Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-05-28T17:17:24Z No. of bitstreams: 2 Danilo Bruxellas Parra.pdf: 2618919 bytes, checksum: 23f2c1d445f7695aa2b0f1ecd25877c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-28T17:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Danilo Bruxellas Parra.pdf: 2618919 bytes, checksum: 23f2c1d445f7695aa2b0f1ecd25877c5 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The landscape history exerts great influence on the processes that generate and sustain biodiversity. Proechimys sp. is a new species of sylvatic rodent not described yet, which belongs to the longicaudatus group (family Echimyidae). Previous studies point to a possible influence of the Aripuanã river, a tributary of the Madeira river, in the differentiation of Proechimys sp. In addition, paleochannel systems in the Madeira region indicate paleo- hydrological changes of the Aripuanã and Ji-Paraná rivers. Here we describe the patterns of genetic diversity in Proechimys sp., investigate the effect of landscape changes, such as the formation of paleochannels, and propose hypotheses for the diversification of this new species of spiny rat from southern Amazonia. We used nuclear and mitochondrial markers to reconstruct gene trees and species trees, haplotype networks, estimate the timing of divergence and historical demography for each of the lineages recovered in the analyzes. Our results indicated the presence of five lineages that can be considered as distinct populations. Evidence from other studies indicates that mechanisms of rearrangement of chromosomal patterns should be associated with lineage diversification. We also believe that ecological factors are related to the diversity pattern found in Proechimys sp. Although the effect of large rivers is largely implicated in the high diversity of Amazonia, the effect of smaller rivers in the Madeira-Tapajós interfluve seems to play an important role in the biogeographic patterns of this region. Our results demonstrate such effect in the populations of Proechimys sp. And corroborate the hypothesis that environments with great habitat heterogeneity and unstable climatic and geological conditions promote high biodiversity. / A história da paisagem tem grande influência sobre os processos geradores e mantenedores da biodiversidade. Proechimys sp. é uma nova espécie ainda não descrita de roedor silvestre pertencente ao grupo longicaudatus (família Echimyidae). Estudos prévios apontam uma possível influência do rio Aripuanã, um tributário do rio Madeira, na diferenciação de Proechimys sp. Além disso, sistemas de paleocanais na região do médio Madeira indicam alterações paleo-hidrológicas do rio Aripuanã e Ji-Paraná. Aqui nós descrevemos os padrões de diversidade genética em Proechimys sp., investigamos os efeitos de mudanças na paisagem, como a formação dos paleocanais, e propusemos hipóteses para diversificação dessa nova espécie de rato-de-espinho do sul da Amazônia. Utilizamos marcadores nucleares e mitocondriais para reconstruir árvores de genes e de espécies, redes de haplótipos, estimar o tempo de divergência e a demografia histórica de cada uma das linhagens recuperadas nas análises. Nossos resultados indicaram a presença de cinco linhagens que podem ser consideradas como populações distintas. Evidências de outros estudos indicam que mecanismos de reordenação dos padrões cromossômicos devem estar associados a diversificação das linhagens. Acreditamos ainda que fatores ecológicos estejam relacionados com o padrão de diversidade encontrado em Proechimys sp. Embora o efeito dos grandes rios seja amplamente relacionado com a alta diversidade da Amazônia, o efeito de rios menores no interflúvio Madeira-Tapajós parece desempenhar um papel importante nos padrões biogeográficos dessa região. Nossos resultados demonstram esse efeito nas populações de Proechimys sp. e corroboram a hipótese de que ambientes com grande heterogeneidade de habitas e condições climáticas e geológicas instáveis promovem alta biodiversidade.

Submitted by Maykon Nascimento (maykon.albani@hotmail.com) on 2014-12-17T18:19:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TeseLoss2014.pdf: 26574811 bytes, checksum: 616f2c773f45465dee563c309c7a2f3d (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2014-12-19T18:05:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TeseLoss2014.pdf: 26574811 bytes, checksum: 616f2c773f45465dee563c309c7a2f3d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-19T18:05:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) TeseLoss2014.pdf: 26574811 bytes, checksum: 616f2c773f45465dee563c309c7a2f3d (MD5) Previous issue date: 2014 / Os roedores Echimyidae tem distribuição Neotropical e são a família mais diversa de roedores Caviomorpha. Apesar da grande diversidade, pouco se sabe sobre a distribuição geográfica, história natural e evolução de vários grupos de equimídeos. O histórico taxonômico dessa família é confuso, sendo alguns grupos raramente coletados e, consequentemente, inferências sobre aspectos evolutivos e biológicos são pouco conclusivas e limitadas à análise de poucos exemplares. Filogenias moleculares não corroboram a classificação taxonômica para a família baseada em dados morfológicos, evidenciando a complexidade da história evolutiva desse grupo. Na Mata Atlântica são registrados cinco gêneros de Echimyidae: o rato-do-bambu, Kannabateomys; os arborícolas Phyllomys e Callistomys; o terrestre Trinomys, e o semi-fossorial Euryzygomatomys. O presente trabalho se baseou na utilização de sequências de DNA para abordar aspectos da evolução e filogenia de roedores equimídeos da Mata Atlântica em três níveis taxonômicos: família, gênero e espécie. O primeiro capítulo aborda a posição filogenética do gênero Callistomys dentro da família, utilizando sequências de 1 marcador mitocondrial (CitB) e 3 nucleares (GHR, RAG1 e vWF). Os resultados mostram que Callistomys forma um clado com o ratão-do-banhado (Myocastor), roedor semi-aquático das regiões abertas no cone sul da América do Sul e com o rato-de-espinho terrestre Proechimys com ocorrência na Amazônia. Esse clado é irmão de Thrichomys, um equimídeo terrestre que ocupa as áreas secas do centro da América do Sul. O agrupamento encontrado é inesperado, uma vez que seus membros apresentam aspectos morfológico, ecológicos e distribuição geográfica distintos e contrastantes. A filogenia resultante indica que Callistomys não é proximamente relacionado aos outros equimídeos arborícolas e sugere que o hábito arborícolas evoluiu mais de uma vez na família. O segundo capítulo investiga aspectos da filogenia, evolução e limites entre espécies de Phyllomys utilizando dois marcadores mitocondriais (CitB e COI) e três nucleares (GHR, RAG1 e vWF). Foram identificados três grupos principais de espécies: um com distribuição longitudinal pela porção central da Mata Atlântica (P. pattoni (P. mantiqueirensis, Phyllomys sp. 4)); e a partir daí dois outros grupos, um com distribuição na porção norte da Mata Atlântica (Phyllomys sp. 2 (P. blainvilii (P. brasiliensis, P. lamarum))); e outro na porção sul (Phyllomys sp. 3 ((Phyllomys sp. 1, P. lundi), (Phyllomys sp. 5 (P. dasythrix (P. nigrispinus (P. sulinus, Phyllomys sp. 6)))))). Foram identificadas duas linhagens independentes representando possíveis espécies novas, elevando o potencial número de espécies do gênero de 17 para 19. As filogenias associadas aos dados de distribuição geográfica sugerem que a diversificação e distribuição das espécies de Phyllomys foi influenciada pela ação conjunta de vários fatores como atividade neotectônica, gradientes altitudinais e latitudinais e mudanças climáticas que atuaram desde o Mioceno, marcando os primeiros eventos de diversificação do gênero até as especiações mais recentes, no Pleistoceno. O terceiro capítulo avalia a variação genética, distribuição geográfica e status taxonômico da espécie Euryzygomaotmys spinosus utilizando dois marcadores mitocondriais (CitB e D-loop). Os resultados mostraram que E.spinosus apresenta distribuição em áreas de Mata Atlântica e adjacências ao sul do Rio Doce, no Brasil, Paraguai e Argentina, incluindo um registro confirmado no Cerrado. A espécie ocupa habitats muito diversos e pode ser considerada generalista. As populações são geneticamente estruturadas ao longo da sua distribuição e os dados genéticos corroboram a taxonomia atual que considera apenas uma espécie, E. spinosus, para o gênero. / The Neotropical rodents of the Echimyidae family are the most diverse among the Caviomorpha clade. Little is known about the geographic range, natural history and evolution of several Echimyidae members, despite its high diversity. The taxonomic history of the family is confusing and some groups are rare in scientific collections, resulting in less conclusive inferences about evolutionary and biological traits, which are based on a few individuals. Molecular phylogenies do not support the taxonomic classification based on morphological traits, highlighting the complexity of the evolutionary history of this group. Five Echimyidae genera occur within the Atlantic Forest range: the bamboo-rat, Kannabateomys; the arboreal Phyllomys and Callistomys; the terrestrial Trinomys; and the semi-fossorial Euryzygomatomys. In the present study I used DNA sequences to investigate the phylogeny and evolutionary history of three echimyids from the Atlantic Forest at three different taxonomic levels: family, genus, and species. The first chapter investigates the phylogenetic position of Callistomys within Echimyidae using sequences of one mitochondrial (CytB) and three nuclear (GHR, RAG1 and vWF) markers. The results show that Callistomys forms a clade with the semi-aquatic coypu (Myocastor) from the grasslands in the southern South America and terrestrial spiny rats (Proechimys) from the Amazon forest. This clade is sister to Thrichomys, a terrestrial rat from the dry lands of central South America. These clades are unexpected, given the contrasting morphology, ecology, and geographic ranges of its members. The resulting echimyid phylogeny indicates that Callistomys is not closely related to the other arboreal echimyids, and suggest that arboreal habits evolved more than once in this family. The second chapter investigates aspects of the phylogeny, evolution and species limits in the genus Phyllomys using two mitochondrial (CytB and COI) and three nuclear (GHR, RAG1 and vWF) markers. Three main species groups were identified: one with a longitudinal distribution through the central portion of the Atlantic Forest (P. pattoni (P. mantiqueirensis, Phyllomys sp. 4)); one blainvilii (P. brasiliensis, P. lamarum))) and another along the southern portion (Phyllomys sp. 3 ((Phyllomys sp. 1, P. lundi), (Phyllomys sp. 5 (P. dasythrix (P. nigrispinus (P. sulinus, Phyllomys sp. 6)))))). Two independent evolutionary linages were identified, probably representing new species, raising the potential number of Phyllomys species from 17 to 19. These phylogenies, together with geographic distribution data, suggest that the diversification and distribution of Phyllomys species were affected by the concomitant action of different factors, such as neotectonics, altitudinal and latitudinal gradients, and climate change acting since the Miocene, underlining the first diversifications within Phyllomys until more recent speciation events, during the Pleistocene. The third chapter explores the genetic variation, geographic distribution and taxonomic status of the species Euryzygomatomys spinosus using two mitochondrial markers (CytB and D-loop). The results show that E. spinosus is distributed along the Atlantic Forest and surrounding areas, south of the Rio Doce in Brazil, Paraguay, and Argentina, including a confirmed occurrence in the Cerrado. This species occupies very distinct habitats and may be consider a generalist. The populations are genetically structured along its distribution and the genetic data corroborate the current taxonomy, which considers only one species in the genus, E. spinous.

A lateralidade consiste na predominância hemisférica do cérebro e foi constada em diferentes animais: em diversos primatas e em camundongos manifesta-se na destreza manual; em baleias, no desgaste mandibular; e em cães, no abanar da cauda. Trinomys yonenagae, popularmente conhecido como rabo-de-facho, é um rato-de-espinho endêmico das dunas de areia fixas à margem esquerda do rio São Francisco (BA) e demonstra habilidade com as patas dianteiras, no manuseio de sementes, e traseiras, no comportamento de cavar. O objetivo deste estudo é verificar se existem traços de lateralidade neste roedor. Investigamos preferência motora através de teste de alcance de sementes, baseado no teste de Collins (16 e 16), e da análise post mortem da diferença entra a massa das patas dianteiras (21 e 21). A lateralidade em atividades de consumo hídrico foi verificada por meio da preferência entre dois bebedouros, conforme o teste de Richter (7 e 7). Analisamos também a preferência ao posicionar a cauda em situações solitárias (5 e 4). Adotamos o grau de lateralidade (GL) como a diferença entre os lados direito e esquerdo, normalizados ao serem divididos pela sua soma. Categorizamos como lateralidade apenas |GL|>0,05 (i.e., diferença de 5% entre os lados). A cauda das é posicionada a maior parte do tempo à direita, resultando em consistente preferência amostral de 41% a mais do que o posicionamento à esquerda. Em nota-se a preferência pelo posicionamento à direita em dois indivíduos e à esquerda em um, sendo os dois restantes sem preferência. No teste de consumo hídrico, nota-se em preferência pelo bebedouro esquerdo, sendo a diferença de preferência deste com o bebedouro direito de 51% (GL=0,51), uma assimetria consistente em 6/7 sujeitos. Em machos, entretanto, a preferência se apresenta pouco consistente, sendo a diferença de preferência entre os bebedouros reduzida a 20% (GL=0,20). Em média não há lateralidade a nível amostral na massa das patas, uma vez que, tanto em quanto em , |GL|<0,05. Ainda, a distribuição de GL na amostra corresponde a uma distribuição normal (Kolmogorov-Smirnov; sig.=0,95 para ; sig.=0,66 para ). Entretanto, em análise individual, entre as 14% apresentam preferência na pata direita e 5% na pata esquerda; entre , 19% preferem a pata direita e 14% a pata esquerda.Os experimentos de alcance de sementes não foram promissores, uma vez que os sujeitos tentam acessar as sementes com o focinho ou cavando a superfície. Concluímos que a lateralidade em T. yonenagae, quando presente, é mais consistente em do que em , sugerindo um dimorfismo sexual na dominância hemisférica da espécie. A preferência por posicionara cauda à esquerda pode atuar como sinal comportamental de gênero entre os rabos-defacho, uma vez que estes não apresentam dimorfismo sexual de massa e as fêmeas têm fase de estro muito curta, não oferecendo diferenças conspícuas entre os sexos. Finalmente, apontamos a necessidade de testes diversos que permitam a investigação da lateralidade em diferentes espécies / Laterality is the hemispheric dominance of the brain and was verified in different animals: in many primates and in mice, the laterality is manifested in the manual dexterity; in whales, there are asymmetries in jaws wear; in dogs, the side by which the tail wags means different signals. Trinomys yonenagae, popularly known as rabo-defacho, is a spiny rat endemic of fixed sand dunes on the left bank of the Rio São Francisco (BA) and presents frontal paws skills in the handling of seeds, and back paws skills in the digging behavior. The objective of this study is to search for laterality evidences in this rodent. We investigated motor preference by seed range test based in Collins (16 and 16), and by post-mortem analysis of the mass difference between the frontal paws (21 and 21). Laterality in water consumption activities was verified by the preference between two water drinkers through Richter test (7 and 7). We also analyze the preferred tail position in solitary situation (5 and 4). We adopt the degree of laterality (GL) as the difference between right and left sides, normalized by being divided by their sum. It was categorized as laterality only |GL|> 0.05 (i.e., 5% difference between the sides). The tail of is positioned most of the time at right, resulting in a sample consistent preference of 41% more than the left position (GL=0,41). In , two animals preferred to place the tail at right, one at left and the other animals do not presents preference in tail placement. In the water consumption test, 6/7 of preferred consistently to use the left drinker before the right one, with an GL mean in the sample of 0,51. The, in turn, had its mean GL reduced to 0,20, as a result of inconsistent preferences. Considering the mass of the frontal paws, there are no laterality in and in, once both| GL | <0.05. The distribution of GL in the samples of paws mass analyses corresponds to a normal distribution (Kolmogorov-Smirnov; sig = 0.95 for ; sig. = 0.66 for ). However, in individual level analyses, between 14% prefer right paw and 5% the left paw; between , 19% prefer the right paw and 14% left paw. The seeds range experiments were not promising, once the subjects attempt to reach seeds with their snout or by digging the surface. We conclude that laterality, in T. yonenagae, when present, is more consistent in than , suggesting a sexual dimorphism in hemispheric dominance of the species. The preference for place the tail on the left may act as a behavioral sign between rabos-de-facho, once they have no mass dimorphism between the sexes and females presents a brief estrus phase, offering no conspicuous differences between genders. Finally, we point out the need for different tests that allows further investigation of laterality in different species

A lateralidade consiste na predominância hemisférica do cérebro e foi constada em diferentes animais: em diversos primatas e em camundongos manifesta-se na destreza manual; em baleias, no desgaste mandibular; e em cães, no abanar da cauda. Trinomys yonenagae, popularmente conhecido como rabo-de-facho, é um rato-de-espinho endêmico das dunas de areia fixas à margem esquerda do rio São Francisco (BA) e demonstra habilidade com as patas dianteiras, no manuseio de sementes, e traseiras, no comportamento de cavar. O objetivo deste estudo é verificar se existem traços de lateralidade neste roedor. Investigamos preferência motora através de teste de alcance de sementes, baseado no teste de Collins (16 e 16), e da análise post mortem da diferença entra a massa das patas dianteiras (21 e 21). A lateralidade em atividades de consumo hídrico foi verificada por meio da preferência entre dois bebedouros, conforme o teste de Richter (7 e 7). Analisamos também a preferência ao posicionar a cauda em situações solitárias (5 e 4). Adotamos o grau de lateralidade (GL) como a diferença entre os lados direito e esquerdo, normalizados ao serem divididos pela sua soma. Categorizamos como lateralidade apenas |GL|>0,05 (i.e., diferença de 5% entre os lados). A cauda das é posicionada a maior parte do tempo à direita, resultando em consistente preferência amostral de 41% a mais do que o posicionamento à esquerda. Em nota-se a preferência pelo posicionamento à direita em dois indivíduos e à esquerda em um, sendo os dois restantes sem preferência. No teste de consumo hídrico, nota-se em preferência pelo bebedouro esquerdo, sendo a diferença de preferência deste com o bebedouro direito de 51% (GL=0,51), uma assimetria consistente em 6/7 sujeitos. Em machos, entretanto, a preferência se apresenta pouco consistente, sendo a diferença de preferência entre os bebedouros reduzida a 20% (GL=0,20). Em média não há lateralidade a nível amostral na massa das patas, uma vez que, tanto em quanto em , |GL|<0,05. Ainda, a distribuição de GL na amostra corresponde a uma distribuição normal (Kolmogorov-Smirnov; sig.=0,95 para ; sig.=0,66 para ). Entretanto, em análise individual, entre as 14% apresentam preferência na pata direita e 5% na pata esquerda; entre , 19% preferem a pata direita e 14% a pata esquerda.Os experimentos de alcance de sementes não foram promissores, uma vez que os sujeitos tentam acessar as sementes com o focinho ou cavando a superfície. Concluímos que a lateralidade em T. yonenagae, quando presente, é mais consistente em do que em , sugerindo um dimorfismo sexual na dominância hemisférica da espécie. A preferência por posicionara cauda à esquerda pode atuar como sinal comportamental de gênero entre os rabos-defacho, uma vez que estes não apresentam dimorfismo sexual de massa e as fêmeas têm fase de estro muito curta, não oferecendo diferenças conspícuas entre os sexos. Finalmente, apontamos a necessidade de testes diversos que permitam a investigação da lateralidade em diferentes espécies / Laterality is the hemispheric dominance of the brain and was verified in different animals: in many primates and in mice, the laterality is manifested in the manual dexterity; in whales, there are asymmetries in jaws wear; in dogs, the side by which the tail wags means different signals. Trinomys yonenagae, popularly known as rabo-defacho, is a spiny rat endemic of fixed sand dunes on the left bank of the Rio São Francisco (BA) and presents frontal paws skills in the handling of seeds, and back paws skills in the digging behavior. The objective of this study is to search for laterality evidences in this rodent. We investigated motor preference by seed range test based in Collins (16 and 16), and by post-mortem analysis of the mass difference between the frontal paws (21 and 21). Laterality in water consumption activities was verified by the preference between two water drinkers through Richter test (7 and 7). We also analyze the preferred tail position in solitary situation (5 and 4). We adopt the degree of laterality (GL) as the difference between right and left sides, normalized by being divided by their sum. It was categorized as laterality only |GL|> 0.05 (i.e., 5% difference between the sides). The tail of is positioned most of the time at right, resulting in a sample consistent preference of 41% more than the left position (GL=0,41). In , two animals preferred to place the tail at right, one at left and the other animals do not presents preference in tail placement. In the water consumption test, 6/7 of preferred consistently to use the left drinker before the right one, with an GL mean in the sample of 0,51. The, in turn, had its mean GL reduced to 0,20, as a result of inconsistent preferences. Considering the mass of the frontal paws, there are no laterality in and in, once both| GL | <0.05. The distribution of GL in the samples of paws mass analyses corresponds to a normal distribution (Kolmogorov-Smirnov; sig = 0.95 for ; sig. = 0.66 for ). However, in individual level analyses, between 14% prefer right paw and 5% the left paw; between , 19% prefer the right paw and 14% left paw. The seeds range experiments were not promising, once the subjects attempt to reach seeds with their snout or by digging the surface. We conclude that laterality, in T. yonenagae, when present, is more consistent in than , suggesting a sexual dimorphism in hemispheric dominance of the species. The preference for place the tail on the left may act as a behavioral sign between rabos-de-facho, once they have no mass dimorphism between the sexes and females presents a brief estrus phase, offering no conspicuous differences between genders. Finally, we point out the need for different tests that allows further investigation of laterality in different species