Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-05-28T17:17:24Z No. of bitstreams: 2 Danilo Bruxellas Parra.pdf: 2618919 bytes, checksum: 23f2c1d445f7695aa2b0f1ecd25877c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-28T17:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Danilo Bruxellas Parra.pdf: 2618919 bytes, checksum: 23f2c1d445f7695aa2b0f1ecd25877c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The landscape history exerts great influence on the processes that generate and sustain biodiversity. Proechimys sp. is a new species of sylvatic rodent not described yet, which belongs to the longicaudatus group (family Echimyidae). Previous studies point to a possible influence of the Aripuanã river, a tributary of the Madeira river, in the differentiation of Proechimys sp. In addition, paleochannel systems in the Madeira region indicate paleo- hydrological changes of the Aripuanã and Ji-Paraná rivers. Here we describe the patterns of genetic diversity in Proechimys sp., investigate the effect of landscape changes, such as the formation of paleochannels, and propose hypotheses for the diversification of this new species of spiny rat from southern Amazonia. We used nuclear and mitochondrial markers to reconstruct gene trees and species trees, haplotype networks, estimate the timing of divergence and historical demography for each of the lineages recovered in the analyzes. Our results indicated the presence of five lineages that can be considered as distinct populations. Evidence from other studies indicates that mechanisms of rearrangement of chromosomal patterns should be associated with lineage diversification. We also believe that ecological factors are related to the diversity pattern found in Proechimys sp. Although the effect of large rivers is largely implicated in the high diversity of Amazonia, the effect of smaller rivers in the Madeira-Tapajós interfluve seems to play an important role in the biogeographic patterns of this region. Our results demonstrate such effect in the populations of Proechimys sp. And corroborate the hypothesis that environments with great habitat heterogeneity and unstable climatic and geological conditions promote high biodiversity. / A história da paisagem tem grande influência sobre os processos geradores e mantenedores da biodiversidade. Proechimys sp. é uma nova espécie ainda não descrita de roedor silvestre pertencente ao grupo longicaudatus (família Echimyidae). Estudos prévios apontam uma possível influência do rio Aripuanã, um tributário do rio Madeira, na diferenciação de Proechimys sp. Além disso, sistemas de paleocanais na região do médio Madeira indicam alterações paleo-hidrológicas do rio Aripuanã e Ji-Paraná. Aqui nós descrevemos os padrões de diversidade genética em Proechimys sp., investigamos os efeitos de mudanças na paisagem, como a formação dos paleocanais, e propusemos hipóteses para diversificação dessa nova espécie de rato-de-espinho do sul da Amazônia. Utilizamos marcadores nucleares e mitocondriais para reconstruir árvores de genes e de espécies, redes de haplótipos, estimar o tempo de divergência e a demografia histórica de cada uma das linhagens recuperadas nas análises. Nossos resultados indicaram a presença de cinco linhagens que podem ser consideradas como populações distintas. Evidências de outros estudos indicam que mecanismos de reordenação dos padrões cromossômicos devem estar associados a diversificação das linhagens. Acreditamos ainda que fatores ecológicos estejam relacionados com o padrão de diversidade encontrado em Proechimys sp. Embora o efeito dos grandes rios seja amplamente relacionado com a alta diversidade da Amazônia, o efeito de rios menores no interflúvio Madeira-Tapajós parece desempenhar um papel importante nos padrões biogeográficos dessa região. Nossos resultados demonstram esse efeito nas populações de Proechimys sp. e corroboram a hipótese de que ambientes com grande heterogeneidade de habitas e condições climáticas e geológicas instáveis promovem alta biodiversidade.