in poplar leaves limits phytoextraction due to toxic metal return to the soil after leaf abscission. In order to circumvent this problem, genetic engineering can be used to limit metal accumulation in leaves or direct metal accumulation in poplar trunks using relevant metal transporter genes under the control of tissue-specific promoters. This thesis focuses on the characterization of 3 candidate metal transporters potentially involved in metal tolerance and accumulation in poplar: PtIREG1, PtNRAMP3.1 and PtNRAMP3.2. Expression of PtIREG1 in yeast and in Arabidopsis thaliana indicated that it contributes to nickel tolerance. Transgenic poplars were generated in which PtIREG1is either ectopically overexpressed or expressed specifically in wood tissues. PtNRAMP3.1 and PtNRAMP3.2 transgenic plants were also generated during this thesis. Despite their high similarity, PtNRAMP3.1 and PtNRAMP3.2 displayed distinct localizations in poplar: PtNRAMP3.2 is targeted to the vacuolar membrane whereas PtNRAMP3.1 localizes in a compartment connected with the Golgi apparatus. Metal concentrations were modified in leaves of transgenic plants grown on metal-contaminated or non-contaminated soil. The results obtained will contribute to develop a biotechnological approach using transgenic plants for the rehabilitation in metal polluted soils.

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A pesar de la relevancia de las plantaciones de Populus sp. en el delta del Paraná, escasos son los estudios realizados acerca de los flujos de nutrientes. El objetivo del presente trabajo fue estimar la productividad primaria aérea neta (PPAN), y describir el ciclo de los nutrientes N, P, K, Ca y Mg de una forestación de Populus deltoides ‘Australia 129/60’ bajo un sistema endicado en el bajo delta del Paraná. La biomasa se estimó mediante técnicas de análisis dimensional y luego la mineralomasa se estimó como el producto de la biomasa de cada uno de los compartimentos por sus respectivas concentraciones de nutrientes. Se estimó la circulación de los nutrientes en la plantación, con la excepción de los flujos relacionados con el balance hídrico. La biomasa total fue 112,7 Mg/ha. Los resultados obtenidos indican que los compartimientos más importantes en cuanto a su biomasa fueron en orden de importancia el fuste, las ramas dentro del rango de 1 a 5 cm., y la corteza con 71,3, 15 y 11,7 Mg/ha respectivamente. Estos representaron el 63,3%, 13,3% y 10,4% de la biomasa total. El 13% de biomasa restante correspondió en orden de importancia a ramas < 1cm., ramas > 5 cm., hojas, ramas muertas y brotes. La PPAN fue 19,1 ± 1,5 Mg ha^-1año^-1. De este valor, el incremento leñoso significó el 68% y la producción de estructuras anuales el 32% restante. La producción anual de estructuras demandó un porcentaje mayor de los nutrientes requeridos (81% del N, 72% del P, 69% del K, 81% del Ca y 83% del Mg) que la retención en el leño, exceptuando al carbono (36% requerimientos de estructuras anuales y 64% retención). La redistribución de los nutrientes contribuyó a los requerimientos en distintos grados para cada nutriente (N: 37%, P: 36%, K: 37%, Mg: 31%). En el caso del Ca la redistribución fue nula y los requerimientos de dicho nutriente fueron provistos totalmente por la absorción. El retorno de nutrientes a través de la caída fina representó 69% del N, 59% del P, 52% del K, 82% del Ca y 77% del Mg absorbido a lo largo de un año. La eficiencia en el uso de nutrientes fue (media ± error estándar): N = 171 ± 5, P = 2701 ± 222, K = 422 ± 22, Ca = 177 ± 17 y Mg = 908 ± 136. Se concluye que un manejo adecuado de los residuos de la cosecha constituye un elemento clave para mantener sucesivos ciclos de producción de estas plantaciones en el área de estudio.

Thesis (M.S.)--Ohio State University, 2007. / Includes bibliographical references (leaves 64-67). Available online via OhioLINK's ETD Center